A bioluminescence resonance energy transfer (BRET) assay to detect telomere length in S. cerevisiae
本研究では、ルシフェラーゼ融合タンパク質と蛍光タンパク質標識タンパク質間のバイオルミネッセンス共鳴エネルギー移動（BRET）を利用した新規アッセイ法を開発し、生きた酵母細胞内でテロメア長を正確に測定できることを実証しました。
🧬 Category
genomics
275 件の論文
ゲノミクスは、生命を構成する設計図である遺伝情報を解読し、その働きや多様性を理解するための重要な分野です。この領域では、DNA の配列から病気の原因を突き止める研究から、進化の歴史をたどる調査まで、多岐にわたる発見が生まれています。Gist.Science では、これらの最先端の知見を、専門用語に頼らず誰でも理解できる形でお届けします。
当サイトのゲノミクスカテゴリに掲載される論文はすべて、プレプリントサーバー bioRxiv から提供された最新のものであり、承認前の研究結果も含んでいます。Gist.Science は bioRxiv から届くすべての新規プレプリントを自動的に処理し、専門家が読める詳細な技術的要約と、一般の方も読める平易な解説の両方を生成して公開しています。
以下に、ゲノミクス分野における最新の論文リストを掲載します。
The curious case of a Chilean copepod (Tigriopus aff. angulatus) genome assembly
チリ沿岸の Tigriopus 集団（Tigriopus aff. angulatus と推定される新種候補）から、PacBio HiFi、Illumina HiC、RNA-seq データを統合して高品質なゲノムアセンブリを構築し、その遺伝的・形態的特徴を明らかにすることで、この属の多様性と環境適応の理解に貢献する研究である。
Biotic-response networks are an important organizer of the transcriptome in wild Arabidopsis thaliana populations
この研究は、野生のアラビドプシス・スレニアナ集団のトランスクリプトーム解析を通じて、実験室で確立された生物応答ネットワークが自然環境でも保存されている一方で、対照群や非生物的応答ネットワークは大きく再編成されており、野生環境における遺伝子発現の調節関係が実験室環境とは著しく異なることを明らかにしました。
Identification and Masking of Artefactual and Misleading Within-Host Variants in Deep-Sequencing SARS-CoV-2 Data
本研究は、SARS-CoV-2 の深層シーケンシングデータにおいて、特定のシーケンシング施設に依存した系統的なアーティファクトが低頻度変異の検出を歪めることを明らかにし、データセットの反復性を活用してこれらのアーティファクトを特定・マスクする枠組みを開発することで、宿主内多様性や伝播ボトルネックの推定など下流の進化推論の信頼性を向上させることを示しています。
Intron architecture predicts chromatin features in Arabidopsis thaliana
本論文は、アラビドプシス・タリナにおいて、イントロンの位置が転写開始点周辺の活性クロマチン状態を、イントロンの総数が遺伝子本体のクロマチン特徴や遺伝子発現をそれぞれ予測することを示し、イントロン構造がクロマチン状態と遺伝子発現に影響を与える二つの異なるメカニズムを提唱しています。
The complete genome of the KOLF2.1J reference iPSC line
本研究は、神経変性疾患研究における参照標準として選定されたiPSC細胞株KOLF2.1Jの完全なゲノムアセンブリとカスタム注釈を作成し、従来の参照ゲノムよりも包括的なマッピングと正確な解析を可能にする公開リソースを提供したものである。
Persistent SARS-CoV-2 Spike is Associated with Localized Immune Dysregulation in Long COVID Gut Biopsies
本論文は、長引くコロナ症候群（Long COVID）患者の腸管生検組織において、持続的な SARS-CoV-2 スパイクタンパク質が局所的な免疫細胞の集積と炎症性転写プロファイルの変化を引き起こし、免疫調節不全を駆動していることを多角的な手法で実証したものである。
Chromosome-level Genome Assembly of the South African Lion (Panthera leo melanochaita)
本研究は、パシフォ HiFi および Omni-C 配列解析技術を用いて、南アフリカライオン（Panthera leo melanochaita）の染色体レベルの高品質なゲノムアセンブリを構築し、同種群の保全および集団ゲノム研究の基盤を提供したものである。
Ensembles of Graph Attention Networks Supervised by Genotype-to-Phenotype Structures Improved Genomic Prediction Performance
この論文は、遺伝子ネットワークなどのデータ駆動型事前知識を単独で組み込んだグラフ注意ネットワーク（GAT）モデルでは一貫した性能向上が見られなかったものの、多様な遺伝子型 - 表現型構造を統合した GAT アンサンブルモデルが、マウスの開花時間形質のゲノム予測において一貫して高い精度を達成したことを示しています。
The Zelda Interactome Reveals Diverse Co-factors Essential for Pioneer Factor-Mediated Zygotic Genome Activation
この論文は、ショウジョウバエの受精卵ゲノム活性化におけるマスター・パイオニア転写因子 Zelda の相互作用ネットワークを網羅的に解析し、dCBP や Fsh などの共活性化因子、ヌクレオソームリモデリング複合体、転写抑制因子 Smr、および Tlk キナーゼなど多様な共因子が、Zelda によってどのように協調して機能し、胚発生初期の迅速な細胞分裂と転写活性化を統合しているかを明らかにしたものである。