345 件の論文
ゲノミクスは、生命を構成する設計図である遺伝情報を解読し、その働きや多様性を理解するための重要な分野です。この領域では、DNA の配列から病気の原因を突き止める研究から、進化の歴史をたどる調査まで、多岐にわたる発見が生まれています。Gist.Science では、これらの最先端の知見を、専門用語に頼らず誰でも理解できる形でお届けします。
当サイトのゲノミクスカテゴリに掲載される論文はすべて、プレプリントサーバー bioRxiv から提供された最新のものであり、承認前の研究結果も含んでいます。Gist.Science は bioRxiv から届くすべての新規プレプリントを自動的に処理し、専門家が読める詳細な技術的要約と、一般の方も読める平易な解説の両方を生成して公開しています。
以下に、ゲノミクス分野における最新の論文リストを掲載します。
本論文は、アライメント不要で迅速かつ相互運用可能な MTBC（結核菌複合体）系統分類と薬剤耐性変異検出を可能にする新規ツール「Pathotypr」を開発・検証し、大規模なゲノム監視におけるリアルタイムかつ国境を越えた結核サーベイランスを支援することを示しています。
この論文は、ハワイの固有種であるウィリウィリ樹の主要害虫である侵入性コバチ（Quadrastichus erythrinae）およびその共生細菌（Wolbachia）の染色体レベルのゲノム配列を初めて解読し、比較ゲノム解析や害虫管理研究の基盤を確立したことを報告しています。
本研究は、乳牛における熱ストレスが免疫調節に関与する遺伝子領域（MSN や MECP2 など）の DNA 低メチル化を引き起こし、血球のメチル化プロファイルを通じて免疫応答に影響を与えることを示しました。
本研究は 2,658 個のデスルフォビブリウム属ゲノムを網羅的に解析し、鞭毛や尿素分解酵素などの菌株特異的な機能形質が炎症性疾患と関連していること、および特定の代謝経路が炎症性腸疾患に特異的に見られることを明らかにし、疾患との新たな関連性を解明した。
この論文は、カリブ海サンゴの組織喪失病（SCTLD）において、溶原化能を持つ温和なバクテリオファージが細菌の病原性遺伝子を水平伝播させることで、サンゴの病態形成に寄与している可能性を示唆しています。
本研究では、アルツハイマー病などの疾患研究や霊長類進化の理解に不可欠なモデル生物である普通マミジモン（Callithrix jacchus）の、テロメアからテロメアまでの完全な参照ゲノムとパンゲノムを初めて構築し、セントロメアや性染色体、MHC 領域など複雑なゲノム領域の詳細な構造解明と、マミジモン固有の遺伝子群の同定を成し遂げました。
本論文は、細菌サンプルのショートリードアセンブリグラフから円形プラスミドをバインディングする問題に対し、ネットワーク多フロー問題として定式化し混合整数線形計画を用いて解く新たな手法「PlasBin-HMF」を提案し、500 以上のサンプルを用いた評価において既存手法を上回る性能と説明可能性を維持していることを示しています。
本論文は、DNA 言語モデルの埋め込み表現の予測能力を評価する新たなベンチマーク「LAMBDA」を提案し、バクテリオファージと宿主細菌の配列識別タスクを通じて、トレーニングデータの質やドメイン特化の重要性に関する洞察を提供するものである。
この研究は、全ゲノム解析を用いてアフリカの*Plasmodium malariae*（マラリア原虫）に、地理的隔離なく共存し、宿主や媒介昆虫との相互作用に関与する適応遺伝子を持つ 2 つの遺伝的に明確なサブタイプ（クリプトタイプ）が存在することを初めて明らかにしました。
この論文は、ゲノム上の祖先を離散的なラベルではなく連続座標空間内の点群として表現する「点群局所祖先推定（PCLAI）」という新しい手法を提案し、古代サンプルを用いた時空間にわたる祖先の連続的な変化を可視化することを目的としています。