The emergence of bacterial blight pathogen followed the dispersal pattern of rice in Asia
この研究は、アジアにおけるイネの栽培と拡散の歴史が、主要なイネ病害である白葉枯病の原因菌（Xoo）の進化と分布パターンを形作り、3 つの祖先系統がそれぞれイネの品種や交易ルートに同期して広まったことをゲノム解析から明らかにしたものである。
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genomics
511 件の論文
ゲノミクスは、生命を構成する設計図である遺伝情報を解読し、その働きや多様性を理解するための重要な分野です。この領域では、DNA の配列から病気の原因を突き止める研究から、進化の歴史をたどる調査まで、多岐にわたる発見が生まれています。Gist.Science では、これらの最先端の知見を、専門用語に頼らず誰でも理解できる形でお届けします。
当サイトのゲノミクスカテゴリに掲載される論文はすべて、プレプリントサーバー bioRxiv から提供された最新のものであり、承認前の研究結果も含んでいます。Gist.Science は bioRxiv から届くすべての新規プレプリントを自動的に処理し、専門家が読める詳細な技術的要約と、一般の方も読める平易な解説の両方を生成して公開しています。
以下に、ゲノミクス分野における最新の論文リストを掲載します。
Whole genomes reveal how Andean climate history shapes genetic diversity and modern conservation risk in South American pumas
この論文は、アンデス地域の気候変動史と全ゲノムデータを統合して分析し、エクアドルのピューマ個体群が歴史的な隔離と接続のパターンによって異なる遺伝的リスクに直面していることを明らかにし、地域固有の保全戦略の重要性を提唱しています。
GFMBench-API: A Standardized Interface for Benchmarking Genomic Foundation Models
GFMBench-API は、ゲノム基盤モデル（GFM）のモデル固有の処理とタスク固有のデータストリームを分離するモジュラーなミドルウェアアーキテクチャを採用し、評価の標準化と再現性のある比較を可能にする高レベルの Python インターフェースとして設計されています。
Modeling mitochondrial inheritance enables high-precision single-cell lineage tracing in humans
本研究は、ミトコンドリア DNA の体細胞変異と Wright-Fisher 浮動モデルを統合した確率的フレームワーク「MitoDrift」を開発し、ヒト造血や多発性骨髄腫における高精度な単細胞系統追跡を実現することで、細胞の系統史と転写・エピジェネティックなプログラムを定量的に結びつけることを可能にした。
MicroRNA modulation of viral nervous necrosis resistance in European seabass
本論文は、ヨーロッパスズキのウイルス性神経壊死症（VNN）耐性において、miR-199-5p が標的遺伝子 ifi27l2a の発現を抑制することで耐性形質の個人差を調節し、育種における有望なバイオマーカーとなり得ることを初めて明らかにしたものである。
Nanopore metagenomic sequencing links clinically relevant resistance determinants to pathogens
本研究は、ナノポアメタゲノムシーケンシングにおける DNA メチル化パターンを活用することで、培養を介さずに患者検体から抗菌薬耐性遺伝子をその病原性宿主に直接結びつける新たな手法を開発し、臨床監視における耐性菌の迅速な特定を可能にしたことを示しています。
High quality chromosomal genome assemblies of three human Plasmodium species directly from natural infections
本研究は、PacBio HiFi 長配列読みと Hi-C 技術を用いて、自然感染サンプルから直接 P. ovale wallikeri、P. malariae、P. falciparum の高品質な染色体レベルゲノムを構築し、これまでアクセスが困難だった亜端領域の遺伝子ファミリーを解明することで、マラリア根絶に向けた重要な基盤を提供しました。
Genotypic and phenotypic diversity of Maudiozyma humilis: the multiple evolutionary trajectories of a domesticated yeast
本論文は、パン酵母であるMauriomyza humilis の世界規模の菌株コレクションを解析し、交配型スイッチングの欠如と主にクローン繁殖による複雑な進化史、ならびに表現型の多様性が倍体数よりも系統的分岐に強く依存していることを明らかにした。
CLM-X: A multimodal single-cell foundation model with flexible multi-way Transformer for unified scRNA-seq and scATAC-seq analysis
本論文は、scRNA-seq と scATAC-seq の統合分析を可能にする柔軟なマルチウェイ・トランスフォーマーに基づくマルチモーダル単一細胞基盤モデル「CLM-X」を提案し、バッチ補正やクロスモーダル翻訳など多様な下流タスクにおいて既存手法を上回る性能を実証したものである。
Genomic and Evolutionary Determinants of Two-hit Frequencies in Tumor Suppressor Genes
本論文は、約 9,000 例の腫瘍ゲノムデータを解析し、がん抑制遺伝子の両対立遺伝子不活化（2 ヒット）頻度の多様性が、変異の機能的影響や選択圧、染色体環境、および全ゲノム重複後の進化過程など、複数の要因によって決定されることを明らかにした。