How many phage species remain undiscovered? Species sampling approaches to inform phage discovery
この論文は、非パラメトリック推定手法がモデルベース手法よりも優れていることを示し、既存のデータに基づいて新規バクテリオファージ種の発見効率を評価することで、耐性菌対策に向けたファージ治療の持続可能な開発を支援する戦略を提供しています。
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genomics
511 件の論文
ゲノミクスは、生命を構成する設計図である遺伝情報を解読し、その働きや多様性を理解するための重要な分野です。この領域では、DNA の配列から病気の原因を突き止める研究から、進化の歴史をたどる調査まで、多岐にわたる発見が生まれています。Gist.Science では、これらの最先端の知見を、専門用語に頼らず誰でも理解できる形でお届けします。
当サイトのゲノミクスカテゴリに掲載される論文はすべて、プレプリントサーバー bioRxiv から提供された最新のものであり、承認前の研究結果も含んでいます。Gist.Science は bioRxiv から届くすべての新規プレプリントを自動的に処理し、専門家が読める詳細な技術的要約と、一般の方も読める平易な解説の両方を生成して公開しています。
以下に、ゲノミクス分野における最新の論文リストを掲載します。
The metabolic resistance blueprint: Genomic dissection of DDT resistance in historical kdr-free East African Anopheles gambiae
この論文は、1990 年代に確立されたキルラジ（kdr）変異を欠く歴史的なマラリア媒介蚊（Anopheles gambiae）の交配系統を用いた集団分割解析（BSA）を通じて、DDT 耐性の遺伝的基盤がグルタチオン S-トランスフェラーゼ（GSTe）遺伝子クラスターの多様化と発現調節に由来することを解明し、その変異が現在もアフリカ東部の自然集団において選択圧を受けていることを示したものである。
Comparative multi-omics of the macrophage response to infection with Mycobacterium tuberculosis complex bacteria reveals pathogen-driven epigenomic reprogramming
本論文は、多オミクス解析を用いて牛肺胞マクロファージにおけるMycobacterium bovis感染への応答を解明し、宿主の遺伝子発現とエピゲノムが病原体によって特異的に再プログラミングされることで感染が維持されるメカニズムを明らかにし、牛結核への耐性強化に向けた育種戦略の分子ターゲットを提示したものである。
Matched single-cell chromatin, transcriptome, and surface marker profiling captures in vivo epigenomic reprogramming during basal-to-luminal transition in the mammary gland
本研究では、1 細胞からエピゲノム、トランスクリプトーム、表面マーカーを同時に高解像度で測定する新規手法「OneCell CUT&Tag」を開発し、乳腺における基底細胞から管腔細胞への転分化過程において、エピゲノムが連続的に変化し「中間状態」を形成する一方で転写プロファイルは二元的にスイッチするといった、細胞アイデンティティ形成における異なるオミクス層の役割を解明しました。
RNA-binding proteins and regulatory networks involved in life-stage, stress temperature, and drug resistance in Leishmania parasites
本論文は、33 株 19 種のリーシュマニア属寄生虫を対象とした比較ゲノム解析とトランスクリプトーム解析を統合し、ライフステージ、ストレス、薬剤耐性における RNA 結合タンパク質の多様性と機能ネットワークを包括的に解明し、特に抗サントニウム耐性に関与する調節機構の特定に成功したことを報告するものである。
commonPeak: Equivalence testing to identify common ChIP-seq peaks across conditions and protocols
この論文は、異なる ChIP-seq プロトコルや生物学的条件間でのピーク位置と強度の一致を定量化し、同等性検定を用いて共通のピークを同定する統計的フレームワーク「commonPeak」を開発し、乳がん細胞株のデータを用いた実証を通じて、保存された転写プログラムと条件特異的な変化を区別する手法の有用性を示したものである。
The genome sequence of Pavonine herpesvirus 1, a novel Mardivirus infecting peafowl
本研究は、ニワトリのマルドウイルスと系統近縁ながら腫瘍形成に関与する主要な遺伝子を欠き、おそらく非発癌性の新規マルドウイルスである「クジャクヘルペスウイルス 1（PaHv1）」のゲノム配列を解読し、鳥類ヘルペスウイルスの多様性と進化に関する知見を深めたものである。
Genome sequence of the ornamental plant Digitalis purpurea reveals the molecular basis of flower color and morphology variation
本論文は、キツネノテッポウ（Digitalis purpurea）のロングリード配列解析に基づく高品質なゲノム配列を報告し、アントシアニン合成遺伝子における挿入変異が花色の白色化を、DpTFL1/CEN 遺伝子における挿入変異が頂花の大型化をそれぞれ引き起こしている分子メカニズムを解明したものである。
How Ant Genomes Repeatedly Reinvent Venom
25 種のアリを対象とした比較ゲノム解析により、アリの毒ペプチド進化が、単一遺伝子ファミリーからの派生という従来の仮説を覆し、特定のゲノム領域における遺伝子重複や生態的ニッチに応じた多様な遺伝子群の繰り返し採用という複合的なメカニズムによって駆動されていることが明らかになりました。
Allele-specific alternative polyadenylation links noncoding genetic variation to Alzheimer's disease risk
この研究は、脳におけるアレル特異的選択的ポリアデニル化（asAPA）が RNA 結合タンパク質（特に FMRP）を介して非コード領域の遺伝的変異と転写構造を結びつけ、自閉症スペクトラム障害やアルツハイマー病などの神経疾患のリスクメカニズムを解明したことを示しています。