Deep Branching of Archaea: A Phylogenomic Study Using Five Universal Protein Markers
5つの普遍的タンパク質マーカーと近隣結合法を用いたこの系統ゲノム学的研究は、古細菌種である*Thermococcus pelagicus*が、細菌と真核生物の共通祖先よりも前に分岐した最も深い分岐系統であることを示唆しており、一方で特定の真核生物種を細菌のクレード内に位置付けている。
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5つの普遍的タンパク質マーカーと近隣結合法を用いたこの系統ゲノム学的研究は、古細菌種である*Thermococcus pelagicus*が、細菌と真核生物の共通祖先よりも前に分岐した最も深い分岐系統であることを示唆しており、一方で特定の真核生物種を細菌のクレード内に位置付けている。
本研究は、昆虫*Neolithus fasciatus*が、広範な組織再編成と特異的な細胞壁のリモデリングを通じて、*Sapium glandulosum*の異なる花蜜腺および果皮において形態学的に収斂した虫瘤を誘導する一方で、器官特異的なペクチン署名を保持していることを示している。
ロングリードシーケンシングとヒトパンゲノムアセンブリを活用することで、本研究は、予測されるZ-DNA形成配列が、多様なヒトハプロタイプおよびゲノムコンテキストにおいて、特に挿入および欠失に関する変異密度の高さに関連していることを明らかにしている。
本研究は、非生物的ストレスによって誘導され、核および細胞質に局在するシーメア・リアオトゥンゲンスシス(Suaeda liaotungensis)由来の転写因子SlNAC6が、抗酸化酵素活性を高め、酸化ダメージを軽減し、ストレス応答遺伝子をアップレギュレートすることによって、形質転換シロイヌナズナにおける塩ストレスおよび乾燥耐性を正に制御することを実証している。
本研究は、慢性的なゲノム毒性および代謝ストレスが、ヒトのミクログリアにおいて、異なる制御経路、ミトコンドリアのリモデリング、および独自の炎症シグネチャーを特徴とする、明確でありながらも重複した老化プログラムを駆動しており、それらが神経変性プロセスに異なった形で寄与している可能性があることを示している。
本研究は、FINO2がTrxR1を阻害することでPDIの還元を妨げ、それによってPDIオキシダーゼを活性化してNOSの二量体化、NOの蓄積、およびそれに続く脂質過酸化を促進することにより、HT22ニューロンにおいてフェロトーシスを誘導することを実証している。
本研究は、低温および短時間の酸性ストレスの両方が、CHO-K1細胞およびHEK-293E浮遊細胞における形質膜透過性を著しく増強することを示しており、特にCHO-K1細胞が酸性条件下に対して顕著かつ持続的な応答を示すことから、細胞外pHがバイオテクノロジーへの応用における分子デリバリーを改善するための鍵となる調節因子であることを特定している。
本論文は、固定タイムステップによるシミュレーションの限界を克服し、3つの模擬マイクロ回路を通じて検証された通り、連続時間力学への解析的な対応関係を維持しつつ、形式的に検証可能でデッドライン保証のあるリアルタイム実行を可能にする、生物学的神経回路をモデリングするためのT-timedペトリネット・フレームワークを提案する。
本研究は、全エクソーム解析およびイン・シリコ解析を用いて、二次性免疫不全を伴うB細胞リンパ増殖性疾患の患者は、一次性免疫不全の患者と高い変異頻度を共有している一方で、複合免疫不全および免疫調節遺伝子における変異の有病率の高さや、異なる遺伝形式および変異の共起パターンを特徴とする、独自の遺伝的プロファイルを示すことを明らかにしている。
本研究は、証拠の再利用を禁じる分割されたACMGフレームワークの下では、内在的な配列データのみではミスセンス変異を病原性と分類するには数学的に不十分であることを示しており、不確実な意義の負担を軽減するには、計算予測精度の向上ではなく、多様な種類の証拠が必要であることを明らかにしている。