🧬 biology

Disentangling Loss Design and Ontology-Aware Architecture in GNN-Based Protein Function Prediction A Controlled Ablation Study

이 통제된 어블레이션 연구는 GNN 기반 단백질 기능 예측에서 제안된 정보 축적 인지 손실 함수(Information Accretion-aware loss function)가 역효과를 내는 반면, 최적의 성능은 GCN 아키텍처를 교차 온톨로지 어텐션 및 표준 이진 교차 엔트로피 손실과 결합함으로써 달성된다는 것을 밝혀냈다.

Yongjin Chen, Xiyuan Wang, Yiman Gao, Songze Zhu2026-09-10
🧬 biology

H18 haemagglutinin binds MHC class II at a site distant from the canonical sialic-acid binding site

이 연구는 박쥐 유래 인플루엔자 H18 헤마글루티닌이 전형적인 시알산 포켓과는 구별되는 새로운 부위에서 MHC class II 분자에 결합하여 바이러스 융합을 촉진하는 구조적 변화를 유도하며, 숙주 침입을 위해 단백질 수용체를 활용하는 해당 단백질의 구조적 적응성을 입증한다는 사실을 밝혀냈다.

Antoni Wrobel, Jonathan Robert, Maria Osman, Valeria Calvaresi, Benjamin Bouzabia, Selene Franchini, Sophie Focks, Liubo (…)2026-09-10
🧬 biology

Evaluating porcine antisense oligonucleotide RNA-seq for cross- species virtual-knockout benchmarking

본 연구는 돼지 안티센스 올리고뉴클레오타이드 RNA-seq 데이터를 평가하여 교차 종 가상 결손 벤치마킹의 타당성을 결정하며, 전체 전사체 점수 산출은 추정치 불일치로 인해 신뢰할 수 없는 반면, 상위 유전자 순위 점수는 재현 가능하며 인간 유래 섭동 모델을 가축으로 확장하기 위한 방어 가능한 목표를 제공한다는 결론을 내린다.

Xiaotong Zhao, Hua Chang, Zhuoyu Zhao, Xun Xiang2026-09-10
🧬 biology

Geographic Variation in the Urinary Microbiota of Patients with Urolithiasis

이 국가 간 연구는 요로결석 환자의 소변 내 미생물 풍부도는 유사하지만, 전체적인 군집 구성과 특정 분류군 함량은 대만과 한국 사이에 유의미하게 다르다는 것을 밝혀냈으며, 이는 지리적 및 환경적 요인이 요로결석과 관련된 독특한 소변 미생물군 프로파일을 형성한다는 것을 시사한다.

Hsiang Ying Lee, Chun Kai Chang, Wen-Jeng Wu, Deng‐Chyang Wu, Sung Yong Cho2026-09-10
🧬 biology

A Genome-Wide Causal Network Reveals Conserved Cross-Module Regulatory Architecture in Human Cancer

본 연구는 인간 암의 첫 번째 전전장 유전체 지향적 조절 네트워크를 재구성하기 위해 확장 가능한 저계수 미분 가능 인과 발견 방법을 도입하며, 이를 통해 유전적 필수성과는 크게 독립적인 조절 관계를 포착하는 약물 투여 가능한 데이터 허브에 의해 지배되는 보존된 교차 모듈 구조를 밝혀낸다.

Shuaidong Gao2026-09-10
🧬 biology

Adaptation and psychometric evaluation of the BANKS-SP biobanking survey in longstanding dengue virus cohorts in Colombia and Nicaragua

본 연구는 콜롬비아와 니카라과의 뎅기열 코호트에서 BANKS-SP 바이오뱅킹 설문의 심리측정적 특성을 적응 및 평가하였으며, 자기효능감 척도는 적절하게 수행된 반면 태도 척도는 수정이 필요하고 두 지역 모두 생체 시료 거버넌스 및 법적 프레임워크에 관한 지식에서 상당한 격차를 보였다는 것을 발견하였다.

Lauren Maxwell, Mahir Bhatt, Harold Suazo Laguna, Jackeline Bravo Chamorro, María Consuelo Miranda Montoya, Luz Leegstra (…)2026-09-10
🧬 biology

Umbilical Cord Mesenchymal Stem Cells Alleviate Osteoblast Differentiation Disorder Induced by Oxidative Stress by Inhibiting Ferroptosis Through the miR-218-5p/CBX3 Axis

본 연구는 제대혈 중간엽 줄기세포(UC-MSCs)가 miR-218-5p를 상향 조절하여 CBX3를 표적 및 억제함으로써 산화 스트레스로 유발된 조골세포 분화 장애를 완화하고 페로토시스를 억제하며, 이를 통해 miR-218-5p/CBX3 신호 전달 축을 통해 골 형성 기능을 회복시킨다는 것을 입증한다.

Lintong Li, Yunda Huang, Yuan Ma, Jiaxin Liu, Yu Chang2026-09-10
🧬 biology

Noncanonical catalytic-relay geometry and PET-oligomer accommodation in a CheB-like α/β-hydrolase from Pseudomonas marincola

본 연구는 *Pseudomonas marincola* 유래 CheB 유사 가수분해 효소가 Ser–His–Asp 모티프를 보유하고 있음에도 불구하고, 이 효소의 비정형적 촉매 기하 구조와 제한적인 올리고머 도킹 포즈는 효율적인 PET 분해를 위해 사전 조직화되어 있지 않음을 입증하며, 이는 모티프의 보존성만으로는 효소 기능을 보장할 수 없음을 강조한다.

Mahira Shaikh2026-09-10
🧬 biology

A novel topology-guided adaptive strategy for automated nuclear-cytoplasmic H-Score quantification in immunohistochemistry

본 논문은 다양한 면역조직화학 데이터셋 전반에 걸쳐 핵 및 세포질 H-score의 매우 정확하고 재현 가능한 자동 정량화를 달려 성하기 위해, StarDist 핵 검출과 위상 기하학 기반 보로노이 분할 전략 및 적응형 보정을 결합한 오픈 소스 방식의 훈련 불필요(training-free) ImageJ/Fiji 플러그인을 소개한다.

Weiyu Wang, Mengting Lin, Fuxian Zou, Zhenzhen Yang, Mingqing Huang, Changxian Chen2026-09-10
🧬 biology

Reduced Representation Nanopore Sequencing: A Cost-Effective Workflow for Accurate and High-Throughput Targeted DNA Methylation Profiling

본 연구는 비용 효율적인 워크플로인 축소 표현 나노포어 시퀀싱(Reduced Representation Nanopore Sequencing, RRNS)을 소개하며, 이는 MspI 기반의 표적 농축과 직접 나노포어 시퀀싱을 결합하여 바이설파이트 전환의 한계와 고비용의 전전체 염기서열 분석 문제를 극복하면서 고처리량의 정확한 DNA 메틸화 프로파일링을 가능하게 한다.

Keisho Hasegawa, Daigo Okada, Kengo Suzuki, Marumi Ishikawa, Akinori Tsuruma, Masaki Kimura, Yoshimasa Saito2026-09-10