238 papers
Biochemie vormt de brug tussen de biologie en de chemie, waarbij we kijken naar de moleculaire processen die leven mogelijk maken. Op deze pagina verkennen we de nieuwste inzichten in hoe cellen functioneren, hoe enzymen werken en welke chemische reacties ons DNA sturen. Het is een fascinerend veld dat vaak complexe concepten omvat, maar die we hier proberen toegankelijk te maken voor iedereen.
Elk nieuw preprint dat op bioRxiv verschijnt binnen dit onderwerp, wordt direct verwerkt door Gist.Science. Wij bieden voor elk artikel zowel een duidelijke samenvatting in gewone taal als een gedetailleerde technische analyse, zodat u snel de kern begrijpt zonder vast te lopen in vakjargon. Hieronder vindt u de meest recente publicaties in biochemie, direct vanuit de bron.
Dit artikel beschrijft een open-source methode om in-source fragmentatie (ISF) in massaspectrometrie-gebaseerde proteomica te detecteren en te mitigeren, een veelvoorkomend fenomeen dat leidt tot misinterpretatie van data en kunstmatige peptide-identificaties, met name in peptide-gedreven toepassingen zoals immunopeptidomica.
Deze studie onthult de moleculaire structuur en nanomolaire affiniteit van de interactie tussen het SARS-CoV-2-spike-eiwit en het neurale co-receptorcontactin 1 (CNTN1), wat nieuwe inzichten biedt in de neurotropisme van het virus en de mechanismen achter long-COVID.
Dit onderzoek onthult de kristalstructuren van het periplasmatische domein van ToxS en toont aan dat galzouten de vorming van een ToxS-homodimeer induceren, waardoor een structureel model voor de galzout-gemedieerde regulatie van het ToxRS-virulentiesysteem in Vibrio-bacteriën wordt geboden.
De studie toont aan dat mutaties in de {beta}5-{beta}6-lus van OXA-48-varianten de waterstofbruggen in het actieve centrum veranderen, wat leidt tot verschillen in de hydrolyse-efficiëntie van imipenem door beïnvloeding van de deacyleringsdynamiek en bindingsaffiniteit.
Hoewel metabole enzymen evolutionair sterk geconserveerd zijn, tonen hun katalytische efficiënties geen universeel trendpatroon gebaseerd op organismische complexiteit, maar vertonen enzymspecifieke variaties die worden bepaald door contextuele selectiedrukken zoals metabole vraag en regulatie.
Dit onderzoek toont aan dat niet-fibrillaire oligomeren en transient assembly-intermediairen van het prion-eiwit (PrP) structurele informatie kunnen opslaan en doorgeven, waardoor ze fungeren als onafhankelijke templates die de conceptuele kaders van prion-assembly uitbreiden voorbij de klassieke fibril-eindverlenging.
Moleculaire dynamica-simulaties tonen aan dat volledige oxidatie van virale membraanlipiden de verankering van het SARS-CoV-2-spike-eiwit significant verzwakt door de lipide-structuur te verstoren, hoewel deze oxidatie alleen waarschijnlijk niet voldoende is voor spontane detachering en eerder als synergistisch mechanisme werkt met mechanische krachten.
Door ultrahoog-throughput screening met een volumineus fluorogeen substraat, hebben onderzoekers afstandelijke mutaties in het enzym LinB geïdentificeerd die de katalytische efficiëntie en specificiteit verbeteren door de dynamiek van de toegangstunnel te moduleren.
Deze studie introduceert een platform met chiraale oxaziridine-reagentia om stereospecifieke methionine-oxidatieplaatsen in het proteoom te identificeren en onthult dat deze asymmetrische modificaties, die specifiek door methioninesulfoxidereductase-enzymen A en B kunnen worden teruggedraaid, de eiwitfunctie allosterisch kunnen reguleren.
Dit onderzoek presenteert een integratieve modelleringbenadering die experimentele kruislinkingdata combineert met computationele technieken om de structuur van het onbekende HDAC2:MIER1:MHAP1-complex op te helderen, waarbij wordt aangetoond dat de intrinsiek ongeordende gebieden van deze eiwitten cruciaal zijn voor de complexvorming en dat deze aanpak superieur is aan het gebruik van AlphaFold alleen.