388 papers
EnzySeek is een AI-agent die onderzoekers ondersteunt bij het efficiënt verkennen van enzymreactiepaden door een domeinspecifieke kennisbank te combineren met geautomatiseerde simulatiewerkstromen, waarbij menselijke validatie en QM/MM-berekeningen worden gebruikt om de nauwkeurigheid te waarborgen.
Dit onderzoek toont aan dat vrouwen met het polycysteus-ovariumsyndroom (PCOS) gecoördineerde verstoringen in het metabolisme van galzuren vertonen, waarbij specifieke veranderingen in serumniveaus en metabole patronen een sterke link aantonen tussen galzuurdysregulatie en de endocriene en metabole stoornissen die kenmerkend zijn voor PCOS.
Deze studie introduceert DONDI-5, een chemisch stabiele fluorescente probe die diacylglycerol nabootst en experimenteel aantoont dat deze lipiden naar en tijdelijk in lipidedruppels kunnen worden getransporteerd zonder eerst te worden omgezet in triacylglycerolen.
Deze studie introduceert een redox-gevoelige RNA-modificatie die via een nitro-carbaam-groep de functie van RNA tijdelijk uitschakelt en binnen minuten specifiek kan worden geactiveerd door een THDB-BIPY-reductiepaar, waardoor een veelzijdig hulpmiddel ontstaat voor de tijdelijke regulatie van RNA-activiteit in zowel onderzoek als therapeutische toepassingen.
Dit onderzoek toont aan dat het bacteriële ESCRT-III-eiwit IM30 in *Synechocystis* onder stresscondities, mede door lokale verzuring, overgaat in vloeibaar-vloeibare fase-scheiding om functionele condensaten te vormen die dienen als snelle stresssensoren en effectoren.
Deze studie onthult het moleculaire mechanisme waarmee het dCas12f-σE-systeem van *Flagellimonas taeanensis* genexpressie activeert door RNA-gestuurde DNA-binding te koppelen aan de rekrutering van RNA-polymerase, waarbij de klassieke promotorherkenning wordt vervangen door CRISPR-gestuurde targeting en een ongebruikelijke stabilisatie van het -10-element.
Deze studie toont aan dat het deubiquitinerende enzym Otu1 (Yod1) substraatproteïnen bevrijdt van het Cdc48/p97-initiatiecomplex door de ubiquitineketen te trimmen, waardoor een nutteloze cyclus wordt doorbroken en de proteïnen succesvol naar het proteasoom worden getransporteerd voor afbraak.
Dit onderzoek toont aan dat fysieke normalisatie van eiwitmengen in veel kwantitatieve proteomica-experimenten kan worden weggelaten zonder de meetvariabiliteit onaanvaardbaar te verhogen, mits er gebruik wordt gemaakt van geavanceerde computationele normalisatiestrategieën.
Deze studie toont aan dat een ongericht metabolomisch profiel van serum bij vrouwen met polycysteus ovariumsyndroom (PCOS) specifieke metabole verstoringen onthult die sterk geassocieerd zijn met insulineresistentie en ontsteking, wat nieuwe inzichten biedt voor vroege diagnose en gerichte therapieën.
Deze studie identificeert elf fytochemische verbindingen in het Vietnamese *Aruncus dioicus* en toont aan dat specifieke fenylpropanoïden, zoals p-coumarinezuur en cinnamaatzuur, potentieel antidiabetische eigenschappen bezitten door PTP1B en α-glucosidase effectief te remmen.
De studie concludeert dat de aanhechting van submicron koolstofdeeltjes, Escherichia coli en humuszuren aan pristine thermoplastische oppervlakken over het algemeen laag is en voornamelijk wordt bepaald door de eigenschappen van de deeltjes zelf in plaats van die van het plastic, wat de beperkingen van klassieke interactiemodellen in deze context benadrukt.
Dit onderzoek onthult dat het enzym FabB in E. coli beschikt over een verborgen bindingszak die, in tegenstelling tot het homoloog FabF, alternatieve bindingsmodi mogelijk maakt om mutaties op te vangen en de synthese van langere vetzuren te faciliteren.
Deze studie onthult dat de methyltransferasen PRMT1 en Hmt1 onder oxidatieve stress een katalyse-onafhankelijke rol spelen bij het oplossen van α-synucleine-aggregaten en het verminderen van toxiciteit, wat nieuwe therapeutische richtingen voor neurodegeneratieve ziekten zoals Parkinsons ziekte oplevert.
Dit onderzoek identificeert ASCH-domein-eiwitten als een wijdverspreide, geconserveerde familie van tRNA-deacetylases die N4-acetylcytidine (ac4C) van tRNA verwijderen, wat suggereert dat ac4C-omzet een complex gereguleerd proces is.
Deze studie bepaalt de kristalstructuren en ontrafelt het katalytische mechanisme van twee nieuwe HDV-ribozymen, waarbij wordt aangetoond dat ze een dubbel-pseudoknopen-architectuur delen en een uniek mechanisme gebruiken dat een Lewis-zuur-geactiveerde nucleofiele aanval combineert met C75 als zuurkatalysator, in plaats van de algemene base-katalyse die bij de meeste andere nucleolytische ribozymen voorkomt.
Dit onderzoek toont aan dat peptidisc-gemiddelde DIA-MS een krachtige methode is om te laten zien dat de M1-muscarinische acetylcholinereceptor-modulator VU0486846 bij APP-muizen selectief ziekte-gerelateerde membraaneiwitten beïnvloedt, in plaats van wijdverspreide veranderingen in het membraanproteoom teweeg te brengen.
Deze studie identificeert een cruciaal SAP-domein PIP-motief in RAD18 dat essentieel is voor PCNA mono-ubiquitinatie en de synthetische letaliteit tussen USP1-inhibitie en BRCA1-deficiëntie, waardoor het een belangrijk mechanisme vormt voor zowel de gevoeligheid als de resistentie tegen USP1-gerichte therapieën.
Dit onderzoek toont aan dat fosfolipiden uit haringkuit de synthese van gespecialiseerde pro-resolverende mediators (SPM's) stimuleren in macrofagen en een psoriasis-model, wat een mogelijk mechanisme biedt voor de ontstekingsremmende werking van haringkuitolie bij psoriasis.
Dit artikel beschrijft de synthese en toepassing van mRNA-BLNP3, een nieuwe generatie bifunctionele lipiden-nanopartikels die door dubbele targeting van CD1d- en mannose-receptoren op antigeenpresenterende cellen een superieure selectiviteit, verminderde leveropname en versterkte humorale en cellulaire immuunresponsen biedt ten opzichte van eerdere generaties.
Deze studie identificeert een dringbare redoxschakel op het eiwit SHP1 en ontwikkelt een selectieve covalente agonist die macrofaagontsteking remt door IRAK-signalering te antagoniseren.