285 papers
Biochemie vormt de brug tussen de biologie en de chemie, waarbij we kijken naar de moleculaire processen die leven mogelijk maken. Op deze pagina verkennen we de nieuwste inzichten in hoe cellen functioneren, hoe enzymen werken en welke chemische reacties ons DNA sturen. Het is een fascinerend veld dat vaak complexe concepten omvat, maar die we hier proberen toegankelijk te maken voor iedereen.
Elk nieuw preprint dat op bioRxiv verschijnt binnen dit onderwerp, wordt direct verwerkt door Gist.Science. Wij bieden voor elk artikel zowel een duidelijke samenvatting in gewone taal als een gedetailleerde technische analyse, zodat u snel de kern begrijpt zonder vast te lopen in vakjargon. Hieronder vindt u de meest recente publicaties in biochemie, direct vanuit de bron.
Deze studie toont aan dat ATR-FTIR-spectroscopie gecombineerd met regressiemodellering een snelle, labelvrije en niet-destructieve methode biedt voor het kwantificeren van 5-methylcytosine en 5-hydroxymethylcytosine in DNA, inclusief circulerend tumor-DNA.
Deze studie identificeert en karakteriseert thermolanthine, een nieuw klasse II lanthipeptide uit *Thermoactinomyces* sp. DSM 45891 met een unieke stereochemische ringstructuur en antimicrobiële activiteit tegen Gram-negatieve ESKAPE-pathogenen.
Deze studie identificeert TvAPT, een cyanobacteriële enzymatische prenyltransferase met een vergrote bindingszak, dat de ongekende N6-prenylering van adenine met langere koolstofketens (C10 en C15) mogelijk maakt en zo een veelzijdig platform biedt voor het synthetiseren van nieuwe, membraan-permeabele nucleotiden en plantensignaal-analogen.
Dit artikel beschrijft de eerste hoogwaardige cryo-EM-structuur van menselijk ATAD2B, die een hexamerische organisatie onthult die essentieel is voor de ATPase-activiteit en substraatcoördinatie, en zo een mechanistische basis biedt voor het begrijpen van de rol van dit eiwit in ziekteprocessen.
Deze studie toont aan dat het in kaart brengen van de interactie tussen polymyxine-antibiotica en de menselijke transporter hPepT2 leidt tot de ontwikkeling van nieuwe lipopeptiden die even effectief zijn tegen multiresistente bacteriën maar met een verminderde niergiftigheid.
Dit onderzoek toont aan dat de dynamische assemblage van het MDH1-CIT1-metabolon in de mitochondriën van gist wordt gereguleerd door respiratoire activiteit, mitochondriale pH en metabolietniveaus, wat een cruciale rol speelt in de aanpassing van de TCA-cyclus aan metabole behoeften.
Deze studie onthult dat twee geconserveerde zure residuen in GHKL-ATPasen, waaronder MutL en GyrB, coöperatief werken om de katalyse van ATP-hydrolyse te faciliteren, waarbij één residu het nucleofiele water positioneert en het andere samen met het eerste fungeert als een algemene base, wat cruciale inzichten biedt voor het interpreteren van ziekte-gerelateerde varianten in humane DNA-mismatch-reparatieproteïnes.
Dit onderzoek toont aan dat negatieve supercoiling de off-target activiteit van Cas9 tot wel duizend keer kan versnellen en de splitsingsplaatsen kan verschuiven, wat leidt tot een nieuw biophysisch model voor het voorspellen van Cas9-specifiteit onder verschillende topologische omstandigheden.
Deze studie presenteert een snelle, reagensvrije ATR-FTIR spectroscopie-methode, ondersteund door machine learning, voor de kwantitatieve analyse van tumorbiomarkers zoals CA125, wat een veelbelovende oplossing biedt voor de snelle diagnose en monitoring van kanker, zelfs in hulpbronnenbeperkte omgevingen.
Dit artikel beschrijft een open-source methode om in-source fragmentatie (ISF) in massaspectrometrie-gebaseerde proteomica te detecteren en te mitigeren, een veelvoorkomend fenomeen dat leidt tot misinterpretatie van data en kunstmatige peptide-identificaties, met name in peptide-gedreven toepassingen zoals immunopeptidomica.