238 papers
Biochemie vormt de brug tussen de biologie en de chemie, waarbij we kijken naar de moleculaire processen die leven mogelijk maken. Op deze pagina verkennen we de nieuwste inzichten in hoe cellen functioneren, hoe enzymen werken en welke chemische reacties ons DNA sturen. Het is een fascinerend veld dat vaak complexe concepten omvat, maar die we hier proberen toegankelijk te maken voor iedereen.
Elk nieuw preprint dat op bioRxiv verschijnt binnen dit onderwerp, wordt direct verwerkt door Gist.Science. Wij bieden voor elk artikel zowel een duidelijke samenvatting in gewone taal als een gedetailleerde technische analyse, zodat u snel de kern begrijpt zonder vast te lopen in vakjargon. Hieronder vindt u de meest recente publicaties in biochemie, direct vanuit de bron.
Deze studie toont aan dat het deubiquitinerende enzym Otu1 (Yod1) substraatproteïnen bevrijdt van het Cdc48/p97-initiatiecomplex door de ubiquitineketen te trimmen, waardoor een nutteloze cyclus wordt doorbroken en de proteïnen succesvol naar het proteasoom worden getransporteerd voor afbraak.
Dit onderzoek toont aan dat fysieke normalisatie van eiwitmengen in veel kwantitatieve proteomica-experimenten kan worden weggelaten zonder de meetvariabiliteit onaanvaardbaar te verhogen, mits er gebruik wordt gemaakt van geavanceerde computationele normalisatiestrategieën.
De studie concludeert dat de aanhechting van submicron koolstofdeeltjes, Escherichia coli en humuszuren aan pristine thermoplastische oppervlakken over het algemeen laag is en voornamelijk wordt bepaald door de eigenschappen van de deeltjes zelf in plaats van die van het plastic, wat de beperkingen van klassieke interactiemodellen in deze context benadrukt.
Deze studie onthult dat de methyltransferasen PRMT1 en Hmt1 onder oxidatieve stress een katalyse-onafhankelijke rol spelen bij het oplossen van α-synucleine-aggregaten en het verminderen van toxiciteit, wat nieuwe therapeutische richtingen voor neurodegeneratieve ziekten zoals Parkinsons ziekte oplevert.
Deze studie bepaalt de kristalstructuren en ontrafelt het katalytische mechanisme van twee nieuwe HDV-ribozymen, waarbij wordt aangetoond dat ze een dubbel-pseudoknopen-architectuur delen en een uniek mechanisme gebruiken dat een Lewis-zuur-geactiveerde nucleofiele aanval combineert met C75 als zuurkatalysator, in plaats van de algemene base-katalyse die bij de meeste andere nucleolytische ribozymen voorkomt.
Dit onderzoek toont aan dat peptidisc-gemiddelde DIA-MS een krachtige methode is om te laten zien dat de M1-muscarinische acetylcholinereceptor-modulator VU0486846 bij APP-muizen selectief ziekte-gerelateerde membraaneiwitten beïnvloedt, in plaats van wijdverspreide veranderingen in het membraanproteoom teweeg te brengen.
Dit onderzoek identificeert via een high-throughput screening en cryo-EM-structuuranalyse nieuwe remmers van het NADH:ubiquinon-oxidoreductase (NQR) complex van *Pseudomonas aeruginosa*, die de binding van ubiquinon blokkeren en hierdoor de virulentiefactoren motiliteit en biofilmvorming effectief onderdrukken.
Dit onderzoek combineert AlphaFold-modellering en mutatiestudies om te tonen dat het Shigella T3SS-sorteringsplatform twee Spa33-eenheden omvat die via SPOA2-dimeren aan MxiK binden, en suggereert op basis van cryo-elektrontomografie een alternatief model met vier Spa33-kopieën dat beter past bij de elektronendichtheid.
Deze studie identificeert een dringbare redoxschakel op het eiwit SHP1 en ontwikkelt een selectieve covalente agonist die macrofaagontsteking remt door IRAK-signalering te antagoniseren.
Dit artikel beschrijft de overgang van een laboratorium van röntgenkristallografie naar cryo-elektronenmicroscopie voor het bestuderen van het chromatine-regulerende eiwit ATAD2B, waarbij praktische inzichten worden geboden over het overwinnen van uitdagingen bij sample-preparatie, data-verwerking en modelbouw voor nieuwe gebruikers.