338 papers
Biochemie vormt de brug tussen de biologie en de chemie, waarbij we kijken naar de moleculaire processen die leven mogelijk maken. Op deze pagina verkennen we de nieuwste inzichten in hoe cellen functioneren, hoe enzymen werken en welke chemische reacties ons DNA sturen. Het is een fascinerend veld dat vaak complexe concepten omvat, maar die we hier proberen toegankelijk te maken voor iedereen.
Elk nieuw preprint dat op bioRxiv verschijnt binnen dit onderwerp, wordt direct verwerkt door Gist.Science. Wij bieden voor elk artikel zowel een duidelijke samenvatting in gewone taal als een gedetailleerde technische analyse, zodat u snel de kern begrijpt zonder vast te lopen in vakjargon. Hieronder vindt u de meest recente publicaties in biochemie, direct vanuit de bron.
Dit artikel presenteert een geoptimaliseerde FRET-gebaseerde ligatie-assay met behulp van mTurquoise2 en SYFP2 fluorescente eiwitten om bacteriële sortase-gemedieerde ligatiereacties direct te monitoren en te screenen, wat een veelzijdige hoog-doorvoersnelheidstool biedt voor de ontwikkeling van verbeterde sortase-enzymen en substraten.
Door middel van ancestrale sequentie-reconstructie hebben onderzoekers de voorouders van arylmalonaat-decarboxylase ontwikkeld die een significant verhoogde thermische stabiliteit, katalytische activiteit en stereoselectiviteit vertonen in vergelijking met het huidige enzym, waarmee de belangrijkste beperkingen in de productie van chirale carbonzuurzuren zijn overwonnen.
Deze studie rapporteert de eerste succesvolle reconstitutie van het bacteriële TAT-translocatiesysteem door aan te tonen dat het glycolipide MPIase een essentiële component is die vereist is voor de protonbewegendheid-afhankelijke translocatie van vooraf gevouwen eiwitten.
Door de 3,1 Å cryo-EM-structuur van het tC19Z RNA-polymerase-ribozym te bepalen, identificeerden onderzoekers een specifieke ectopische basepaarinteractie die de activiteit remt, wat het ontwerp van compenserende mutaties mogelijk maakte die de extensiesnelheid van het ribozym succesvol versnellen en het doel van nucleotide-gebaseerde zelfreplicatie bevorderen.
Deze studie karakteriseert de onderscheidende bindingsspecificiteiten en uiteenlopende kwartaire structuren van drie *Dysgonomonas gadei* GH172-arabino furanosidasen, terwijl covalente inhibitoren en activiteitsgebaseerde probes worden ontwikkeld die hun katalytische mechanismen onthullen en selectieve profilering in complexe biologische monsters mogelijk maken.
Door gebruik te maken van stereoselectieve chemo-enzymatische synthese om racemiseringsproblemen te overwinnen, identificeerden onderzoekers specifieke 2,5-diketopiperazine-stereoisomeren die effectief autofagie induceren in Caco-2-cellen via een mechanisme dat onafhankelijk is van mTORC1-suppressie, wat de cruciale rol van stereochemie en de eigenschappen van aminozuur-zijketens in hun activiteit benadrukt.
Dit artikel introduceert Peptergenten, een op peptiden gebaseerde surfactanttechnologie die een volledig detergentvrije workflow voor natieve membraanproteomics mogelijk maakt, waarbij de structurele integriteit, functionele conformaties en fragiele assemblages van membraaneiwitten succesvol worden behouden terwijl de peptide-signaalintensiteit wordt verbeterd en specifieke metabole netwerken worden verrijkt voor downstream LC-MS/MS-analyse.
Deze studie toont aan dat vacuolair PI(3,4,5)P3 in gist, gesynthetiseerd door Vps34, essentieel is voor vacuolefusie door de assemblage van de vertex te coördineren en het SNARE-eiwit Vam7 vast te houden om trans-SNARE-paring te faciliteren.
Deze studie identificeert en karakteriseert een voorheen niet-geannoteerd sporulatie-geassocieerd eiwit in *Clostridium pasteurianum* als een functionele ferredoxine-NADP+-reductase, waarbij de unieke structurele kenmerken, lage katalytische efficiëntie en potentiële rol in redoxregulatie tijdens endosporevorming worden onthuld door middel van gecombineerde bioinformatische, kinetische en structurele analyses.
Deze studie onthult het structurele mechanisme waarmee Rubicon selectief het PI3KC3-C2-complex remt via een door UVRAG geïnduceerde conformationele verandering in de BECN1 BARA-domein, wat aantoont dat het verstoren van deze specifieke interactie voldoende is om autofagie en lysosomale functie te herstellen naar niveaus die vergelijkbaar zijn met Rubicon-gen-deletie.