338 papers
Biochemie vormt de brug tussen de biologie en de chemie, waarbij we kijken naar de moleculaire processen die leven mogelijk maken. Op deze pagina verkennen we de nieuwste inzichten in hoe cellen functioneren, hoe enzymen werken en welke chemische reacties ons DNA sturen. Het is een fascinerend veld dat vaak complexe concepten omvat, maar die we hier proberen toegankelijk te maken voor iedereen.
Elk nieuw preprint dat op bioRxiv verschijnt binnen dit onderwerp, wordt direct verwerkt door Gist.Science. Wij bieden voor elk artikel zowel een duidelijke samenvatting in gewone taal als een gedetailleerde technische analyse, zodat u snel de kern begrijpt zonder vast te lopen in vakjargon. Hieronder vindt u de meest recente publicaties in biochemie, direct vanuit de bron.
Dit artikel presenteert de eerste GPU-ondersteunde implementatie van Gaussian accelerated molecular dynamics (GaMD) in GROMACS 2025.4, waarbij de effectiviteit voor verbeterde sampling van eiwitvouwing en ligandbinding wordt aangetoond door succesvolle vrije-energie-reconstructie over vier benchmark-systemen zonder dat vooraf gedefinieerde collectieve variabelen vereist zijn.
Deze studie toont aan dat de moeilijkheid bij het ontwerpen van robuuste co-repressibele transcriptionele systemen vergeleken met induceerbare systemen voortkomt uit fundamentele thermodynamische beperkingen op allosterische vrije-energie-landschappen, wat suggereert dat natuurlijke co-repressibele scaffolds zoals PurR superieure fundamenten bieden voor het creëren van ligand-geactiveerde regulatoren.
Deze studie karakteriseert de functionele mechanismen van *Schistosoma mansoni* STIM- en ORAI-eiwitten, waarbij wordt aangetoond dat zij geconserveerde rollen hebben in calciumsignalering, terwijl specifieke structurele en farmacologische verschillen met menselijke orthologen worden geïdentificeerd die kunnen worden geëxploiteerd voor selectieve therapeutische targeting.
De studie introduceert NanoPilot, een modulair fusie-eiwitplatform dat de door ApoE gemedieerde leveropname van lipide nanodeeltjes competitief remt om efficiënte, cel-specifieke extrahepatische aflevering van genetische therapieën mogelijk te maken.
Deze studie onthult de cryo-EM-structuur van het *C. elegans* -tubuline ringcomplex, waarmee wordt aangetoond hoe een unieke assemblage van subunits met 4 spaken geconserveerde componenten vervangt om niet-canonieke 11-protofilament microtubuli te templaten, terwijl de capaciteit behouden blijft om in vitro 13-voudig symmetrische structuren te vormen.
Deze studie toont aan dat de epigenetische remmer SP2509 kan worden omgezet in een optische timer van celbestemming door gebruik te maken van zijn latente ortho-hydroxyacylhydrazon-schakelaar, die een reversibele lichtgestuurde modulatie van LSD1-activiteit mogelijk maakt om chromatine-afhankelijke processen zoals senescentie en apoptose nauwkeurig te reguleren.
Dit artikel presenteert een op kinetica gebaseerd model dat de sequentieafhankelijke DNA-replicatiegetrouwheid verklaart door naburige stapelthermodynamica en directionele kinetische asymmetrie te combineren, waarmee experimentele mutatiespectra succesvol worden voorspeld en een niet-monotone temperatuurafhankelijkheid wordt onthuld.
Deze studie verduidelijkt dat menselijk YRDC functioneert als een dimeer waarbij L-threonine fungeert als een gatekeeper-ligand om het enzym te stabiliseren en de ATP-binding te versterken, wat onthult dat ziekteveroorzakende mutaties deze dimerisatie en conformationele stabiliteit verstoren om de katalytische activiteit te belemmeren.
Deze studie onthult dat bij anti-MDA5 dermatomyositis autoantilichamen binden aan LINE RNA-gescaffoldde MDA5-filamenten om pathogene extracellulaire immuuncomplexen te vormen die een zelfversterkende ontstekingscyclus aandrijven door middel van hogere-orde aggregatie en krachtige aangeboren immuunactivatie.
Deze studie onthult dat N-terminale pyroglutamylering subtype-selectieve GPCR-activatie mogelijk maakt via een "distaal sturende" mechanisme waarbij de rigide modificatie het conformationele ensemble van de ligand herstructureert om receptorzakken differentieel te binden zonder direct contact, een principe dat is aangetoond in zowel de Aplysia PRXamide- als de humane Neuromedin U-signaleringssystemen.