282 papers
Biochemie vormt de brug tussen de biologie en de chemie, waarbij we kijken naar de moleculaire processen die leven mogelijk maken. Op deze pagina verkennen we de nieuwste inzichten in hoe cellen functioneren, hoe enzymen werken en welke chemische reacties ons DNA sturen. Het is een fascinerend veld dat vaak complexe concepten omvat, maar die we hier proberen toegankelijk te maken voor iedereen.
Elk nieuw preprint dat op bioRxiv verschijnt binnen dit onderwerp, wordt direct verwerkt door Gist.Science. Wij bieden voor elk artikel zowel een duidelijke samenvatting in gewone taal als een gedetailleerde technische analyse, zodat u snel de kern begrijpt zonder vast te lopen in vakjargon. Hieronder vindt u de meest recente publicaties in biochemie, direct vanuit de bron.
CascadeMAP is een autonoom, gesloten microfluidisch platform dat Bayesiaanse optimalisatie en multi-agent AI integreert om complexe enzymcascades snel te optimaliseren zonder menselijke tussenkomst, waarbij honderdduizenden reacties verwerkt worden om de ontwikkeling van biocatalytische systemen te versnellen.
Ondanks de krachtige in vitro inhibitie van het glycogeenfosforylase van *Plutella xylostella* door specifieke inhibitoren en RNAi-knockdown, is het enzym geen levensvatbaar insecticidieel doelwit omdat de insect effectief compenseert voor de metabole blokkade door een opgereguleerde gluconeogenese en proteïnekatabolisme, wat volledige ontwikkelingsherstel en fitness mogelijk maakt.
Deze studie onthult dat Cu/Zn-superoxide dismutase (SOD1 functioneert als een koperafhankelijke thioloxidase die krachtige thiosulfinaten genereert, waardoor een dubbelrol voor dit enzym wordt vastgesteld in het aansturen van zowel cytotoxische oxidatieve stress als groeivormende signalering via een nieuw geïdentificeerde zwavelgebaseerde oxidatiepathway.
Deze studie maakt gebruik van cryo-EM om te onthullen dat de met Parkinson geassocieerde eiwitten FBXO7 en PI31 onafhankelijk binden aan en het proteasoom 20S core particle remmen via verschillende structurele mechanismen, wat een moleculaire verklaring biedt voor hoe ziektegekoppelde varianten de proteasoomregulatie verstoren en bijdragen aan neurodegeneratie.
Dit artikel presenteert een snelle generatieve AI-methode die succesvol programmeerbare asymmetrische -barrel nanoporiën ontwerpt met instelbare dimensies en functionaliteiten, zoals ionenmeting en DNA-translocatie, waarmee de beperkingen van voorheen uniforme lumenstructuren en expert-afhankelijke ontwerpaanpakken worden overwonnen.
Moleculaire dynamica-simulaties onthullen dat het verwijderen van de centrale regio van het cellulaire prioneiwit de stabiliserende intramoleculaire interacties verstoort, waardoor het N-terminale domein uitgestrekte conformaties aanneemt en zijn nabijheid tot het plasmamembraan vergroot, wat daarmee een mechanistische verklaring biedt voor de neurotoxiciteit die geassocieerd wordt met deze mutatie.
Met behulp van op nabijheid gebaseerde biotinylering (BioID) in Leishmania tarentolae identificeert deze studie drie nieuwe VTC-bindende partners die colocaliseren en interageren met het VTC-complex in acidocalcisomen, waardoor het interactoom van het organel wordt uitgebreid en nieuwe mechanismen voor fosfaathomeostase en structurele regulatie in kinetoplastide parasieten worden gesuggereerd.
Het artikel introduceert DiReCT, een op StageTips gebaseerde workflow die het oplosmiddelprobleem tussen eluaten van omgekeerde fase en nanoHILIC/MS/MS oplost door directe injectie van opgeloste peptiden mogelijk te maken, waardoor de sensitiviteit voor de identificatie van eiwitten en peptiden bij monsters met lage input aanzienlijk toeneemt.
Dit artikel introduceert Arg-C Zero, een hoogtrouwe recombinante arginyl-endo-peptidase afgeleid van *Porphyromonas gingivalis* die bijna geen gemiste splitsingen vertoont en robuuste prestaties levert onder uiteenlopende omstandigheden, waardoor het een superieur alternatief biedt voor trypsine voor specifieke toepassingen zoals het in kaart brengen van post-translationele modificaties van histonen en het behoud van labiele ADP-ribosyleringsplaatsen.
Deze studie presenteert de eerste op celtype opgeloste proteomische atlas van het menselijk lichaam, gegenereerd via Deep Visual Proteomics van een gezonde vrouwelijke donor, die duizenden eiwitten kwantificeert over 27 celtypen heen om een universele kern en gespecialiseerde programma's te onthullen, nieuwe kanker-testis-antigenen te ontdekken en een fundamentele bron te bieden voor het vergelijken van RNA- en eiwitovervloed op single-cell-resolutie.