376 papers
Door ultrahoog-throughput screening met een volumineus fluorogeen substraat, hebben onderzoekers afstandelijke mutaties in het enzym LinB geïdentificeerd die de katalytische efficiëntie en specificiteit verbeteren door de dynamiek van de toegangstunnel te moduleren.
Deze studie introduceert een platform met chiraale oxaziridine-reagentia om stereospecifieke methionine-oxidatieplaatsen in het proteoom te identificeren en onthult dat deze asymmetrische modificaties, die specifiek door methioninesulfoxidereductase-enzymen A en B kunnen worden teruggedraaid, de eiwitfunctie allosterisch kunnen reguleren.
Dit onderzoek presenteert een integratieve modelleringbenadering die experimentele kruislinkingdata combineert met computationele technieken om de structuur van het onbekende HDAC2:MIER1:MHAP1-complex op te helderen, waarbij wordt aangetoond dat de intrinsiek ongeordende gebieden van deze eiwitten cruciaal zijn voor de complexvorming en dat deze aanpak superieur is aan het gebruik van AlphaFold alleen.
Dit onderzoek toont aan dat chemische modificaties op de R1- en R3-posities van het antivirale middel PF74 leiden tot verbindingen met verbeterde antivirale potentie, stabiliteit en bindingsaffiniteit voor de HIV-1 capsid, wat waardevolle inzichten biedt voor de ontwikkeling van toekomstige klinisch toepasbare capsid-remmers.
Deze studie gebruikt all-atom moleculaire dynamica-simulaties om de verschillen in mannose-bindingsinterfaces tussen de DC-SIGN en MRC1 receptoren te onthullen, waardoor inzicht wordt verkregen in hoe selectieve therapeutische liganden voor retinoblastoom kunnen worden ontworpen die de gezonde MRC1-expressie vermijden.
Dit artikel introduceert een multi-objectieve engineeringstrategie die computergestuurde ontwerpen en evolutionaire reconstructie combineert om 'Brnoteplase' te ontwikkelen, een nieuwe trombolitische protease met verbeterde fibrinespecificiteit, weerstand tegen remming en effectiviteit, wat leidt tot een veiliger en efficiëntere behandeling van trombose in vivo.
Deze studie onthult dat FANCD2 via een geconserveerd zuur motief, de DIP-box, direct interactie aangaat met diverse DNA-reparatie- en RNA-verwerkingsfactoren, wat de centrale rol van dit eiwit als interactiehub bij het herstellen van DNA-interstrijdkoppelingen verklaart.
Dit onderzoek toont aan dat EXO1 onafhankelijk de 5'-einden van ontkoppelde replicatievorken afbreekt, wat essentieel is voor de activering van het ATR-checkpoint en het remmen van de vorkvoortgang, terwijl de 3'-einden stabiel blijven.
Dit onderzoek onthult met cryo-elektronmicroscopie hoe de remmer PAH de cholesterolbinding in PATCHED1 blokkeert om de medicijnuitstoot en chemoresistentie in kankercellen te onderdrukken, wat een weg vrijmaakt voor de ontwikkeling van nieuwe geneesmiddelen.
Dit onderzoek onthult hoe de structurele dynamiek tussen Argonaute-2 en CK1α, waarbij fosforylering van het EI-domein en het ontwarren van de gids-doel-RNA-helix een cruciale rol spelen, de afgifte van doel-RNA en de efficiënte omloop van het RISC-complex tijdens microRNA-gemedieerde silencing mogelijk maakt.
Dit onderzoek toont aan dat de tweede boodschapper c-di-AMP de K+/H+-antiporter CpaA in *Bacillus subtilis* inactiverend reguleert, wat de complexiteit van de osmatische aanpassing via kaliumtransport verder onderstreept.
Deze studie rapporteert de vorming van een uitzonderlijk stabiel Mn(V)-nitrido-complex binnen een de novo ontworpen eiwit dat de bimoleculaire vervalpaden onderdrukt en katalytische, enantioselectieve aziridinering mogelijk maakt, waarmee een nieuw platform wordt gevestigd voor stikstofatoomoverdrachtsreacties die de grenzen van natuurlijke metallo-enzymen en kleine moleculaire katalysatoren overstijgen.
Dit onderzoek toont aan dat ammonium- en alkylammonium-gegenionen de polymerisatie van 2',3'-cyclische nucleotiden tot RNA-oligomeren in droge omstandigheden aanzienlijk verbeteren, wat suggereert dat ammoniakrijke gaspockets in de aardkorst een cruciale rol hebben gespeeld bij de oorsprong van het leven.
Deze studie onthult dat de antibioticumresistentie veroorzaakt door Est-type macrolide-esterasen wordt bepaald door promiscue binding en onnauwkeurige positionering van het substraat, gemedieerd door een waterkooi, wat belangrijke inzichten biedt voor de ontwikkeling van nieuwe antibiotica.
Dit onderzoek toont aan dat plasmin-geïnduceerde splitsing van GPIbα, en niet van VWF, de afbraak van plaatje-VWF-complexen veroorzaakt, hoewel deze bijdrage *in vivo* beperkt lijkt te zijn.
Het vervangen van dithiothreitol (DTT) door tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP) in kristallisatie-experimenten van menselijk aldehyde-oxidase (hAOX1) voorkomt irreversibele enzyminactivatie en maakt het mogelijk om hoogwaardige kristallen te verkrijgen voor toekomstige toepassingen zoals tijd-opgeloste kristallografie.
Dit onderzoek toont aan dat glutamaatdehydrogenase (GDH) in mitochondriën wordt gereguleerd door reversibele S-palmitoylering, waarbij de toevoeging van palmitoyl-CoA de enzymatische activiteit remt en de actieve hexameer dissocieert, terwijl mitochondrial acyl-proteïne thio-esterasen (zoals APT1 en ABHD10) deze modificatie omkeren om de structuur en functie te herstellen.
Deze studie identificeert via een hoogdoorvoerscreening met menselijke lysaten de NT-2 mycotoxine als een nieuwe inhibitor van de menselijke eiwitsynthese die specifiek bindt aan het peptidyltransferasecentrum van het ribosoom.
Dit onderzoek toont aan dat PIH1D1 binnen het R2TP-complex de stabiliteit van p53 reguleert zonder zijn C-terminale domein te beïnvloeden, wat een nieuw mechanisme biedt voor het besturen van de celcyclus en het behandelen van kanker.
Dit onderzoek onthult dat het eiwit FoTO1 de Taxol-biosynthese in planten en gist optimaliseert door zowel een katalytische rol te spelen bij de omzetting van taxadien-epoxide als een niet-katalytische functie te vervullen door P450-enzymen te organiseren, wat leidt tot aanzienlijk hogere opbrengsten.