302 papers
Biologie en natuurkunde vloeien in dit vakgebied samen om het complexe leven onder de microscoop te ontrafelen. Van hoe moleculen bewegen tot de krachtlijnen in een cel, hier wordt de fysica van het leven verkend zonder onnodig jargon. Het is een wereld waar de wetten van de natuurkunde worden toegepast om biologische mysteries op te lossen.
Op Gist.Science vinden we elke nieuwe preprint uit deze categorie direct op bioRxiv. Onze team verwerkt deze publicaties zodat u zowel een heldere samenvatting in gewone taal als een diepgaande technische analyse krijgt. Dit maakt de meest recente inzichten toegankelijk voor iedereen, ongeacht uw achtergrond.
Hieronder vindt u de nieuwste artikelen over biofysica, zorgvuldig geselecteerd en samengevat voor u.
Deze studie toont aan dat collectieve migratie in heterogeen weefsel optimaal verloopt bij een tussenliggende adhesiesterkte, waarbij een evenwicht wordt gevonden tussen cohesie en intercellulaire herschikking, zoals geïllustreerd door de invasie van zebrafish mesendoderm.
Deze systematische review en meta-analyse bieden overtuigend bewijs dat de langetermijndivergentie-exponent in de loopanalyse niet als maatstaf voor stabiliteit, maar als de 'Attractor Complexity Index' moet worden geïnterpreteerd, die de complexiteit en het automatische karakter van de gang weerspiegelt en afhankelijk is van cognitieve controle.
Dit artikel beschrijft de uitbreiding van de GPU-versnelde simulator OpenCafeMol met DNA-modellen en geoptimaliseerde berekeningsmethoden, waardoor langdurige simulaties van chromatinestructuren zoals DNA-looptrekking door SMC-ScpA complexen mogelijk worden gemaakt met een tot 200-voudige snelheidswinst ten opzichte van CPU-simulaties.
ChironRNA is een E(3)-equivariante diffusiemodel dat RNA-structuren verfijnt door steroïde botsingen op te lossen en ontbrekende atomen te reconstrueren, waardoor het een robuust alternatief biedt voor traditionele correctie-algoritmen.
Dit onderzoek toont aan dat heterotypische intercellulaire adhesie de efficiëntie van cel-migratie over epitheelbarrières op een niet-monotoon manier beïnvloedt, waarbij een optimale adhesie-sterkte de migratie maximaliseert, zoals experimenteel bevestigd door overexpressie van E-cadherine in Drosophila kiemcellen.
Deze studie toont aan dat hoewel moderne co-folding-methoden zoals AlphaFold3, Boltz-2 en Chai-1 de structuren van Mac1-ligand-complexen redelijk nauwkeurig kunnen voorspellen en hun scores een beperkte maar significante correlatie vertonen met experimentele affiniteit, het integreren van deze deep-learning-benaderingen met traditionele docking-scores de meest veelbelovende strategie blijft voor het prioriteren van hits in de structurele geneesmiddelenontwikkeling.
De auteurs hebben een filament-resolven computermodel ontwikkeld dat aantoont hoe interacties tussen actinefilamenten en eiwitten zoals Arp2/3 en fascin leiden tot de zelforganisatie van verschillende actinearchitecturen, zoals lamellipodia en filopodia, en hoe deze netwerken membraanvervorming en celvorming aandrijven.
Deze paper introduceert MorphCurveVAE, een tweestapsframework dat variatie-encoderende auto-encoders en geprojecteerde hoofdcurven combineert om continue, biologisch plausibele morfologische trajectoïden te reconstrueren uit statische 3D-microscopiebeeldjes.
Deze studie presenteert een computergestut kader dat, door het simuleren van longresectie op 1D-modellen van de longvasculatuur, aantoont dat veranderingen in de golfdichtheid na de operatie voornamelijk het gevolg zijn van veranderingen in de morfometrie van de longslagader, met resultaten die goed overeenkomen met klinische data.
Dit onderzoek toont aan dat intrinsiek ongeordende gebieden (IDRs) in het transcriptiefactor ComK cruciaal zijn voor het versterken van microseconde fluctuaties in DNA op grote afstand, waardoor allostery en transcriptie-activatie mogelijk worden, terwijl het verwijderen van deze gebieden de DNA-structuur verstijft en de functie vernietigt.