365 papers
Biologie en natuurkunde vloeien in dit vakgebied samen om het complexe leven onder de microscoop te ontrafelen. Van hoe moleculen bewegen tot de krachtlijnen in een cel, hier wordt de fysica van het leven verkend zonder onnodig jargon. Het is een wereld waar de wetten van de natuurkunde worden toegepast om biologische mysteries op te lossen.
Op Gist.Science vinden we elke nieuwe preprint uit deze categorie direct op bioRxiv. Onze team verwerkt deze publicaties zodat u zowel een heldere samenvatting in gewone taal als een diepgaande technische analyse krijgt. Dit maakt de meest recente inzichten toegankelijk voor iedereen, ongeacht uw achtergrond.
Hieronder vindt u de nieuwste artikelen over biofysica, zorgvuldig geselecteerd en samengevat voor u.
In deze studie wordt de FragLite-mapping gebruikt om een nieuw BRD4-bindingsgebied op cycline T2 te identificeren en het interactieinterface met P-TEFb in kaart te brengen, wat waardevolle inzichten biedt voor de ontwikkeling van selectieve transcriptiemodulatoren.
Dit artikel toont aan dat het combineren van 2D-template matching met hoge-resolutie priors de cryo-EM-reconstructie van kleine macromoleculaire complexen onder de 50 kDa, zoals een 43 kDa proteïnekinase, aanzienlijk verbetert.
Dit artikel introduceert RNASCAPE, een diep-leringsframework dat de cytosolische ontsnapping van mRNA nauwkeurig en schaalbaar kwantificeert op basis van EGFP-expressie en LNP-parameters, waardoor de rationalisering van lipidenanopartikelformuleringen voor nucleïnezuurtherapieën wordt bevorderd.
Deze studie presenteert een geïntegreerd computeraangedreven framework dat moleculaire dynamica en machine learning combineert om de door mutaties veroorzaakte resistentie tegen KRAS-remmers succesvol te voorspellen op basis van structurele en energetische kenmerken.
In dit werk wordt de eerste MARTINI 3-compatible coarse-grained krachtveld voor peptoiden ontwikkeld, dat 19 veelvoorkomende residu-types omvat, geoptimaliseerd is met behulp van all-atom simulaties en geïntegreerd is in de martinize2-tool om efficiënte mesoscale simulaties van peptoid-structuur en zelfassemblage mogelijk te maken.
Dit onderzoek onthult dat de centrale koppeling in het AAA+ ATPase ClpXP de intersubunitcommunicatie regelt door de arginine-vinger en sensoren van de tweede subunit te positioneren om de ATP-hydrolyse van de buursubunit te activeren, waarna de koppeling in de hoogste subunit deze hydrolyse koppelt aan een snelle neerwaartse beweging die kracht genereert voor het ontvouwen van eiwitsubstraten.
Deze studie presenteert een hoog-resolutie cryo-elektronenmicroscopie- en proteomische analyse van de E. coli-bacteriofaag phi24B, waarbij de icosahedrale capsid met T=9-symmetrie, de gedetailleerde samenstelling van de staart en de unieke perifere kenmerken in vergelijking met verwante podovirussen worden onthuld.
Deze studie introduceert KinConfBench, een benchmark voor het evalueren van cofolding-modellen op kinases, en onthult dat deze modellen ondanks een redelijke classificatie-accuraatheid lijden aan mode collapse, gebrek aan structurele diversiteit en een neiging om de ligand-vrije toestand te voorspellen, wat aantoont dat het vastleggen van conformationele diversiteit essentieel is voor de toekomstige structuur-gebaseerde geneesmiddelenontwikkeling.
Met behulp van NMR-spectroscopie onthult dit onderzoek het moleculaire mechanisme waarmee het trivalente eiwit CpCBM92A uit *Chitinophaga pinensis* specifieke glucanen bindt en kruisverbindingen vormt, waarbij één bindingsplaats als primaire ankerpunt fungeert terwijl de andere twee langere ketensegmenten preferentieel herkennen.
Deze studie gebruikt geavanceerde cryo-ptychografische röntgencomputertomografie in combinatie met elektronenmicroscopie om de driedimensionale ontwikkelingsfasen van coccolithen bij *Gephyrocapsa huxleyi* in hun native staat in kaart te brengen, waarbij wordt aangetoond dat de beperkte ruimte tussen groeiende kristalunits de uiteindelijke kristalmorfologie en mineraalstructuur beïnvloedt.