412 papers
Biologie en natuurkunde vloeien in dit vakgebied samen om het complexe leven onder de microscoop te ontrafelen. Van hoe moleculen bewegen tot de krachtlijnen in een cel, hier wordt de fysica van het leven verkend zonder onnodig jargon. Het is een wereld waar de wetten van de natuurkunde worden toegepast om biologische mysteries op te lossen.
Op Gist.Science vinden we elke nieuwe preprint uit deze categorie direct op bioRxiv. Onze team verwerkt deze publicaties zodat u zowel een heldere samenvatting in gewone taal als een diepgaande technische analyse krijgt. Dit maakt de meest recente inzichten toegankelijk voor iedereen, ongeacht uw achtergrond.
Hieronder vindt u de nieuwste artikelen over biofysica, zorgvuldig geselecteerd en samengevat voor u.
Deze studie toont aan dat het gedrag van verstijving door afschuivingsrek in gewrichtskraakbeen wordt bepaald door een mechanische faseovergang van buigdominante naar rekdominante modi binnen het collageennetwerk, een proces dat wordt gemoduleerd door de lokale collageenconcentratie en bulkcompressie die de kritieke rek bepalen waarbij verstijving optreedt.
Deze studie onthult hoe mechanische krachten, bacteriële groeidynamiek en virale infectiedynamiek interageren tijdens de ruimtelijke expansie van een *E. coli*-kolonie om anisotrope faag-"surfing" aan te drijven en diverse eco-evolutionaire uitkomsten te bepalen, variërend van coëxistentie tot populatiebrede resistentie.
Door proximiteitsligatiegegevens te integreren met grofkorrelige moleculaire dynamica-simulaties, toont deze studie aan dat ruimtelijke opsluiting binnen Zika-virusvirionen de schalingswetten van RNA-vouwing verandert en genoomcircularisatie bevordert door de vorming van lange dubbelstrengs stengels die lokale nematische vloeibare kristallijne orde induceren.
GuideFlip is een nieuwe methode die eiwitsequenties en -structuren gezamenlijk ontwerpt via geleide discrete flow matching, wat het succesvolle de novo ontwerp van binders voor flexibele targets zoals intrinsiek ongeordende eiwitten en conformationeel specifieke receptoren mogelijk maakt, zoals gevalideerd door hoge experimentele hitrates en structurele bevestiging.
Het artikel introduceert cryoWEight, een geautomatiseerd Python-framework dat cryo-EM-deeltjesafbeeldingen integreert met gewogen ensemble-simulaties om nauwkeurige conformationele ensembles te genereren door trajecten in de beeldruimte te herwegen, waardoor de beperkingen van bestaande methoden die vertrouwen op voorafgaande conformationele overlap of kunstmatige bias-potentialen worden overwonnen.
Dit artikel betoogt dat de functionele associatie tussen nucleïnezuren en eiwitten bij het ontstaan van het leven werd gedreven door de superieure fitnesswaarde van hun coöperatieve taakverdeling, die hen in staat stelt elkaar via een Pareto-front tot een autocatalytisch systeem te bootstrappen.
Gebruikmakend van het FUS-eiwitmodel onthult deze studie dat vezelgroei en de maturatie van condensaten naar een glasachtige toestand twee concurrerende, niet-onderling converteerbare paden zijn die gelijktijdig plaatsvinden in respectievelijk de verdunde fase en de dichte fase, in plaats van dat vezels voortkomen uit verouderende condensaten.
De analyse van 403 kristalstructuren van het SARS-CoV-2-hoofdenzym uit het COVID Moonshot-project onthult dat de nauwkeurigheid van op structuur gebaseerde posevoorspelling een plateau bereikt na het verzamelen van ongeveer vijf structuren per generiek scaffold, wat een praktische richtlijn biedt voor het optimaliseren van de toewijzing van middelen in drug discovery-campagnes.
Door gebruik te maken van cryo-elektronenmicroscopie en een gemanipuleerde superagonist om drie verschillende structurele toestanden van het virale chemokieneceptor US28-Gq complex te resolveren, verheldert deze studie een stapsgewijze, geconserveerde mechanisme voor G-proteïneactivatie dat de kloof overbrugt tussen G-proteïnerecognitie en GDP-vrijgave.
Deze studie onthult dat het polyA/polyQ-spoor in de neuronale transcriptiefactor Ascl1 functioneert als een regulatoir module die aspecifieke DNA-binding bevordert en aggregatie aanstuurt door het conformationele ensemble van het eiwit te moduleren, waardoor de transcriptionele activiteit wordt afgewogen tegen oplosbaarheidskosten.