609 papers
Biologie en natuurkunde vloeien in dit vakgebied samen om het complexe leven onder de microscoop te ontrafelen. Van hoe moleculen bewegen tot de krachtlijnen in een cel, hier wordt de fysica van het leven verkend zonder onnodig jargon. Het is een wereld waar de wetten van de natuurkunde worden toegepast om biologische mysteries op te lossen.
Op Gist.Science vinden we elke nieuwe preprint uit deze categorie direct op bioRxiv. Onze team verwerkt deze publicaties zodat u zowel een heldere samenvatting in gewone taal als een diepgaande technische analyse krijgt. Dit maakt de meest recente inzichten toegankelijk voor iedereen, ongeacht uw achtergrond.
Hieronder vindt u de nieuwste artikelen over biofysica, zorgvuldig geselecteerd en samengevat voor u.
Dit artikel introduceert FraCeMM, een fysisch georiënteerd simulatiekader dat aantoont dat lokale krachtenbalans, een beperkte voorraad adhesiemoleculen en mechanische koppeling voldoende zijn om adaptieve mechanosensatie en gerichte migratie te genereren zonder vooraf opgelegde polariteit of migratieregels.
Dit artikel beschrijft de uitbreiding van de GPU-versnelde simulator OpenCafeMol met DNA-modellen en geoptimaliseerde berekeningsmethoden, waardoor langdurige simulaties van chromatinestructuren zoals DNA-looptrekking door SMC-ScpA complexen mogelijk worden gemaakt met een tot 200-voudige snelheidswinst ten opzichte van CPU-simulaties.
ChironRNA is een E(3)-equivariante diffusiemodel dat RNA-structuren verfijnt door steroïde botsingen op te lossen en ontbrekende atomen te reconstrueren, waardoor het een robuust alternatief biedt voor traditionele correctie-algoritmen.
Dit onderzoek toont aan dat heterotypische intercellulaire adhesie de efficiëntie van cel-migratie over epitheelbarrières op een niet-monotoon manier beïnvloedt, waarbij een optimale adhesie-sterkte de migratie maximaliseert, zoals experimenteel bevestigd door overexpressie van E-cadherine in Drosophila kiemcellen.
Deze studie introduceert een minimaal moleculair model dat thermodynamisch consistente, deeltjesgebaseerde simulaties gebruikt om te onthullen hoe enzymatische regulatie via post-translatoire modificaties de stabiliteit en ruimtelijke organisatie van biomoleculaire condensaten beïnvloedt, waarbij een niet-monotoon afhankelijkheidsverband en een geactiveerde reactiehub aan het condensaatinterface worden geïdentificeerd.
Dit onderzoek gebruikt optische fotothermische infraroodmicrospectroscopie om in levende hepatocyten aan te tonen dat verzadigde vetzuren de esterificatie in het endoplasmatisch reticulum vertragen door verhoogde acylketenpakking, wat leidt tot de ophoping van diacylglycerol-intermediairen en lipotoxiciteit.
Deze studie toont aan dat hoewel moderne co-folding-methoden zoals AlphaFold3, Boltz-2 en Chai-1 de structuren van Mac1-ligand-complexen redelijk nauwkeurig kunnen voorspellen en hun scores een beperkte maar significante correlatie vertonen met experimentele affiniteit, het integreren van deze deep-learning-benaderingen met traditionele docking-scores de meest veelbelovende strategie blijft voor het prioriteren van hits in de structurele geneesmiddelenontwikkeling.
Dit onderzoek onthult dat dynamische modulatie van de ijzer-ijzer-afstand in niet-heme diijzer-enzymen, zoals UndB, de zuurstofactivatie en elektronische koppeling reguleert, waardoor de schijnbare tegenstelling tussen structurele en spectroscopische waarnemingen wordt opgelost en een algemeen principe voor multinucleaire katalysatoren wordt gevestigd.
Dit onderzoek toont aan dat ultrahoogveld vaste-stof NMR de resolutie en gevoeligheid aanzienlijk verbetert bij het bestuderen van heterogene, door ganglioside GD3 gekatalyseerde Abeta42-aggregaten, waardoor een atomaire karakterisering van deze biologisch relevante structuren mogelijk wordt.
De auteurs hebben een filament-resolven computermodel ontwikkeld dat aantoont hoe interacties tussen actinefilamenten en eiwitten zoals Arp2/3 en fascin leiden tot de zelforganisatie van verschillende actinearchitecturen, zoals lamellipodia en filopodia, en hoe deze netwerken membraanvervorming en celvorming aandrijven.