365 papers
Biologie en natuurkunde vloeien in dit vakgebied samen om het complexe leven onder de microscoop te ontrafelen. Van hoe moleculen bewegen tot de krachtlijnen in een cel, hier wordt de fysica van het leven verkend zonder onnodig jargon. Het is een wereld waar de wetten van de natuurkunde worden toegepast om biologische mysteries op te lossen.
Op Gist.Science vinden we elke nieuwe preprint uit deze categorie direct op bioRxiv. Onze team verwerkt deze publicaties zodat u zowel een heldere samenvatting in gewone taal als een diepgaande technische analyse krijgt. Dit maakt de meest recente inzichten toegankelijk voor iedereen, ongeacht uw achtergrond.
Hieronder vindt u de nieuwste artikelen over biofysica, zorgvuldig geselecteerd en samengevat voor u.
Dit artikel introduceert SURFER, een lichtgewicht GPU-versnelde extensie voor UCSF ChimeraX die interactieve segmentatie en selectieve subtractie van membraan- en membraanimitatie-dichtheid in cryo-EM-kaarten mogelijk maakt om de analyse en interpretatie van membraan-eiwitcomplexen te vergemakkelijken.
Dit onderzoek toont met optische pincetten aan dat de NER-helicas XPD bij het ontmoeten van DNA-schade, zoals een CPD, niet stopt maar een korte pauze en terugtrekking vertoont, waardoor twee specifieke gebieden in het eiwit worden geïdentificeerd die gevoelig zijn voor DNA-modificaties.
Met behulp van snelle MAS NMR-spectroscopie hebben onderzoekers aangetoond dat aggregaten van GGGGCC-repeat-RNA, die geassocieerd zijn met ALS en frontotemporele dementie, een dynamisch evenwicht vertonen tussen G-quartets en dubbelstrengs structuren, waarbij de verhouding tussen deze interacties verschuift afhankelijk van de aanwezigheid van divalente kationen of nucleaire extracten.
Dit onderzoek toont aan dat blootstelling aan superzwak middelinfrarood licht met een frequentie van 34 THz de levensduur van *Caenorhabditis elegans* met 60% verlengt door de cellulaire efficiëntie te verhogen via resonante absorptie, zonder thermische effecten of schadeherstelmechanismen.
In dit onderzoek wordt aangetoond dat de dynamiek van de membraanoriëntatie van het endosomaal gelokaliseerde eiwit Rheb, gekarakteriseerd door een combinatie van moleculaire simulaties en single-molecule FRET, functioneel relevant is voor de regulatie van mTORC1-activiteit.
Hoewel RNA-i-motieven in ensemble-experimenten bij neutrale pH globaal ontvouwen lijken, toonden single-molecule-experimenten aan dat 1% van deze structuren toch gevouwen blijft, wat wijst op een mogelijke biologische relevantie ondanks hun lagere stabiliteit vergeleken met DNA-i-motieven.
Dit artikel introduceert een reproduceerbaar computationeel raamwerk voor een synthetisch mitochondriaal binnenmembraan dat aantoont hoe cardiolipine en membraanlekken de ATP-productie bepalen, waardoor het een interpreteerbare brug vormt tussen componentenreconstructie en systeemontwerp.
Deze studie toont aan dat de meeste topmodellen in de TDC ADMET-leaderboards niet reproduceerbaar zijn of last hebben van datalekken en overfitting, en pleit daarom voor strengere benchmarkprocedures met verborgen testsets en gestandaardiseerde inferentieomgevingen.
Dit onderzoek presenteert een systematische evaluatie van verschillende beeldrepresentaties en deep learning-pijplijnen voor holografische flowcytometrie, waarbij een optimale balans wordt gevonden tussen classificatieprecisie en computationele efficiëntie bij het onderscheiden van natuurlijke killer-cellen van borstkankercellen.
QuantiTrack is een gebruiksvriendelijke MATLAB-software die biologen in staat stelt om de dynamiek van eiwitten in levende cellen te analyseren via single molecule tracking, zoals geïllustreerd door de studie naar de respons van de glucocorticoïdreceptor op hormoonbehandeling.