398 papers
Genomica is het spannende vakgebied dat zich bezighoudt met het ontrafelen van het complete bouwplan van levensvormen. Door het DNA van organismen in kaart te brengen, kunnen wetenschappers ontdekken hoe eigenschappen worden overgeërfd en hoe ziektes ontstaan. Op Gist.Science maken we deze complexe inzichten toegankelijk voor iedereen, van student tot geïnteresseerde leek, zonder dat je een doctoraat in biologie nodig hebt.
Elke nieuwe preprint in dit domein die verschijnt op bioRxiv wordt door ons direct verwerkt. We bieden niet alleen een heldere samenvatting in gewone taal, maar ook een gedetailleerde technische analyse voor wie dieper wil graven. Zo blijft u altijd op de hoogte van de allerlaatste doorbraken voordat ze officieel gepubliceerd zijn.
Hieronder vindt u de meest recente publicaties binnen dit dynamische onderzoeksgebied.
Deze studie presenteert het eerste hoogwaardige, zeer contigue referentiegenoom voor de kritiek bedreigde, op de Galapagoseilanden endemische *Scalesia gordilloi*, gegenereerd via Oxford Nanopore-sequencing, om een fundamentele bron te vestigen voor behoudsgenomica en vergelijkende evolutionaire studies binnen de *Scalesia*-radiatie.
Dit artikel introduceert een netwerkgebaseerd raamwerk dat gebruikmaakt van graaftheoretische metrieken, specifiek de superieure C4-descriptor, om sub-megabase interchromosomale interacties uit Hi-C-data te visualiseren en te analyseren, wat gedeelde interactie-hotspots en onderscheidende regulatoire patches onthult die chromosomen organiseren ten opzichte van de nucleaire enveloppe.
Dit artikel presenteert een genmodel voor de Density regulated protein (DENR) ortholoog in *Drosophila eugracilis*, die werd gekarakteriseerd als onderdeel van een Genomics Education Partnership-project om de evolutie van de Insulin/insulin-like growth factor signaleringsroute binnen het *Drosophila*-genus te bestuderen.
Dit artikel stelt een raamwerk voor om biosecurity-risico's in generatief genoomontwerp te beoordelen door onderscheid te maken tussen evolutionaire nieuwheid en ontwerpefficiëntie, waarbij wordt vastgesteld dat hoewel het Evo 2-model de creatie van levensvatbare bacteriofaaggenomen aanzienlijk verbetert, de outputs fylogenetisch dicht bij natuurlijke sequenties blijven, wat wijst op slechts lage tot matige biosecurity-zorgen voor de creatie van de novo gevaren.
Deze studie onthult dat de Rice's walvis, een van de meest bedreigde baleinwalvissen ter wereld, tienduizenden jaren lang heeft voortbestaan als een kleine, geïsoleerde populatie in de Golf van Mexico met een recent introgressie-event van Bryde's walvissen, maar een hoog toekomstig uitstervingsrisico loopt door inteelt en genomische erosie tenzij onmiddellijke beheersmaatregelen de populatiegroei bevorderen.
Dit artikel presenteert de eerste Hi-C-datasets en bijbehorende 3D-modellen op meerdere resoluties voor de filamenteuze schimmel *Podospora anserina*, wat een cruciale bron biedt om de ruimtelijke organisatie van haar chromosomen te visualiseren en te integreren met bestaande omics-data.
Deze studie maakt gebruik van single-nucleus multi-omics analyse van meer dan 100.000 muituitary-nuclei gedurende de estruscyclus om stadiumspecifieke transcriptionele en epigenetische remodellering in kaart te brengen, waarbij dynamische genregulerende circuits worden onthuld — in het bijzonder een door ETS2 gedreven mechanisme in gonadotrofen — die cellulaire staatsovergangen en hormoongenexpressie aansturen.
Dit artikel introduceert Hierarchical Belief Propagation (HBP) en Graph-Augmented Fine-Mapping (GAFM), methoden die relationele biologische structuren via message passing benutten om bestaande Bayesiaanse fine-mapping tools aanzienlijk te overtreffen in nauwkeurigheid en snelheid, met name voor het identificeren van causale varianten onder zwakke signalen en over diverse soorten heen.
Deze studie introduceert lrSAGA, een gespecialiseerde assemblage-tool die de hoge chimera-percentages en coverage-biases die inherent zijn aan multiple displacement amplification (MDA) van enkelvoudige cellen effectief mitigeert, waardoor de generatie van nauwkeurige, hoogwaardige long-read genoomassemblages voor diverse niet-gekweekte microbiele eukaryoten mogelijk wordt.
Dit artikel introduceert Terminal Mapping, een nieuwe hoogdoorvoed-methode die onafhankelijk is van ligase en traditionele technieken overtreft bij het detecteren van virale integratieplaatsen door lineaire amplificatie en poly-A-tailing te combineren om host-insert juncties te profileren met verbeterde robuustheid en verminderde bias.