🧬 Category

genomics

275 papers

Genomica is het spannende vakgebied dat zich bezighoudt met het ontrafelen van het complete bouwplan van levensvormen. Door het DNA van organismen in kaart te brengen, kunnen wetenschappers ontdekken hoe eigenschappen worden overgeërfd en hoe ziektes ontstaan. Op Gist.Science maken we deze complexe inzichten toegankelijk voor iedereen, van student tot geïnteresseerde leek, zonder dat je een doctoraat in biologie nodig hebt.

Elke nieuwe preprint in dit domein die verschijnt op bioRxiv wordt door ons direct verwerkt. We bieden niet alleen een heldere samenvatting in gewone taal, maar ook een gedetailleerde technische analyse voor wie dieper wil graven. Zo blijft u altijd op de hoogte van de allerlaatste doorbraken voordat ze officieel gepubliceerd zijn.

Hieronder vindt u de meest recente publicaties binnen dit dynamische onderzoeksgebied.

Interpretable and predictive models based on high-dimensional data in ecology and evolution

Dit artikel onderzoekt de prestaties van negen methoden voor het selecteren van variabelen en het voorspellen van uitkomsten in ecologie en evolutiebiologie met hoge dimensionaliteit, en concludeert dat hoewel overfitting vaak voorkomt, nauwkeurige voorspelling mogelijk is bij voldoende steekproefomvang en sterke effecten, terwijl nauwkeurige variabele selectie voor procesbegrip in veel realistische scenario's onbereikbaar blijft.

Jahner, J. P., Buerkle, C. A., Gannon, D. G., Grames, E. M., McFarlane, S. E., Siefert, A., Bell, K. L., DeLeo, V. L., Forister, M. L., Harrison, J. G., Laughlin, D. C., Patterson, A. C., Powers, B. F (…)2026-03-18🧬 genomics

De novo assembly of complete Plasmodium falciparum isolate genomes using PacBio HiFi sequencing technology

In dit onderzoek wordt aangetoond dat PacBio HiFi-sequencingtechnologie het mogelijk maakt om complete, nauwkeurige *de novo* genoomassemblages van *Plasmodium falciparum* te genereren, inclusief de complexe variantoppervlakteantigeengenen, wat waardevolle inzichten biedt voor het bestuderen van parasietevolutie en transmissiedynamiek.

Nyarko, P., Quenu, M., Guery, M.-A., Cohen, C., Girgis, S. T., Makunin, A., McCarthy, S. A., Hamilton, W. L., Lawniczak, M., Claessens, A.2026-03-18🧬 genomics

Exon Targeted Retrieval and Classification Toolbox (ExTRaCT): a gene search pipeline to find APOBEC3 Z-domains in novel bat genomes

De auteurs presenteren ExTRaCT, een geautomatiseerd zoekpipeline dat efficiënt en nauwkeurig genexons met een geconserveerde structuur, zoals de APOBEC3 Z-domeinen in vleermuizen, kan identificeren in nieuwe genoomassemblages zonder afhankelijkheid van volledig geannoteerde genoomreferenties of nauwe verwante soorten.

Delamonica, B., Bat1K 21-Families Group,, Larijani, M., MacCarthy, T., Davalos, L. M.2026-03-18🧬 genomics

Genome-scale functional mapping of the mammalian whole brain with in vivo Perturb-seq

Deze studie presenteert een functioneel atlas van het muizenbrein door middel van een verbeterd in vivo Perturb-seq-platform, waarbij de transcriptoomrespons van meer dan 7,7 miljoen cellen op het verlies van 1.947 ziekte-geassocieerde genen werd geanalyseerd om celtype-specifieke essentiële mechanismen en tegenstrijdige genregulatie te onthullen die relevant zijn voor neurologische aandoeningen.

Shi, T., Korshunova, M., Kim, S., DeTomaso, D., Zheng, X., Vishvanath, L., Nyasulu, T., Huynh, N., Sun, A., Thompson, P. C., Zhang, Y., Wigdor, E. M., Rohani, N., Ali, S., Qiu, H., Geralt, M., Zhao, Z (…)2026-03-18🧬 genomics

A relic at risk: Genomic evidence for an early-diverging domesticated lineage in Norwegian farmhouse yeast

Dit onderzoek toont aan dat Kveik-gist uit Noorse boerderijen een vroeg-divergerende, genetisch unieke lijn vertegenwoordigt die een levend overblijfsel is van de vroege domesticatie van *Saccharomyces cerevisiae* en de verbinding legt tussen bedreigd immaterieel cultureel erfgoed en een genetische oorsprong van 4.000 tot 8.000 jaar geleden.

Dondrup, M., Martinussen, A. O., Haugland, L. K., Brandenburg, J., Inanli, O., Schroeder, H., Dolan, D., Grellscheid, S. N., Hagen, S. B., Elameen, A., Myking, T., Eiken, H. G.2026-03-18🧬 genomics

Genetic and heat-stress related environmental influences on pig whole-blood gene expression levels

Deze studie onderzocht bij varkens de relatieve invloed van genetica en hittestress op de genexpressie in bloed, waarbij werd vastgesteld dat genetische factoren gemiddeld 36,3% van de variatie verklaren en specifieke kandidaatgenen voor productietraits werden geïdentificeerd.

Durante, A., Feve, K., Naylies, C., Labrune, Y., Gress, L., Lippi, Y., Legoueix, S., Milan, D., Gourdine, J.-L., Gilbert, H., Renaudeau, D., Riquet, J., Devailly, G.2026-03-18🧬 genomics

Position-dependent variant effects reveal importance of context in genomic regulation

Deze studie toont aan dat de genomische context en de positie van een variant binnen een construct de grootte van de effecten op de genexpressie aanzienlijk beïnvloeden, voornamelijk door positie-afhankelijke transcriptiefactorbinding en specifieke interacties zoals die bij Alu-elementen, wat de complexiteit van cis-regulatoire grammatica benadrukt en de interpretatie van regulatoire varianten bemoeilijkt.

Aninta, S. I., Tewhey, R., de Boer, C. G.2026-03-18🧬 genomics