502 papers
Genomica is het spannende vakgebied dat zich bezighoudt met het ontrafelen van het complete bouwplan van levensvormen. Door het DNA van organismen in kaart te brengen, kunnen wetenschappers ontdekken hoe eigenschappen worden overgeërfd en hoe ziektes ontstaan. Op Gist.Science maken we deze complexe inzichten toegankelijk voor iedereen, van student tot geïnteresseerde leek, zonder dat je een doctoraat in biologie nodig hebt.
Elke nieuwe preprint in dit domein die verschijnt op bioRxiv wordt door ons direct verwerkt. We bieden niet alleen een heldere samenvatting in gewone taal, maar ook een gedetailleerde technische analyse voor wie dieper wil graven. Zo blijft u altijd op de hoogte van de allerlaatste doorbraken voordat ze officieel gepubliceerd zijn.
Hieronder vindt u de meest recente publicaties binnen dit dynamische onderzoeksgebied.
Dit onderzoek toont aan dat de hartspecifieke deletie van Gpx4 bij muizen een transcriptieprofiel oplevert dat menselijke cardiomyopathie nabootst, waardoor de cruciale rol van GPX4 in het voorkomen van ferroptose en het handhaven van hartstabiliteit wordt onderstreept.
Dit onderzoek onthult fundamentele verschillen in de evolutionaire geschiedenis en genomische diversiteit van geiten- en schapepokviroren door pangenoomvariatiegrafieken te combineren met fylogenetische analyses, waarbij structurele variatie in de terminale herhalingen wordt geïdentificeerd als een belangrijke drijvende kracht achter hun aanpassing aan specifieke gastheren.
Deze studie onthult dat veelgebruikte methoden voor het bestuderen van IRES-activiteit en mRNA-annotatie, zoals back-splicing circRNA-plasmiden en smFISH, gevoelig zijn voor artefacten die tot valse positieven leiden, en presenteert betrouwbare, geverifieerde alternatieven om deze fouten te voorkomen.
Dit onderzoek toont aan dat chemische mutagenese met EMS succesvol kan worden toegepast op het intracellulaire *Wolbachia*-genoom binnen *Drosophila*-cellen, waarbij mutaties betrouwbaar kunnen worden gedetecteerd met behulp van de circle sequencing-techniek.
Het artikel introduceert X-Plat, een tool die op basis van polynoomregressie expressie- en methylatiegegevens tussen microarray- en sequentiële platforms converteert, waardoor legacy-data-integratie mogelijk wordt met een hogere nauwkeurigheid dan bestaande methoden.
Dit onderzoek toont aan dat de ruimtelijke en temporele variatie in virale gemeenschappen in de bodem van tomatenplanten voornamelijk wordt bepaald door de activiteit van de gastheer en niet door de samenstelling van de gastheer, waarbij virale diversiteit in de rhizosfeer hoger is en virale biogeografie sterk reageert op lokale omstandigheden en dispersie.
In dit artikel wordt de eerste telomeer-tot-telomeer diploïde referentie voor de veelgebruikte menselijke embryonale stamcellijn H9 gepresenteerd, een nauwkeurige, haplotype-opgeloste assemblage die waardevolle inzichten biedt in de genetica, epigenetica en de toepasbaarheid voor allel-specifieke analyses van menselijke ontwikkeling en ziekte.
Dit artikel beschrijft een haplotype-opgeloste, chromosomaal niveau genoomassemblage van de blauwkeel (Luscinia s. svecica) die, dankzij Oxford Nanopore-sequencing, complexe structurele variaties in het hypervariabele MHC-gebied onthult, waaronder zowel de canonieke organisatie als een unieke, verweven rangschikking van MHC-genen tussen de twee haplotypes.
Dit onderzoek reconstrueert de evolutionaire geschiedenis van het Sesamum-Ceratotheca-complex door middel van chromosoom-niveau genoomassemblages, waardoor de oorsprong van allopolyploïdie, karyotypische herstructurering en de herintroductie van lignaan-metabolisme via hybridisatie in sesam wordt onthuld.
Deze paper introduceert Novabrowse, een open-source tool die interactieve BLAST-resultaten combineert met hoge-resolutie synteny-analyse om gen-orthologen te detecteren en annotatieartefacten te verifiëren, zoals gedemonstreerd door de ontdekking van Foxp3 en Aire en de bevestiging van het verlies van Rbl1 in het genoom van de salamander *Pleurodeles waltl*.