346 papers
Genomica is het spannende vakgebied dat zich bezighoudt met het ontrafelen van het complete bouwplan van levensvormen. Door het DNA van organismen in kaart te brengen, kunnen wetenschappers ontdekken hoe eigenschappen worden overgeërfd en hoe ziektes ontstaan. Op Gist.Science maken we deze complexe inzichten toegankelijk voor iedereen, van student tot geïnteresseerde leek, zonder dat je een doctoraat in biologie nodig hebt.
Elke nieuwe preprint in dit domein die verschijnt op bioRxiv wordt door ons direct verwerkt. We bieden niet alleen een heldere samenvatting in gewone taal, maar ook een gedetailleerde technische analyse voor wie dieper wil graven. Zo blijft u altijd op de hoogte van de allerlaatste doorbraken voordat ze officieel gepubliceerd zijn.
Hieronder vindt u de meest recente publicaties binnen dit dynamische onderzoeksgebied.
Deze studie presenteert een hoogwaardige genoomassemblage van een Chileense *Tigriopus*-populatie, die waarschijnlijk een nieuwe soort (*Tigriopus aff. angulatus*) vertegenwoordigt, en levert waardevolle genetische bronnen voor het bestuderen van adaptatie en diversiteit binnen deze copepod-groep.
Ondanks dat transcriptoomvariatie in wilde *Arabidopsis thaliana*-populaties sterk afhankelijk is van individuele omstandigheden en niet volledig overeenkomt met laboratoriumstresspatronen, blijken biotische responsnetwerken evolutionair behouden te zijn, terwijl abiotische netwerken in de natuur aanzienlijk worden herorganiseerd.
Deze studie introduceert een datasetbewust kader om recurrente artefacten in SARS-CoV-2 diepsequencingdata te identificeren en maskeren, waardoor de betrouwbaarheid van afgeleide binnen-huis diversiteit en transmissie-inferenties aanzienlijk verbetert.
Deze studie toont aan dat in Arabidopsis thaliana de positie van de eerste intron en het totale aantal introns voorspellend zijn voor respectievelijk actieve chromatinemarkeringen bij het transcriptiestartpunt en de accumulatie van genlichaam-geassocieerde chromatinestructuren, wat suggereert dat intron-architectuur via twee verschillende mechanismen de genexpressie beïnvloedt.
Dit artikel beschrijft de generatie en karakterisering van een volledig, gepersonaliseerd genoom voor de KOLF2.1J iPSC-referentielijn, wat leidt tot nauwkeurigere genomische analyses en een waardevol basispunt voor toekomstig onderzoek naar neurodegeneratieve ziekten.
Deze studie toont aan dat aanhoudend SARS-CoV-2 Spike-antigeen in de darmweefsels van Long COVID-patiënten geassocieerd is met lokale immuundysregulatie en een pro-inflammatoire transcriptieprofiel, wat suggereert dat het virus de chronische symptomen in de colon activeert.
Deze studie presenteert een hoogwaardig, chromosoomniveau genoom van de Zuid-Afrikaanse leeuw, gegenereerd met PacBio HiFi en Omni-C-technologieën, dat dient als cruciale genetische basis voor toekomstige populatiegenomische en behoudsinspanningen.
Hoewel het gebruik van data-gedreven prior-kennis in individuele Graph Attention Networks (GAT) modellen geen consistente verbetering opleverde voor de genomische voorspelling van bloeitijd bij maïs, resulteerde een ensemble van diverse GAT-modellen wel in een consistente prestatieverbetering door de integratie van complementaire genotype-naar-phenotype structuren.
Dit onderzoek onthult het uitgebreide interactome van de pionier-factor Zelda in Drosophila-embryo's en toont aan hoe deze factor diverse co-activatoren, remmers en de transcriptie-apparatuur rekruteert om de activering van het zygotische genoom te coördineren.
Op basis van volledige genoomassemblages van 151 klinische isolaten toont dit onderzoek aan dat genconversie een cruciale drijvende kracht is achter diversiteits-hotspots in virulentie- en antigeen-geassocieerde loci van *Mycobacterium tuberculosis*, waarmee het de opvatting van deze pathogeen als puur genetisch conservatief nuanceert.