509 papers
Genomica is het spannende vakgebied dat zich bezighoudt met het ontrafelen van het complete bouwplan van levensvormen. Door het DNA van organismen in kaart te brengen, kunnen wetenschappers ontdekken hoe eigenschappen worden overgeërfd en hoe ziektes ontstaan. Op Gist.Science maken we deze complexe inzichten toegankelijk voor iedereen, van student tot geïnteresseerde leek, zonder dat je een doctoraat in biologie nodig hebt.
Elke nieuwe preprint in dit domein die verschijnt op bioRxiv wordt door ons direct verwerkt. We bieden niet alleen een heldere samenvatting in gewone taal, maar ook een gedetailleerde technische analyse voor wie dieper wil graven. Zo blijft u altijd op de hoogte van de allerlaatste doorbraken voordat ze officieel gepubliceerd zijn.
Hieronder vindt u de meest recente publicaties binnen dit dynamische onderzoeksgebied.
HiFi-Helper is een gebruiksvriendelijke Snakemake-workflow die reproducible genoomassemblage uit HiFi-lecturen mogelijk maakt door visuele feedback te bieden voor parameteroptimalisatie, waardoor hoogwaardige genoomassemblages tegen lagere kosten en tijdsinvestering bereikbaar worden.
Dit onderzoek presenteert een gap-vrij, telomeer-tot-telomeer genoom van *Pandanus amaryllifolius* en onthult via geïntegreerde multi-omics analyses dat schaduwing de geur van de bladeren reguleert door de biosynthese van terpenoïden te beïnvloeden, wat waardevolle inzichten biedt voor genetische verbetering en teeltoptimalisatie.
Dit onderzoek toont aan dat Oxford Nanopore-sequencing voor het eerst succesvol op authentiek oud menselijk DNA uit de vroege Jomon-periode is toegepast, waarmee ethische en logistieke beperkingen rondom het vervoer van monsters worden overwonnen en snelle, lokaal uitvoerbare paleogenomische analyses mogelijk worden gemaakt.
Onderzoek naar de genexpressie in de hersenen van noordelijke jacana's onthult dat sociale polyandrie niet simpelweg een omkering van geslachtsgebonden genexpressie is, maar het resultaat van complexe genetische en hormonale interacties die de geslachtsrollen en het broedgedrag bepalen.
Deze studie rapporteert de verbetering van het FLASH-seq-protocol voor langlees single-cell RNA-sequencing op het ONT-platform, inclusief twee nieuwe barcoderingsstrategieën en een bioinformatica-pipeline, en identificeert zowel de potentie voor nauwkeurige isoform-quantificatie als de huidige technische uitdagingen zoals chimere reads en index-swapping.
Dit onderzoek toont aan dat het Ultima UG100-platform, ondanks enkele subtiele verschillen in foutprofielen, vergelijkbare prestaties levert als het Illumina NovaSeq-platform voor diverse sequencing-toepassingen op klinisch FFPE-materiaal, waardoor het een kosteneffectief alternatief biedt voor populatiegenomica en klinische diagnostiek.
Deze studie introduceert een BRET-assay voor het meten van de telomeerlengte in levende *S. cerevisiae*-cellen, waarbij de energieoverdracht tussen een luciferase-Rif2-fusie en fluorescentie-gemarkeerd Rap1 een sterke correlatie vertoont met de telomeerlengte zoals vastgesteld via lang-lees sequencing.
Deze studie identificeert en karakteriseert geconserveerde lange G4-rijke (LG4) genoomenhancers in zestien verschillende soorten, waarbij wordt aangetoond dat deze structuren, zoals die in het MAZ-locus, evolutionair behouden zijn en hun regulerende functie op doelpromotoren behouden.
Deze studie presenteert een hoogwaardige genoomassemblage van een Chileense *Tigriopus*-populatie, die waarschijnlijk een nieuwe soort (*Tigriopus aff. angulatus*) vertegenwoordigt, en levert waardevolle genetische bronnen voor het bestuderen van adaptatie en diversiteit binnen deze copepod-groep.
Ondanks dat transcriptoomvariatie in wilde *Arabidopsis thaliana*-populaties sterk afhankelijk is van individuele omstandigheden en niet volledig overeenkomt met laboratoriumstresspatronen, blijken biotische responsnetwerken evolutionair behouden te zijn, terwijl abiotische netwerken in de natuur aanzienlijk worden herorganiseerd.