346 papers
Genomica is het spannende vakgebied dat zich bezighoudt met het ontrafelen van het complete bouwplan van levensvormen. Door het DNA van organismen in kaart te brengen, kunnen wetenschappers ontdekken hoe eigenschappen worden overgeërfd en hoe ziektes ontstaan. Op Gist.Science maken we deze complexe inzichten toegankelijk voor iedereen, van student tot geïnteresseerde leek, zonder dat je een doctoraat in biologie nodig hebt.
Elke nieuwe preprint in dit domein die verschijnt op bioRxiv wordt door ons direct verwerkt. We bieden niet alleen een heldere samenvatting in gewone taal, maar ook een gedetailleerde technische analyse voor wie dieper wil graven. Zo blijft u altijd op de hoogte van de allerlaatste doorbraken voordat ze officieel gepubliceerd zijn.
Hieronder vindt u de meest recente publicaties binnen dit dynamische onderzoeksgebied.
Deze studie presenteert het eerste transcript-resolved referentiecatalogus van menselijke enhancer-RNAs (eRNAs), bestaande uit 36.536 transcripten die cellulaire specificiteit, subcellulaire lokalisatie en ziekterelateerde variatie in splicing onthullen, en biedt hiermee een nieuwe basis voor functioneel onderzoek via de eRNAkit-database.
Dit onderzoek toont aan dat het Ultima UG100-platform, hoewel het in hoge mate betrouwbare regio's presteert, aanzienlijk meer context-specifieke fouten vertoont dan het Illumina NovaSeqX-platform, met name bij indels, homopolymeren en GC-rijke gebieden, wat belangrijke implicaties heeft voor klinische toepassingen.
Dit onderzoek toont aan dat sedges en rushes (Cyperaceae en Juncaceae) een uitzonderlijk hoge chromosomale rearrangementssnelheid vertonen die gekoppeld is aan hun oligocentromerische organisatie, en biedt voor het eerst bewijs voor mogelijke terugkeer naar monocentrischheid of overgang naar holocentrischheid binnen deze groep.
Deze studie toont aan dat *Alternaria atra*-stammen met uiteenlopende ecologische rollen (endofyt en pathogeen) een opvallend vergelijkbaar functioneel genoom bezitten, wat suggereert dat levensstijlplasticiteit in plaats van genetische specialisatie de ecologische diversiteit van deze schimmel bepaalt.
Deze studie introduceert de ChIP-FRiP-pijplijn om technische variatie, met name door antilichamen, in cohesin ChIP-seq-data te kwantificeren en te corrigeren, waardoor betrouwbare inzichten in de rol van cofactoren bij cohesin-positionering mogelijk worden.
Dit artikel introduceert XPCLRS, een snelle Rust-implementatie van de XP-CLR-methode voor het detecteren van selectiesignaturen, die door multithreading en een hoge snelheid de computationele barrière verlaagt voor genomische studies.
Dit artikel toont aan dat uiterst overvloedige microRNA's, zoals miR-1275 en miR-6724, worden getranscribeerd vanuit menselijke rDNA-spacerpromoters die door CTCF zijn geïsoleerd, en dat deze RNA's onafhankelijk van bekende verwerkingsactiviteiten uit de kern worden geëxporteerd om als circulerende kankerbiomarkers te fungeren.
Dit artikel is ingetrokken omdat bleek dat het *Catonephele numilia*-specimen in feite ook *Catonephele acontius* was, waardoor de genoomgegevens voor *C. numilia* ongeldig zijn, terwijl de gegevens voor *C. acontius* wel geldig blijven.
Dit artikel presenteert het hoogwaardige genoom van de veelbelovende landbouwstam *Trichoderma gamsii* T035, dat als de meest complete assemblage van deze soort tot nu toe dient als waardevolle resource voor het ontrafelen van moleculaire mechanismen achter biologische bestrijding.
Dit artikel introduceert ChIANet, een multimodaal deep learning-framework dat de voorspelling van eiwit-gemedieerde chromatinestructuren mogelijk maakt op basis van eiwitbindingsprofielen en onthult dat deze driedimensionale genoomorganisatie niet alleen wordt bepaald door de eiwitten zelf, maar flexibel wordt gevormd door functionele context en regulatoire omgevingen.