346 papers
Genomica is het spannende vakgebied dat zich bezighoudt met het ontrafelen van het complete bouwplan van levensvormen. Door het DNA van organismen in kaart te brengen, kunnen wetenschappers ontdekken hoe eigenschappen worden overgeërfd en hoe ziektes ontstaan. Op Gist.Science maken we deze complexe inzichten toegankelijk voor iedereen, van student tot geïnteresseerde leek, zonder dat je een doctoraat in biologie nodig hebt.
Elke nieuwe preprint in dit domein die verschijnt op bioRxiv wordt door ons direct verwerkt. We bieden niet alleen een heldere samenvatting in gewone taal, maar ook een gedetailleerde technische analyse voor wie dieper wil graven. Zo blijft u altijd op de hoogte van de allerlaatste doorbraken voordat ze officieel gepubliceerd zijn.
Hieronder vindt u de meest recente publicaties binnen dit dynamische onderzoeksgebied.
Dit artikel presenteert het genoom van *Digitalis purpurea*, waarbij een grote insertie in het *anthocyanidinesynthase*-gen verantwoordelijk wordt geacht voor het verlies van anthocyaninepigmentatie bij witte bloemen en een insertie in het *DpTFL1/CEN*-gen voor de ontwikkeling van grote terminale bloemen.
Deze studie onthult dat alleelspecifiek alternatief polyadenyleren (asAPA), gereguleerd door RNA-bindende eiwitten zoals FMRP, een cruciaal mechanisme vormt dat niet-coderende genetische variatie koppelt aan de transcriptiestructuur en zo het risico op neurodegeneratieve en neurodevelopmentale aandoeningen, waaronder de ziekte van Alzheimer, verklaart.
Dit onderzoek toont aan dat de depletie van HP1α en de activatie van TGFβ antagonistische effecten hebben op de 3D-genoomorganisatie, waarbij HP1α-verlies leidt tot een verschuiving naar actieve chromatinestructuren die oncogenen bevorderen, terwijl TGFβ-chromatine compacter maakt.
ARSENAL is een nieuw, op korte context gericht DNA-taalmodel dat door middel van een speciale regularisatietechniek voor motiefontdekking beter presteert in het identificeren van regulatoire sequenties en het voorspellen van de effecten van genetische varianten dan bestaande grootschalige modellen.
Dit onderzoek toont aan dat de toediening van het antibioticum ceftiofur en de inoculatie met *E. coli* leiden tot een significante herstructurering van het fecale microbioom bij kalveren, waarbij de diversiteit van bacteriën verandert en de aanwezigheid van antibioticaresistentiegenen toeneemt.
Deze studie presenteert een nieuw, hoogwaardig chromosoom-niveau referentiegenoom van de Pacifische haring (*Clupea pallasii*) uit de Beringzee om de genetische kloof te dichten en de genomische hulpmiddelen voor deze ecologisch belangrijke soort uit te breiden.
Deze studie presenteert SCOPE, een methode die op basis van volledige genoomsequenties nauwkeurig de genetische vermenging tussen verschillende hondenrassen kan schatten.
Deze positiepaper betoogt dat het bereiken van robuuste "Virtuele Cellen" vereist dat de prioriteit wordt gegeven aan diverse biologische context en causale representatieleer boven het louter opschalen van modelcapaciteit en datavolume, aangezien huidige modellen er niet in slagen om over contexten heen te generaliseren ondanks hun omvang.
Deze studie introduceert Plant Time Warping (PTW), een nieuw deep learning-model dat hoogdoorvoefenomische, genomische en omgevingsgegevens integreert om de tarweopbrengst nauwkeurig te voorspellen en stabiliteitspatronen over diverse Europese omgevingen te identificeren, waardoor de klimaatadaptatiestrategieën voor gewasveredeling worden geavanceerd.
Deze studie identificeert specifieke genetische loci en pre-vaccinatie bloedtranscriptomische signatures in varkens die de omvang en langdurige persistentie van antilichaamresponsen op Influenza A-virusvaccinatie bepalen, wat potentiële biomarkers biedt om fok- en vaccinatiestrategieën te optimaliseren.