510 papers
Genomica is het spannende vakgebied dat zich bezighoudt met het ontrafelen van het complete bouwplan van levensvormen. Door het DNA van organismen in kaart te brengen, kunnen wetenschappers ontdekken hoe eigenschappen worden overgeërfd en hoe ziektes ontstaan. Op Gist.Science maken we deze complexe inzichten toegankelijk voor iedereen, van student tot geïnteresseerde leek, zonder dat je een doctoraat in biologie nodig hebt.
Elke nieuwe preprint in dit domein die verschijnt op bioRxiv wordt door ons direct verwerkt. We bieden niet alleen een heldere samenvatting in gewone taal, maar ook een gedetailleerde technische analyse voor wie dieper wil graven. Zo blijft u altijd op de hoogte van de allerlaatste doorbraken voordat ze officieel gepubliceerd zijn.
Hieronder vindt u de meest recente publicaties binnen dit dynamische onderzoeksgebied.
Deze studie toont aan dat *Alternaria atra*-stammen met uiteenlopende ecologische rollen (endofyt en pathogeen) een opvallend vergelijkbaar functioneel genoom bezitten, wat suggereert dat levensstijlplasticiteit in plaats van genetische specialisatie de ecologische diversiteit van deze schimmel bepaalt.
Dit onderzoek toont aan dat de depletie van de histonchaperonne FACT in murine embryonale stamcellen leidt tot een onomkeerbaar tijdsafhankelijk cascade-effect waarbij chromatinestructuur binnen minuten verstoord raakt, wat voorafgaat aan een volledige transcriptiecrisis binnen twee uur.
Deze studie introduceert de ChIP-FRiP-pijplijn om technische variatie, met name door antilichamen, in cohesin ChIP-seq-data te kwantificeren en te corrigeren, waardoor betrouwbare inzichten in de rol van cofactoren bij cohesin-positionering mogelijk worden.
Deze studie toont aan dat statistische power, bepaald door factoren zoals steekproefgrootte en allelfrequentie, een grote verstorende factor is bij het beoordelen van de overdraagbaarheid van eQTL's tussen verschillende populaties, en introduceert daarom een nieuwe methode om deze bias te corrigeren en een robuust raamwerk voor multivariate meta-analyse.
Deze studie toont aan dat de pionierfactor IRF1 tijdens IFNγ-geïnduceerde macrofaagactivatie gesloten chromatine opent, epigenetische herschikking en metabolische herprogrammering (van oxidatieve fosforylering naar glycolyse) coördineert via het wervings van het SWI/SNF-complex, waardoor een duurzame immuunherinnering ontstaat.
Dit onderzoek toont aan dat her-replicatie een fysiologisch mechanisme is dat menselijke stamcellen tijdens differentiatie tijdelijk gebruiken om de genkopieaantal en -expressie te verhogen, waarbij niet-her-replicerende cellen mogelijk profiteren van extranucleair DNA uit naburige cellen om aan de verhoogde eiwitbehoeften te voldoen.
Dit artikel introduceert XPCLRS, een snelle Rust-implementatie van de XP-CLR-methode voor het detecteren van selectiesignaturen, die door multithreading en een hoge snelheid de computationele barrière verlaagt voor genomische studies.
Deze studie verbetert de inferentie van differentieel genexpressie in menselijke metatranscriptomen door methoden te valideren met mock-gemeenschappen en gnotobiotische muizen, en door een nieuwe aanpak te ontwikkelen die lage prevalentie en verwarrende factoren op organismeniveau adresseert om betrouwbare resultaten op echte datasets te garanderen.
Dit onderzoek toont aan dat postnatale moederlijke zorg (likken en verzorgen) de negatieve neurodevelopmentale effecten van prenatale blootstelling aan bisfenol kan mitigeren door de genexpressie van Esrrg en DNA-methylatiepatronen in de hypothalamus van vrouwtjesratjes te normaliseren.
Deze studie toont aan dat door mens en muis getrainde neurale netwerken effectief kunnen worden ingezet om chromatineregulatie in diverse andere diersoorten te voorspellen, zelfs voor niet-geconserveerde sequenties, en pleit voor het gebruik van deze modellen als eerste stap in cross-species genoomannotatie voordat soort-specifieke modellen worden getraind.