511 papers
Genomica is het spannende vakgebied dat zich bezighoudt met het ontrafelen van het complete bouwplan van levensvormen. Door het DNA van organismen in kaart te brengen, kunnen wetenschappers ontdekken hoe eigenschappen worden overgeërfd en hoe ziektes ontstaan. Op Gist.Science maken we deze complexe inzichten toegankelijk voor iedereen, van student tot geïnteresseerde leek, zonder dat je een doctoraat in biologie nodig hebt.
Elke nieuwe preprint in dit domein die verschijnt op bioRxiv wordt door ons direct verwerkt. We bieden niet alleen een heldere samenvatting in gewone taal, maar ook een gedetailleerde technische analyse voor wie dieper wil graven. Zo blijft u altijd op de hoogte van de allerlaatste doorbraken voordat ze officieel gepubliceerd zijn.
Hieronder vindt u de meest recente publicaties binnen dit dynamische onderzoeksgebied.
Dit artikel presenteert het hoogwaardige genoom van de veelbelovende landbouwstam *Trichoderma gamsii* T035, dat als de meest complete assemblage van deze soort tot nu toe dient als waardevolle resource voor het ontrafelen van moleculaire mechanismen achter biologische bestrijding.
Deze studie presenteert de eerste complete, telomeer-tot-telomeer genoomassemblage van de microsporidia Microsporidia sp. MB, een symbiont van *Anopheles coluzzii* die *Plasmodium falciparum* overdracht remt en potentieel biedt voor malaria-bestrijding.
Dit artikel introduceert ChIANet, een multimodaal deep learning-framework dat de voorspelling van eiwit-gemedieerde chromatinestructuren mogelijk maakt op basis van eiwitbindingsprofielen en onthult dat deze driedimensionale genoomorganisatie niet alleen wordt bepaald door de eiwitten zelf, maar flexibel wordt gevormd door functionele context en regulatoire omgevingen.
Deze studie introduceert de rDNAmine-pipeline en een chromosoomspecifieke DNA-extractiemethode om lange, repetitieve rDNA-reeksen in gistsoorten nauwkeurig te analyseren, waarbij *Saccharomyces cerevisiae* en *Candida albicans* dienen als benchmarks voor de validatie van deze nieuwe aanpak.
Deze paper beschrijft praktische en schaalbare softwaretools voor het nauwkeurig annoteren van mRNA-kenmerken, zoals spliced leader-acceptor- en polyadenyleringsplaatsen, in trypanosomatide parasieten aan de hand van RNA-sequencingdata.
De auteurs stellen een robuuste methode voor die p-waarden van Cauchy-aggregatie combineert om GxE-interacties te testen onder verschillende genetische modellen, wat aanzienlijk meer loci identificeert dan traditionele benaderingen, zoals aangetoond in analyses van UK Biobank-data.
Dit onderzoek identificeert duizenden menselijke genen met dubbelcoderende regio's die door alternatief splicing in verschillende leesramen kunnen worden vertaald, en toont aan dat dit mechanisme evolutionair geconserveerd is en bijdraagt aan genregulatie door vaak tot eiwittruncatie of ongeordende peptiden te leiden.
Dit onderzoek toont aan dat de herschikking van de chromatinestructuur tijdens de progressie van borstkanker, met name vroege compartimentsverschuivingen en latere fijne schaalveranderingen in TADs en lussen, functioneel gekoppeld is aan de herschakeling van genexpressie via veranderingen in enhancer-promoter interacties.
Dit artikel introduceert Lorax, een GPU-versneld, webgebaseerd platform dat interactieve visualisatie en exploratie van ancestrale recombinatiegrafen (ARGs) op biobank-schaal mogelijk maakt.
Deze studie presenteert een hoogwaardige chromosoom-niveau genoomassemblage van de Zuid-Afrikaanse medicinale plant *Helichrysum odoratissimum*, gegenereerd met behulp van Oxford Nanopore en Hi-C-technologieën, die als fundamentele resource dient voor toekomstig functioneel genoomonderzoek, kweekprogramma's en het ontdekken van bioactieve verbindingen.