398 papers
Genomica is het spannende vakgebied dat zich bezighoudt met het ontrafelen van het complete bouwplan van levensvormen. Door het DNA van organismen in kaart te brengen, kunnen wetenschappers ontdekken hoe eigenschappen worden overgeërfd en hoe ziektes ontstaan. Op Gist.Science maken we deze complexe inzichten toegankelijk voor iedereen, van student tot geïnteresseerde leek, zonder dat je een doctoraat in biologie nodig hebt.
Elke nieuwe preprint in dit domein die verschijnt op bioRxiv wordt door ons direct verwerkt. We bieden niet alleen een heldere samenvatting in gewone taal, maar ook een gedetailleerde technische analyse voor wie dieper wil graven. Zo blijft u altijd op de hoogte van de allerlaatste doorbraken voordat ze officieel gepubliceerd zijn.
Hieronder vindt u de meest recente publicaties binnen dit dynamische onderzoeksgebied.
Deze studie onthult dat bij UV-bestraling RNA-polymerase II en XPC het 3D-genoom actief herstructureren door de lus-extrusie te beperken om chromatine-lussen te verkorten en domeinen te versterken, waardoor een reparatie-permissieve staat wordt gecreëerd die een efficiënte nucleotidenexcisieherstel faciliteert.
Deze studie presenteert de eerste zeer continue, chromosoom-schaal nucleaire en mitochondriale genoomassemblages voor de bedreigde Patagonische huemul (*Hippocamelus bisulcus*), waarmee essentiële genomische bronnen worden geboden om het behoudsbeheer en evolutionair onderzoek voor dit emblematische Zuid-Amerikaanse hert te bevorderen.
Deze studie maakt gebruik van genomische, transcriptomische en histologische analyses van de Nieuw-Zeelandse gevlekte poetsbaars om aan te tonen dat sociaal gedreven geslachtswissel gepaard gaat met de gecoördineerde regulatie van bekende en nieuwe geslachtsgenen, epigenetische herprogrammering en ontsteking-gemedieerde apoptose om gonadale remodellering te faciliteren.
Deze studie presenteert een hoogwaardige, chromosoomschaal genoomassemblage van de Zwitserse *Lolium multiflorum* ecotype Tremona en introduceert een schaalbare tool genaamd ParaLies om schijnbaar duplicaties veroorzaakt door heterozygotie effectief te verwijderen, waardoor de assemblage nauwkeurigheid voor deze complexe voedergewassoort aanzienlijk wordt verbeterd.
Dit artikel introduceert MILK, een schaalbaar computationeel framework dat massale single-cell genomische datasets organiseert in verenigde hiërarchische boomrepresentaties om efficiënte subsampling mogelijk te maken, multi-resolutie cellulaire relaties te behouden en integratieve analyses over weefsels, ontwikkelingsstadia en soorten heen te faciliteren.
De Maize Genetics and Genomics Database (MaizeGDB) heeft haar analytische mogelijkheden uitgebreid door de integratie van JBrowse2 met een nieuwe Pangenome Viewer, wat interactieve visualisatie van zowel lineaire als graafgebaseerde pangenomen mogelijk maakt om de precieze karakterisering van structurele variaties en agronomische eigenschappen in maïs te faciliteren.
Door gebruik te maken van een koper-induceerbaar DNA-methyltransferase-systeem in levende *S. pombe*-cellen, toont deze studie aan dat zowel euchromatine als heterochromatine globaal toegankelijk zijn in vivo, wat onthult dat het H3K9-methylerings- en HP1/Swi6-systeem de DNA-toegankelijkheid niet beperkt en dat de waargenomen ontoegankelijkheid in geïsoleerde kernen een artefact is van nauwe nucleosoom-afstand in plaats van een biologisch repressief mechanisme.
Deze pilotstudie onthult dat opvallende kleurvariatie binnen een enkele clonale chalice-koraalkolonie wordt gedreven door regio-specifieke opregulatie van onderscheidende fluorescente proteïne-transcripten en fotoconverteerbare EosFP-familie-eiwitten, in plaats door genetische verschillen.
Deze studie lost het zeer heterozygote F1-hybride oliepalmgenoom op in volledige haplotypes om te onthullen hoe complementaire genomische remodellering, oude introgressies en gebalanceerde allelische expressie gecoördineerde ouderlijke eigenschappen coördineren om heterosis aan te drijven.
Deze studie presenteert de eerste chromosoomschaal-genoomassemblage van *Blumeria graminis* f. sp. *avenae*, die onthult dat de specialisatie in de gastheer wordt gedreven door de gelokaliseerde diversificatie van pathogeniteitsgenen binnen transponeerbare element-rijke, structureel dynamische genomische regio's in plaats van door grootschalige genoomherstructurering.