275 papers
Genomica is het spannende vakgebied dat zich bezighoudt met het ontrafelen van het complete bouwplan van levensvormen. Door het DNA van organismen in kaart te brengen, kunnen wetenschappers ontdekken hoe eigenschappen worden overgeërfd en hoe ziektes ontstaan. Op Gist.Science maken we deze complexe inzichten toegankelijk voor iedereen, van student tot geïnteresseerde leek, zonder dat je een doctoraat in biologie nodig hebt.
Elke nieuwe preprint in dit domein die verschijnt op bioRxiv wordt door ons direct verwerkt. We bieden niet alleen een heldere samenvatting in gewone taal, maar ook een gedetailleerde technische analyse voor wie dieper wil graven. Zo blijft u altijd op de hoogte van de allerlaatste doorbraken voordat ze officieel gepubliceerd zijn.
Hieronder vindt u de meest recente publicaties binnen dit dynamische onderzoeksgebied.
Dit onderzoek toont aan dat een single-plant genoomwijd associatiestudie (sp-GWAS) succesvol loci kan identificeren die meerdere vegetatieve architectuurkenmerken van de geteelde Noordelijke wilde rijst (Zizania palustris L.) reguleren, wat de weg vrijmaakt voor genomische selectie in deze heterozygote en niet-repliceerbare gewas.
Deze studie toont aan dat het gebruik van het CelFiE-ISH-deconvolutiekader met een groter aantal restrictieve markers voor de epiteliale cellijn de detectiegrens voor circulerend tumor-DNA in ultra-laag-dekking whole-genome methylatiesequencing op het Oxford Nanopore-platform kan verlagen tot 1,7-3,1%, waarmee deze methode de prestaties van bestaande kopie-aantalveranderingsbenchmarks evenaart of overtreft.
Dit onderzoek gebruikt geavanceerde sequencing-technieken om een uitgebreide kaart te maken van lang niet-coderend RNA in *Plasmodium falciparum*, waarbij wordt aangetoond dat deze moleculen specifiek tot expressie komen in gametocyten en een cruciale rol spelen in de regulatie van genexpressie tijdens de overdracht van het malaria-parasiet.
Deze studie identificeert specifieke CG-rijke sequentiemotieven rondom de eerste intron als cruciale cis-actieve signalen die het gebruik van recursief splicing bepalen en een classifier ontwikkelen om dit proces te voorspellen.
Dit onderzoek presenteert een referentiegenoom en een uitgebreide transcriptoomatlas van de Rocky Mountain-houten teek (*Dermacentor andersoni*), die cruciale inzichten biedt in de genetica van bloedvoeding en weefsel-specifieke expressie om strategieën voor ziektepreventie en vectorbestrijding te ontwikkelen.
Dit onderzoek introduceert het Plate-C-platform, een hoogdoorvoersysteem dat duizenden hele genoomarchitecturen in één dag analyseert en zo de eerste chemische screen mogelijk maakt om te onthullen hoe diverse biologische paden de 3D-structuur van DNA in hersencellen beïnvloeden.
Deze studie vergelijkt verschillende DNA-extractiemethoden voor de zoetwatermossel *Anodonta anatina* en concludeert dat hoewel PacBio Nanobind en CTAB het beste werken bij vers weefsel, de Omega Mollusc Kit een kosteneffectief en succesvol alternatief biedt voor flash-bevroren weefsel, waardoor het een praktische startpunt vormt voor genoomstudies bij mosselen.
In deze studie wordt de eerste volledige, gaploze telomeer-tot-telomeer-assembly van het Y-chromosoom (CQ-chrY) gepresenteerd voor de vader van het Chinese Quartet, waarmee een cruciaal ontbrekend stukje in de genomics van Oost-Aziatische populaties wordt ingevuld.
Deze paper introduceert RLZ-RePair, een schaalbaar algoritme dat een exacte RePair-grammatica construeert door de RLZ-parsing te benutten, waardoor de geheugengebruik met meer dan 80% daalt ten opzichte van standaard RePair terwijl de compressiekwaliteit behouden blijft.
Deze studie introduceert CSI-SSU, een schaalbaar command-line hulpmiddel dat gebruikmaakt van phylogenetische plaatsing van SSU-sequenties en bacteriële BUSCO-zoekopdrachten om verontreiniging en onnauwkeurige taxonomische identificatie te detecteren in genomische datasets, zoals gedemonstreerd op de Protist 10.000 Genomes (P10K) database.