🧬 Category

genomics

345 papers

Genomica is het spannende vakgebied dat zich bezighoudt met het ontrafelen van het complete bouwplan van levensvormen. Door het DNA van organismen in kaart te brengen, kunnen wetenschappers ontdekken hoe eigenschappen worden overgeërfd en hoe ziektes ontstaan. Op Gist.Science maken we deze complexe inzichten toegankelijk voor iedereen, van student tot geïnteresseerde leek, zonder dat je een doctoraat in biologie nodig hebt.

Elke nieuwe preprint in dit domein die verschijnt op bioRxiv wordt door ons direct verwerkt. We bieden niet alleen een heldere samenvatting in gewone taal, maar ook een gedetailleerde technische analyse voor wie dieper wil graven. Zo blijft u altijd op de hoogte van de allerlaatste doorbraken voordat ze officieel gepubliceerd zijn.

Hieronder vindt u de meest recente publicaties binnen dit dynamische onderzoeksgebied.

🧬 genomics

Quantifying evolutionary novelty and design efficiency in generative genome design

Dit artikel stelt een raamwerk voor om biosecurity-risico's in generatief genoomontwerp te beoordelen door onderscheid te maken tussen evolutionaire nieuwheid en ontwerpefficiëntie, waarbij wordt vastgesteld dat hoewel het Evo 2-model de creatie van levensvatbare bacteriofaaggenomen aanzienlijk verbetert, de outputs fylogenetisch dicht bij natuurlijke sequenties blijven, wat wijst op slechts lage tot matige biosecurity-zorgen voor de creatie van de novo gevaren.

Black, J. R., Maiwald, A., Pannu, J., Crook, O.2026-06-19
🧬 genomics

Long-term isolation and introgression shape the genomic distinctiveness of Rice's Whale

Deze studie onthult dat de Rice's walvis, een van de meest bedreigde baleinwalvissen ter wereld, tienduizenden jaren lang heeft voortbestaan als een kleine, geïsoleerde populatie in de Golf van Mexico met een recent introgressie-event van Bryde's walvissen, maar een hoog toekomstig uitstervingsrisico loopt door inteelt en genomische erosie tenzij onmiddellijke beheersmaatregelen de populatiegroei bevorderen.

Aguilar-Gomez, D., Robinson, J. A., Kyriazis, C. C., Kenfield, M., Nigenda-Morales, S., Vollmer, N. L., Wilcox Talbot, L (…)2026-06-19
🧬 genomics

Hi-C data from the filamentous fungus Podospora anserina and associated 3D models to visualize the spatial organization of its chromosomes

Dit artikel presenteert de eerste Hi-C-datasets en bijbehorende 3D-modellen op meerdere resoluties voor de filamenteuze schimmel *Podospora anserina*, wat een cruciale bron biedt om de ruimtelijke organisatie van haar chromosomen te visualiseren en te integreren met bestaande omics-data.

Royer, G., Gualdoni, A., Poulain, P., Dumetz, F., Ponts, N., Grognet, P., Malagnac, F., Lelandais, G.2026-06-18
🧬 genomics

Single-nucleus multiomic analysis reveals modulation of the gene regulatory circuit landscape in pituitary cell types during mouse estrous cycle.

Deze studie maakt gebruik van single-nucleus multi-omics analyse van meer dan 100.000 muituitary-nuclei gedurende de estruscyclus om stadiumspecifieke transcriptionele en epigenetische remodellering in kaart te brengen, waarbij dynamische genregulerende circuits worden onthuld — in het bijzonder een door ETS2 gedreven mechanisme in gonadotrofen — die cellulaire staatsovergangen en hormoongenexpressie aansturen.

Zhang, Z., Cheng, W. S., Jin, Y., Ongaro, L., Smith, G. R., Pincas, H., Mendelev, N., Strupinsky, G., Alonso, C. A. I. (…)2026-06-17
🧬 genomics

Relational biological structure improves fine-mapping of causal GWAS variants under weak signal

Dit artikel introduceert Hierarchical Belief Propagation (HBP) en Graph-Augmented Fine-Mapping (GAFM), methoden die relationele biologische structuren via message passing benutten om bestaande Bayesiaanse fine-mapping tools aanzienlijk te overtreffen in nauwkeurigheid en snelheid, met name voor het identificeren van causale varianten onder zwakke signalen en over diverse soorten heen.

Estaji, E., Zhao, S.-W., Chen, Z.-Y., Nie, S., Mao, J.-F.2026-06-15
🧬 genomics

Long-read single-cell genomics: resolving chimeras in multiple displacement amplification

Deze studie introduceert lrSAGA, een gespecialiseerde assemblage-tool die de hoge chimera-percentages en coverage-biases die inherent zijn aan multiple displacement amplification (MDA) van enkelvoudige cellen effectief mitigeert, waardoor de generatie van nauwkeurige, hoogwaardige long-read genoomassemblages voor diverse niet-gekweekte microbiele eukaryoten mogelijk wordt.

McGowan, J., Lipscombe, J., Kilias, E. S., Barker, T., Catchpole, L., Durrant, A., Irish, N., McTaggart, S., Warring, S. (…)2026-06-15
🧬 genomics

A genomic tool to tackle cryptic diversity demonstrates the potential for off-target use of GT-seq panels

Deze studie heeft een flexibele GT-seq genomische panel ontwikkeld en gevalideerd die niet alleen de cryptische diversiteit binnen het *Coregonus artedi*-complex oplost, maar ook succesvol kruis-amplificeert om verwante witvissoorten te identificeren, wat grootschalige ecologische monitoring van vroege levensstadia in de Laurentiaanse Grote Meren mogelijk maakt.

Ackiss, A. S., Vinson, M. R., Ropp, A. J., Gruenthal, K. M., Krabbenhoft, T. J., Siegel, J. V., Stott, W., Yule, D. L. (…)2026-06-12
🧬 genomics

Co-Expressed MicroRNAs Identify Potential Mechanisms Underlying Risk for Multimorbid Depression and Type 2 Diabetes in Midlife Women

Deze studie identificeert co-expressie van microRNA's en hun geassocieerde mRNA-doelwitten bij vrouwen in de midlife met prediabetes, waarbij wordt onthuld dat metabole, inflammatoire, endocriene en stressgerelateerde paden ten grondslag kunnen liggen aan het verhoogde risico op multimorbide depressie en diabetes type 2 in deze populatie.

Longoria, K. D. D., Stroebel, B., Gadgil, M., Weiss, S., Lewis, K. A., Perez, N., Flowers, E.2026-06-12
🧬 genomics

Benchmarking long-read RNA-sequencing technologies with LongBench: a cross-platform reference dataset profiling cancer cell lines with bulk and single-cell approaches

Dit artikel introduceert LongBench, een uitgebreide multi-platform referentiedataset die acht menselijke longkankercellijnen profileert met behulp van bulk-, single-cell- en single-nucleus long-read RNA-sequencingtechnologieën, die hun prestaties systematisch evalueert om een hoge concordantie in genniveau-analyses te onthullen, maar een verminderde consistentie in transcriptniveau- en isoformresolutie vanwege platformspecifieke biases.

You, Y., Solano, A. N., Lancaster, J., David, M., Wang, C., Su, S., Pasquali, C., Tan, J. W., Zeglinski, K., Ghamsari, R (…)2026-06-10