Framing local structural identifiability and observability in terms of parameter-state symmetries

Este artigo introduz o conceito de simetrias parâmetro-estado, um subconjunto de simetrias de Lie, para caracterizar a identificabilidade estrutural local e a observabilidade de modelos mecânicos baseados em EDOs, provando que os parâmetros e estados identificáveis correspondem a invariantes universais dessas simetrias.

Johannes G. Borgqvist, Alexander P. Browning, Fredrik Ohlsson, Ruth E. BakerFri, 13 Ma🧬 q-bio

Leveraging Phytolith Research using Artificial Intelligence

O artigo apresenta o Sorometry, um pipeline de inteligência artificial que integra análise de imagens 2D e nuvens de pontos 3D para automatizar a identificação e quantificação de fitólitos, superando as limitações dos métodos manuais e permitindo análises em escala "ômica" de amostras arqueológicas e paleoecológicas.

Andrés G. Mejía Ramón, Kate Dudgeon, Nina Witteveen, Dolores Piperno, Michael Kloster, Luigi Palopoli, Mónica Moraes R., José M. Capriles, Umberto LombardoFri, 13 Ma🧬 q-bio

Neural network-based encoding in free-viewing fMRI with gaze-aware models

Este artigo apresenta um modelo de codificação de fMRI "consciente do olhar" que, ao integrar dados de rastreamento ocular com características visuais de CNNs durante a visualização natural de filmes, alcança desempenho equivalente aos modelos convencionais com 112 vezes menos parâmetros, permitindo estudos mais ecologicamente válidos sem a necessidade de fixação central.

Dora Gozukara, Nasir Ahmad, Katja Seeliger, Djamari Oetringer, Linda GeerligsFri, 13 Ma🧬 q-bio

ELISA: An Interpretable Hybrid Generative AI Agent for Expression-Grounded Discovery in Single-Cell Genomics

O artigo apresenta o ELISA, um agente de IA híbrido e interpretável que unifica embeddings de expressão gênica, recuperação semântica e raciocínio de modelos de linguagem para permitir a descoberta interativa de hipóteses biológicas em dados de sequenciamento de RNA de célula única, superando métodos existentes na recuperação de tipos celulares e na geração de insights mecanicistas.

Omar CoserFri, 13 Ma🧬 q-bio

Nyxus: A Next Generation Image Feature Extraction Library for the Big Data and AI Era

O artigo apresenta o Nyxus, uma nova biblioteca de extração de características de imagens projetada para ser escalável e eficiente no processamento de grandes volumes de dados (2D e 3D) em ambientes de big data e IA, oferecendo múltiplas interfaces de acesso e permitindo a otimização programática para aplicações de aprendizado de máquina.

Nicholas Schaub, Andriy Kharchenko, Hamdah Abbasi, Sameeul Samee, Hythem Sidky, Nathan HotalingFri, 13 Ma🧬 q-bio

A Multi-Label Temporal Convolutional Framework for Transcription Factor Binding Characterization

Este artigo propõe um framework de redes neurais convolucionais temporais (TCNs) para a caracterização de ligação de fatores de transcrição como um problema de classificação multirrotulada, demonstrando que essa abordagem captura eficazmente as interações cooperativas entre múltiplos fatores e revela padrões biológicos significativos.

Pietro Demurtas, Ferdinando Zanchetta, Giovanni Perini, Rita FioresiFri, 13 Ma🧬 q-bio

Forecasting and predicting stochastic agent-based model data with biologically-informed neural networks

Este trabalho demonstra que redes neurais biologicamente informadas (BINNs) podem ser usadas para treinar modelos de equações diferenciais parciais interpretáveis que superam as limitações dos modelos de campo médio, permitindo a previsão precisa e a extrapolação de dados de modelos baseados em agentes estocásticos em espaços de parâmetros não explorados.

John T. Nardini2026-03-11🧬 q-bio

Mathematical modeling of glioma invasion and therapy approaches via kinetic theory of active particles

Este artigo propõe um modelo multiescala baseado na teoria cinética de partículas ativas para estudar e comparar a eficácia de diferentes abordagens terapêuticas combinadas (radioterapia, quimioterapia e terapia antiangiogênica) na invasão de gliomas, utilizando dados de imagem de ressonância magnética por difusão e dados clínicos reais para reconstruir a geometria cerebral e simular o crescimento tumoral.

Martina Conte, Yvonne Dzierma, Sven Knobe + 1 more2026-03-10🧬 q-bio

A hybrid discrete-continuum modelling approach for the interactions of the immune system with oncolytic viral infections

Este artigo apresenta um novo modelo estocástico agente-baseado acoplado a equações de balanço para descrever a interação entre o sistema imune e vírus oncolíticos, derivando seu limite contínuo e demonstrando que uma resposta imune excessivamente rápida pode comprometer a eficácia da terapia, destacando a importância da modulação personalizada da resposta imune.

David Morselli, Marcello E. Delitala, Adrianne L. Jenner + 1 more2026-03-10🧬 q-bio

Inferring the dynamics of quasi-reaction systems via nonlinear local mean-field approximations

Este artigo propõe um método de aproximação de campo médio não linear, baseado em uma expansão de Taylor de primeira ordem da taxa de hazard, para estimar parâmetros cinéticos em sistemas de reação quase estocásticos com maior precisão e eficiência computacional, especialmente em dados com grandes intervalos de tempo e rigidez, superando as limitações das abordagens lineares e demonstrando aplicabilidade em dados biológicos de diferenciação celular.

Matteo Framba, Veronica Vinciotti, Ernst C. Wit2026-03-10🧬 q-bio