biochemistry articles | Gist.Science

Structural insight into sodium-dependent bile acid transport by members of the SLC10 family

Cette étude révèle, par la résolution de structures cristallines et des simulations de dynamique moléculaire, que le transport des acides biliaires par les membres de la famille SLC10 ne nécessite pas la présence d'un pore traversant la protéine, car l'entrée est bloquée par la flexibilité de l'hélice transmembranaire 6, et que les lipides membranaires jouent un rôle clé dans la reconnaissance des groupes stéroïdes hydrophobes.

Li, C. Y., Grob, A., Repa, L. + 6 more2026-02-23⚗️ biochemistry

Magnesium as a Conformational Gatekeeper of KRAS: Structural Dynamics and Therapeutic Implications

Cette étude démontre que le magnésium agit comme un régulateur maître de la dynamique conformationnelle de KRAS en stabilisant sa structure et en restreignant l'échange nucléotidique, révélant ainsi des points chauds sensibles au magnésium qui pourraient constituer de nouvelles cibles thérapeutiques.

Srinivasu, B. Y., Damerla, T. S., Stec, A. + 4 more2026-02-23⚗️ biochemistry

Rapid Histone Post-Translational Modification Analysis Using Alternative Proteases and Tandem Mass Tags

Cet article présente RIPUP, une méthode rapide et efficace combinant des protéases alternatives (Arg-C Ultra et r-Chymotrypsine) et des marqueurs TMT pour analyser les modifications post-traductionnelles des histones en quelques heures, permettant ainsi une couverture accrue de sites épigénétiques auparavant indétectables et une validation accélérée de cibles thérapeutiques.

Turner, N. P., Baboo, S., Garrett, P. + 4 more2026-02-22⚗️ biochemistry

Are hyaluronic acid synthases widely encoded in fungi?

Cette étude révèle l'existence de 68 synthases d'acide hyaluronique putatives chez les champignons, principalement au sein des Basidiomycota, dont les caractéristiques structurelles et phylogénétiques distinctes suggèrent des mécanismes de régulation et des fonctions biologiques spécifiques par rapport aux HAS d'autres règnes.

Franco-Herrera, L. M., Aranda-Barba, M., Montano-Silva, P. + 2 more2026-02-22⚗️ biochemistry

A Global Ligandability Map of Tryptoline Butynamide Stereoprobes Identifies Covalent Inhibitors of the Actin Maturation Protease ACTMAP

Cette étude démontre que les sondes butynamides stéréodéfinies, malgré une réactivité intrinsèque atténuée, ciblent sélectivement la protéase ACTMAP dans les cellules cancéreuses, validant ainsi la diversification des groupes réactifs comme stratégie pour élargir la ligandabilité du protéome humain.

Xiong, Y., Reinhardt, C. J., Nguyen, T. + 4 more2026-02-22⚗️ biochemistry

Towards crystal structures of filament forming proteins

Pour surmonter les défis de cristallisation et d'analyse par RMN posés par les protéines formant des filaments en raison de leur auto-association, il est essentiel de modifier leur séquence en créant des variants tronqués ou en ajoutant des extensions N-terminales afin d'empêcher la formation de filaments.

Roske, Y., Leidert, M., Rehbein, K. + 1 more2026-02-22⚗️ biochemistry

A conserved archaeal ribosome-associated factor linking bacterial hibernation and eukaryotic energy sensing

Cette étude identifie chez les archées un facteur de hibernation ribosomique conservé, AHA, qui, en silissant la traduction via des modules homologues à la protéine bactérienne HPF et au senseur d'énergie eucaryote AMPKγ, établit un lien évolutif direct entre le silence traductionnel procaryote et la détection de l'énergie eucaryote.

Souza, D. P., May, M. B., Carrion, J. + 3 more2026-02-22⚗️ biochemistry

Regulation of mitochondrial DNA homeostasis by a mitochondrial microprotein

Cette étude révèle que la microprotéine AltSLC35A4, codée par un cadre de lecture alternatif, régule l'homéostasie de l'ADN mitochondrial en interagissant avec les régulateurs du cytosquelette actomyosine, assurant ainsi le maintien de la distribution spatiale des nucléoïdes mitochondriaux.

Ajala, I., Lipuma, D., Bonnamour, G. + 1 more2026-02-21⚗️ biochemistry

Self-S-sulfonation in a bacterial persulfide dioxygenase mediates thiol persulfide detoxification

L'étude révèle que la persulfure dioxygénase bactérienne CstB de *Staphylococcus aureus* utilise un mécanisme d'auto-S-sulfonation d'un résidu cystéine pour transférer un persulfure vers son domaine rhodanase et convertir ainsi deux persulfures en thiosulfate, assurant la détoxification des espèces sulfurées réactives.

Campecino, J. O., Costa, S. S., Walsh, B. J. C. + 8 more2026-02-21⚗️ biochemistry

Linking biochemical and cellular efficacy of MERS coronavirus main protease inhibitors

Cette étude démontre que l'application d'un modèle cinétique enzymatique intégrant la dimérisation et la liaison du ligand aux courbes de réponse biphasiques des inhibiteurs de la protéase principale du MERS-CoV permet de prédire avec plus de précision l'efficacité cellulaire que les méthodes d'ajustement traditionnelles, offrant ainsi un outil précieux pour la découverte de médicaments antiviraux.

La, V. N. T., Lahav, N., Rodriguez, M. + 7 more2026-02-21⚗️ biochemistry

Unleashed condensation by recurrent mutations of an epigenetic regulator promotes cancer

Cette étude révèle que les mutations récurrentes de l'épigénétique ASXL1 dans les malignités myéloïdes favorisent le cancer en supprimant une régulation intramoléculaire qui inhibe normalement la condensation biomoléculaire, libérant ainsi une propriété de séparation de phase qui active des programmes transcriptionnels leucémogènes.

Song, Y., Hao, Y., Latacz, M. + 16 more2026-02-20⚗️ biochemistry

Integrated Multi-Omics Enabled by Sequential Extraction for Comprehensive Molecular Profiling of Small Extracellular Vesicles

Cette étude présente une plateforme multi-omique intégrée basée sur l'extraction séquentielle et la spectrométrie de masse, permettant la caractérisation simultanée des protéines, lipides et métabolites d'un même échantillon de petites vésicules extracellulaires à faible quantité, afin de surmonter les défis liés à l'analyse de ces biomolécules et d'améliorer la découverte de biomarqueurs.

Perciaccante, A. J., Rogers, H. T., Zhu, Y. + 6 more2026-02-20⚗️ biochemistry

The promoter-poised Rpd3 HDAC complex orchestrates global chromatin reprogramming upon nutrient transition

Cette étude démontre que le complexe Rpd3L chez *Saccharomyces cerevisiae* agit comme un gardien métabolique en orchestrant le reprogrammation chromatinique globale lors des transitions nutritionnelles, assurant ainsi la répression des programmes de croissance et l'activation des gènes respiratoires pour maintenir la fidélité transcriptionnelle.

Bhattacharya, S., Sutter, B. M., Tu, B.2026-02-20⚗️ biochemistry

Identification of 4,5,6,7-Tetrabromo-1H-benzotriazole (TBB) as a Small Molecule MESH1 Inhibitor that Suppresses Ferroptosis

Cette étude identifie le 4,5,6,7-tétabromo-1H-benzotriazole (TBB) comme un inhibiteur spécifique de la phosphatase MESH1 qui supprime la ferroptose et réduit la mort neuronale, validant ainsi MESH1 comme cible thérapeutique prometteuse.

Mestre, A. A., Oh, Y., Wu, J. + 13 more2026-02-20⚗️ biochemistry

Structural basis of metalloid transport by the arsenite efflux pump ArsB

Cette étude présente des structures cryo-EM haute résolution de la pompe d'efflux ArsB, révélant son architecture, son mécanisme de liaison à l'arsénite via des liaisons hydrogène et son fonctionnement en tant que transporteur secondaire couplé aux protons, ce qui éclaire la base moléculaire de la résistance bactérienne aux métalloïdes toxiques.

Mahajan, S., Demirer, K., Clemons, W. M. + 1 more2026-02-20⚗️ biochemistry

PXL: a Nucleic Acid-Binding Module of Promyelocytic Leukemia Protein

Cette étude révèle que la protéine PML-1 contient un module de liaison aux acides nucléiques appelé PXL, dont la structure tridimensionnelle et la capacité à se lier spécifiquement à des motifs d'ADN et d'ARN riches en guanine permettent de moduler le transcriptome, éclairant ainsi le rôle moléculaire de PML dans la régulation génique et l'organisation nucléaire.

Fairchild, D., Semenova, I. V., Geddes-Buehre, D. + 5 more2026-02-20⚗️ biochemistry

Mechanistic machine learning enables interpretable and generalizable prediction of prime editing outcomes

Les auteurs présentent OptiPrime, un modèle d'apprentissage automatique interprétable et généralisable qui prédit avec précision l'efficacité du prime editing et permet d'optimiser les corrections génétiques thérapeutiques, y compris in vivo dans un modèle murin.

Hsu, A., Chen, P. J., Li, A. H. + 24 more2026-02-20⚗️ biochemistry

Seamless workflow of hydroxy acid-modified metal oxide chromatography for rapid and sensitive phosphoproteomics sample preparation

Cette étude présente Rapid HAMMOC, une méthode de chromatographie sur oxyde métallique modifié par des acides hydroxyles optimisée pour l'enrichissement des phosphopeptides, qui permet une préparation d'échantillons rapide et sensible avec des pertes minimales, identifiant jusqu'à 8 000 phosphosites à partir de très faibles quantités d'entrée.

Tsumagari, K., Ishihama, Y., Imami, K.2026-02-20⚗️ biochemistry

Cryo-EM of ATP-driven dynamics and itraconazole binding of the fungal drug efflux ABC pump Candida glabrata Cdr1

Cette étude présente quatre structures cryo-EM haute résolution de la pompe d'efflux Cdr1 de *Candida glabrata* qui révèlent le mécanisme dynamique de son cycle de transport ATP-dépendant et la manière dont l'itraconazole se lie à son site, éclairant ainsi les bases structurales de la résistance aux azoles.

Pata, J., Wiseman, B., Zarkadas, E. + 19 more2026-02-19⚗️ biochemistry

Structural basis for regulation of Frizzled-4 signaling by the co-receptor Tetraspanin-12

Cette étude élucide la structure moléculaire du complexe entre le récepteur Frizzled-4 et la tétraspanine Tspan12, révélant comment leur interaction directe facilite le trafic vers la surface cellulaire et l'ancrage de haute affinité de la Norrine pour amplifier la signalisation angiogénique rétinienne.

Granados, A. J., Pratap, P. P., Alamo, K. A. E. + 1 more2026-02-19⚗️ biochemistry

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