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Synthetic Phenotype Assisted Linear Mixed Models Improve Proteome-Wide Genetic Discovery in Incomplete Biobank Data

L'article présente Syn-PALM, un cadre de modèle mixte linéaire robuste et évolutif qui exploite des données protéomiques synthétiques prédites par apprentissage automatique pour améliorer considérablement la puissance statistique et la découverte génétique dans les études d'association pangénomique malgré une absence de données substantielle dans les ensembles de données de biobanques.

Xihong Lin, Haoyu Yang, Ruoyu Wang, Shuang Song2026-07-30

🧬 biology

Interaction-Token Structural Alignment (ITSA): An Interpretable Framework for Protein Similarity Based on Residue-Level Chemical Interactions

L'article introduit l'Interaction-Token Structural Alignment (ITSA), un cadre interprétable qui convertit les structures protéiques en jetons d'interaction biochimique au niveau des résidus pour un alignement local, démontrant son efficacité à capturer la similitude au niveau des familles et à préserver le contexte mécanistique là où les méthodes traditionnelles axées sur la géométrie échouent.

Samanyu Kulkarni, Ranjita Thapa2026-07-30

🧬 biology

Quantum Biogenesis Driven by Methylated Colloidal Sulfur Within Diamagnetic Metal Matrices and Proto-Cell Self-Assembly

Cet article propose un modèle de biogenèse quantique où des complexes de soufre thermiquement méthylés s'alignent au sein de matrices diamagnétiques de magnésium-argent pour créer des gradients magnétiques qui servent de gabarit à l'auto-assemblage et à la division autonome de membranes proto-cellulaires.

Aydın Kurt2026-07-30

🧬 biology

Transforming MRI volumes with Space-Filling Curves reveals Multifractal Signatures of Ageing and Dementia Progression

Cette étude introduit l'analyse par courbe de remplissage d'espace multifractale (MFSCA) pour démontrer que l'organisation spatiale des structures cérébrales, telle que mesurée par la multifractalité dans les données d'IRM, se détériore progressivement, passant d'un état complexe et hétérogène à un état plus simple et homogène avec l'avancement de l'âge et de la progression de la démence.

Marta Lotka, Jacek Grela, Zbigniew Drogosz, Jeremi K Ochab, Paweł Oświęcimka2026-07-30

🧬 biology

Exploring ubiquitination-related biomarkers in osteoarthritis based on single-cell and transcriptomic data

Cette étude intègre des données transcriptomiques à l'échelle de la cellule unique et globales pour identifier cinq biomarqueurs liés à l'ubiquitination (MYC, TLR7, CX3CR1, PER1 et GADD45B) impliqués dans la pathogenèse de l'arthrose, révélant leur enrichissement dans la voie TNF-alpha/NF-kappaB, leur association avec des populations de cellules immunitaires spécifiques, ainsi qu'une expression élevée dans les fibroblastes synoviaux, offrant ainsi de nouvelles cibles thérapeutiques pour la maladie.

Tian Lan, Huan Dai, DeGuang Li, ChongYu Zhao, XiaoYu Mu, Li Li, Chao Wang2026-07-30

🧬 biology

Transformed Callus of Panax vietnamensis: Promising In Vitro Platform for Majonoside R2 Production alongside Hairy Roots

Cette étude démontre que le cal transformé de *Panax vietnamensis* induit par *Agrobacterium rhizogenes* sert d'alternative stable, sans hormones et hautement productive aux racines transformées pour la production in vitro durable de la saponine rare majonoside R2, particulièrement lorsqu'elle est améliorée par l'élicitation au MeJA.

HUYEN TRAN, THI QUY TRAN, HongIk Yoon, Hei Chan Lee2026-07-30

🧬 biology

Polarity-Registered Nuclear Mapping Reveals Discrete Topological Classes of Chromosome Organization

Cette étude introduit un système de coordonnées nucléaires à enregistrement de polarité qui normalise la géométrie nucléaire pour révéler des classes topologiques discrètes et reproductibles de l'organisation chromosomique dans les cellules souches mésenchymateuses humaines, démontrant que les contraintes mécaniques et de polarité dictent des comportements spatiaux asymétriques et spécifiques aux homologues.

Paolo Netti, Luca Messina, Carlo Natale2026-07-30

🧬 biology

BMP9 Promotes Hepatocellular Carcinoma Progression By Accelerating Cell Cycle through CKS1B Lactylation

Cette étude révèle qu'une expression élevée de BMP9 favorise la progression du carcinome hépatocellulaire en promouvant la lactylation de CKS1B-K4, ce qui renforce l'interaction de CKS1B avec CDK1–3 et facilite la dégradation de p27 pour accélérer la progression du cycle cellulaire.

Hong Tang, Han Chen, Jianhao li, Ying-Yi Li, Mingming Zhang, Jiayi Wang, Xia Zhu, Weixiu Li, Junpeng Zhou, Xiangnan Teng (…)2026-07-30

🧬 biology

FuncDECODE Resolves Cell-Type-Specific Functional Heterogeneity across Biological States and Spatial Contexts

FuncDECODE est un cadre computationnel qui exploite des références de cellule unique pour déconvoluer les données mixtes de transcriptomique globale et spatiale, permettant ainsi l'identification du remodelage des programmes fonctionnels spécifiques aux types cellulaires à travers divers états biologiques, contextes pathologiques et architectures tissulaires spatiales.

Yadong Wang, Renjie Liu, Tianyi Zhao2026-07-30

🧬 biology

Malaria parasites coordinate host cell remodeling through the AP2-HCR DNA-binding protein

Cette étude identifie PfAP2-HCR comme un facteur de transcription ApiAP2 essentiel chez *Plasmodium falciparum* qui orchestre le remodelage de la cellule hôte en régulant directement l'expression de protéines exportées clés, assurant ainsi la survie, le développement et la transmission du parasite à travers les stades sanguins asexués et sexués.

Arnab Pain, Amit Subudhi, Dhiviya Vedagiri, Sara Mfarrej, Reem Abu-Shamma, Rohit Satyam, Rahul Salunke, Di Liu, Maya Aya (…)2026-07-30