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🧬 biology

Rotation, rescaling, or replacement? Decomposing organ adaptation in single-cell transformer representations

En exploitant trois points de contrôle scGPT aux architectures identiques mais aux corpus de pré-entraînement différents, cette étude démontre que l'adaptation spécifique à un organe dans les transformers de cellules uniques est minimale et concentrée dans des couches d'attention spécifiques plutôt que dans des transformations géométriques globales, suggérant que les modèles entraînés sur moins de dix millions de cellules conservent largement leur bruit d'initialisation et que les points de contrôle généraux sont supérieurs pour extraire les algorithmes biologiques.

Liu Chen2026-08-06
🧬 biology

Spectral universality in single-cell foundation models: a low-dimensional shared core carries the biology

Malgré des différences architecturales et de paramètres significatives, les modèles de fondation en cellule unique partagent un noyau de faible dimension, robuste et biologiquement interprétable, qui surpasse leurs plongements complets individuels dans les tâches de recherche fonctionnelle, révélant que la majeure partie de leur capacité de représentation est privée et biologiquement inerte.

Liu Chen2026-08-06
🧬 biology

Where in the spectrum does biology live? A confound audit and a compaction law for gene embeddings of single-cell foundation models

Cet article révèle que les principaux axes spectraux des modèles de fondation pour cellules uniques sont principalement confondus par l'abondance de l'expression génique plutôt que par la signification biologique, démontrant que la suppression de ces axes améliore la performance de la recherche et établissant une loi de compaction dépendante du modèle qui guide la réduction de dimensionnalité optimale pour les tâches biologiques.

Liu Chen2026-08-06
🧬 biology

Does AI-predicted biochemical age predict death? A cross-validated re-examination in NHANES 1999–2018 with linked mortality follow-up

Cette étude démontre que, bien que les modèles d'apprentissage automatique complexes puissent prédire plus précisément l'âge chronologique à partir de la chimie du sang, leurs mesures d'« accélération de l'âge » qui en résultent sont moins efficaces pour prédire la mortalité que des modèles plus simples ou des biomarqueurs directement entraînés sur les issues de décès, révélant que la cible d'entraînement plutôt que la complexité du modèle ou les biomarqueurs est le facteur critique dans le développement de prédicteurs d'âge biologique utiles.

John Feng2026-08-06
🧬 biology

How Much of a Donor-Level Signal in Single-Cell Data Is Just Cell-Type Composition?

Cette étude démontre que dans les analyses de cellule unique au niveau du donneur, le contrôle de la composition des types cellulaires élimine souvent un signal négligeable car les profils d'expression conservent l'essentiel de l'information du trait même lorsque la composition est fixée, et que la force perçue de la composition en tant que facteur de confusion dépend fortement de la résolution de l'annotation des types cellulaires utilisée.

John Feng2026-08-06
🧬 biology

Spatial GNN Analyzer: An AI-Powered Graph Neural Network Framework for Spatial Transcriptomics Domain Analysis and Visualization

Cet article présente Spatial GNN Analyzer, un cadre alimenté par l'IA qui intègre les réseaux de neurones sur graphes aux données de transcriptomique spatiale pour permettre une identification robuste et biologiquement cohérente des domaines spatiaux ainsi qu'une visualisation interactive, démontrant une performance supérieure dans la préservation de l'architecture tissulaire par rapport aux méthodes non spatiales conventionnelles.

Subhasankar Khilar, Natarajan Elamathi2026-08-06
🧬 biology

Asymmetric responses of microbial community structure mediated by root exudates under grazing

Cette étude révèle que le pâturage altère les profils d'exsudats racinaires de *Stipa grandis* pour induire des réponses microbiennes asymétriques, où le pâturage à court terme favorise la croissance bactérienne via des lipides riches en énergie tandis que le pâturage à long terme soutient les associations fongiques grâce à des métabolites défensifs, avec des positions dans le réseau métabolique contraintes par des propriétés thermodynamiques chez les bactéries mais par la complexité structurelle moléculaire chez les champignons.

wei wen2026-08-06
🧬 biology

The Conservation-Tolerance Paradox: Solvent Exposure and Conformational Flexibility Predict False-Positive Deleteriousness Signals Across Ten Deep Mutational Scanning Datasets

Cette étude révèle que la conservation évolutive génère fréquemment des prédictions de délétériosité de faux positifs pour les mutations faux-sens, un mode de défaillance qui est prédit de manière forte et indépendante par une accessibilité au solvant élevée et une flexibilité conformationnelle à travers dix ensembles de données de balayage mutationnel profond.

Amir Mahdi Mahboubi2026-08-06
🧬 biology

Targeting cancer-intrinsic protein neddylation bypasses the loss of JAK/STAT signaling and overcomes acquired resistance to immunotherapy

Cette étude démontre que le ciblage de la nedylation d'une protéine intrinsèque au cancer permet de surmonter la résistance acquise à l'immunothérapie dans les tumeurs déficientes en JAK/STAT, en stabilisant la cGAS liée à la chromatine, rétablissant ainsi la signalisation inflammatoire et augmentant l'infiltration des cellules immunitaires pour sensibiliser les tumeurs au blocage de PD1.

Yumeng Mao, Marta Rubies Bedos, Yonglin Lu, Eirini Voutsinou, Irineos Papakyriacou, Liam Alford, Rebeca Parracho, Vaishn (…)2026-08-06