Suppressing Primer-Driven Nonspecific Amplification in LAMP Using TrueLAMP

La détection du matériel génétique des virus et des bactéries est une pierre angulaire de la médecine moderne, permettant aux médecins d'identifier les infections rapidement et avec précision. Une méthode puissante pour ce faire est l'amplification isotherme à médiation par boucle, ou LAMP. Contraciirement aux techniques plus anciennes qui nécessitent des machines complexes pour chauffer et refroidir les échantillons de manière répétée, la méthode LAMP fonctionne à une température unique et constante, ce qui permet de réaliser des tests dans des environnements simples avec un équipement de base. Le processus utilise de courts brins d'ADN, appelés amorces, pour trouver et copier une séquence génétique spécifique, transformant une infime quantité de matériel cible en une quantité massive qui peut être facilement vue. Cependant, cette rapidité et cette simplicité s'accompagnent d'un risque : les amorces peuvent parfois se fixer aux mauvais endroits ou s'agglutiner entre elles, créant des copies d'ADN même en l'absence de la cible virale ou bactérienne. Ces fausses alertes, connues sous le nom d'amplification non spécifique, peuvent conduire à des diagnostics erronés, compromettant la fiabilité du test.

Pour résoudre ce problème, des chercheurs ont développé une nouvelle formulation appelée TrueLAMP. Cette approche ajoute un inhibiteur spécifique au mélange LAMP standard, une substance conçue pour empêcher les amorces d'agir lorsqu'aucune cible n'est présente, tout en leur permettant de fonctionner parfaitement lorsque la cible est là. Dans leur étude, l'équipe a testé ce nouveau mélange de manière approfondie. Ils ont réalisé soixante-cinq tests où aucun matériel génétique n'a été ajouté, appelés contrôles sans matrice, et chacun d'entre eux est resté négatif. Ce résultat indique que l'inhibiteur a réussi à prévenir les fausses alertes qui affectent souvent la méthode standard. Lorsqu'ils ont testé le système en utilisant un modèle basé sur le virus SARS-CoV-2 et un ensemble spécifique d'amorces, TrueLAMP a été capable de détecter seulement 250 copies de la cible génétique dans une seule réaction, avec une probabilité de succès élevée.

Au-delà de la précision, la nouvelle méthode offre des avantages pratiques pour la lecture du test. Dans de nombreux tests rapides, le changement de couleur qui indique un résultat positif peut s'estomper ou se déplacer si l'observateur attend trop longtemps, nécessant une lecture précise et sensible au temps. Avec TrueLAMP, la couleur à la fin de la réaction reste stable pendant longtemps, offrant aux utilisateurs une fenêtre beaucoup plus large pour vérifier les résultats sans craindre de manquer le moment opportun. Les chercheurs ont également confirmé que le test n'a pas besoin d'instruments spécialisés et coûteux pour fonctionner. Ils ont réussi à mener les réactions en utilisant des outils de chauffage courants trouvés dans de nombreux endroits, y compris un four à convection de cuisine standard, un bain-marie simple et même une tasse intelligente à température contrôlée. Pour s'assurer que les conclusions n'étaient pas limitées à un seul laboratoire ou à un seul type de cible génétique, des équipes indépendantes dans deux autres laboratoires ont répété les tests en utilisant différentes séquences génétiques, incluant de l'ADN provenant d'autres sources. Ces évaluations externes ont confirmé que l'inhibiteur arrêtait systématiquement l'amplification non spécifique tout en permettant la détection des cibles prévues. Ensemble, ces résultats montrent que TrueLAMP offre un moyen simple de rendre les tests isothermes plus fiables, tout en gardant le flux de travail simple et en réduisant considérablement le risque de faux positifs.