Occurrence, incidence, and severity of Alternaria leaf spot of cotton (Gossypium hirsutum L.) in major cotton-growing districts of the Lake Zone, Tanzania

Le coton est souvent appelé « l'or blanc » car c'est la fibre qui habille une grande partie du monde et, en Tanzanie, il constitue une bouée de sauvetage pour des centaines de milliers de petits agriculteurs. Pour ces cultivateurs, la culture n'est pas seulement une marchandise, mais une source de revenus primaire et un pilier de l'économie locale. Cependant, comme beaucoup de cultures, le coton est vulnérable aux ennemis invisibles de la nature. L'un de ces ennemis est une maladie fongique connue sous le nom de tache foliaire d'Alternaria. Cette maladie ne s'attaque pas à la plante d'un seul coup ; au contraire, elle cible les feuilles plus anciennes, provoquant l'apparition de taches brunes et mortes qui présentent souvent des anneaux concentriques, semblables aux ondulations à la surface d'un étang. À mesure que ces taches grandissent, elles deviennent grises et se dessèchent, provoquant la chute prématurée des feuilles. Lorsqu'un cotonnier perd ses feuilles trop tôt, il ne peut pas produire suffisamment de nourriture pour soutenir ses capsules de coton, ce qui entraîne des récoltes plus faibles et une fibre de moindre qualité. Bien que les agriculteurs de la zone du lac en Tanzanie aient remarqué depuis longtemps l'apparition plus fréquente de cette maladie, ils manquaient d'une image claire et systématique de son étendue réelle ou de l'ampleur des dégâts dans leurs différentes régions.

Pour combler cette lacune, une équipe de chercheurs de l'Université de l'Agriculture de Sokoine et de l'Institut de Recherche Agricole de Tanzanie s'est donné pour mission de cartographier la maladie à travers les quatre principaux districts de culture du coton de la zone du lac : Bariadi, Bunda, Chato et Magu. Au cours de la saison de croissance 2024 et 2025, l'équipe a visité vingt champs de coton différents, sélectionnant cinq champs dans chaque district. Ils ont parcouru ces champs en suivant un chemin diagonal spécifique afin de garantir qu'ils examinent un mélange équitable de plantes provenant de tous les coins et du centre, en examinant un total de 1 000 plants de coton individuels. Leur objectif était simple mais critique : compter combien de plantes étaient malades, mesurer l'intensité de leur souffrance et confirmer que le champignon causant les problèmes était bien celui qu'ils soupçonnaient. Ils ont également prélevé des échantillons du champignon sur les feuilles pour les cultiver en laboratoire, vérifiant leurs caractéristiques physiques au microscope pour être certains de leur identité.

Les résultats de cette enquête ont révélé une réalité brutale : la maladie est partout. Dans chacun des vingt champs qu'ils ont visités, les chercheurs ont trouvé des signes de la tache foliaire d'Alternaria. Cela signifie que la maladie présente une présence de cent pour cent dans la région, affectant chaque ferme qu'ils ont contrôlée. Cependant, bien que la maladie soit partout, l'ampleur des dégâts qu'elle cause varie considérablement selon l'endroit où l'on se trouve. En moyenne, environ soixante-quatre pour cent des plantes de n'importe quel champ donné étaient infectées. Mais cette moyenne cache une large gamme de conditions. Dans le district de Bariadi, la maladie était la plus agressive, avec près de quatre-vingts pour cent des plantes présentant des signes d'infection. En revanche, le district de Magu présentait les niveaux les plus bas, avec environ cinquante-deux pour cent de plantes affectées. Les chercheurs ont constaté que la maladie n'était pas seulement présente, mais souvent sévère, avec des dommages globaux aux feuilles atteignant un niveau qui indique une menace modérée à sérieuse pour la santé de la culture.

Lorsque l'équipe a examiné de plus près la relation entre le nombre de plantes malades et la gravité de l'état de ces plantes, elle a découvert un schéma surprenant. À première vue, il semblait que les champs possédant plus de plantes infectées présentaient également des dommages plus importants. Mais lorsque les chercheurs ont séparé les plantes saines des plantes malades et n'ont examiné que les plantes déjà infectées, ce lien fort a disparu. Cela suggère que le principal moteur du problème dans ces champs n'est pas que la maladie devienne plus mortelle pour les plantes individuelles, mais plutôt que de plus en plus de plantes contractent la maladie en premier lieu. Le champignon se propage simplement à davantage d'hôtes, plutôt que de devenir plus agressif au sein des plantes qu'il a déjà infectées.

Pour confirmer le coupable, les chercheurs ont prélevé des échantillons des feuilles infectées et ont fait cultiver le champignon en laboratoire. Ils ont examiné les minuscules spores produites par le champignon au microscope, en observant leur forme, leur taille et le nombre de parois internes qu'elles contenaient. Chacun des quarante échantillons qu'ils ont testés correspondait à la description physique du genre Alternaria. Bien que l'espèce spécifique du champignon puisse varier, l'équipe a confirmé que toute la région est confrontée à ce type spécifique de pathogène fongique. La variation de la taille et de la forme des spores trouvées suggère qu'il peut y avoir un mélange de différentes souches du champignon circulant dans les champs, mais qu'elles appartiennent toutes à la même famille de fauteurs de troubles.

L'étude a également examiné les modèles météorologiques dans les différents districts pour voir s'ils pouvaient expliquer pourquoi certaines zones étaient plus durement touchées que d'autres. Les districts présentant les niveaux de maladie les plus élevés, Bariadi et Bunda, avaient tendance à avoir plus de précipitations et une humidité plus élevée pendant la saison de croissance par rapport à Chato et Magu. Cela concorde avec ce qui est connu sur la manière dont ce champignon se propage, car il prospère dans des conditions humides où l'humidité aide les spores à se poser sur les feuilles et à germer. Cependant, les chercheurs ont pris soin de noter que, bien que le temps humide ait probablement joué un rôle, ils n'ont pas prouvé de lien direct de cause à effet dans cette étude spécifique. D'autres facteurs, tels que la façon dont les agriculteurs gèrent leurs champs, s'ils pratiquent la rotation des cultures ou s'ils utilisent des semences issues des années précédentes, pourraient également aider le champignon à survivre et à se propager d'une saison à l'autre.

Ce travail fournit la première base systématique claire pour comprendre la tache foliaire d'Alternaria dans la région cotonnière la plus importante de Tanzanie. Il montre que la maladie n'est plus un événement rare mais une présence constante qui affecte chaque ferme. Les conclusions suggèrent que la gestion de cette menace nécessitera des stratégies différentes pour différents secteurs, car la pression exercée par la maladie n'est pas uniforme dans toute la zone du lac. Pour les agriculteurs et les responsables agricoles, le message est clair : la maladie est répandue et, bien qu'elle varie en intensité, elle pose un risque sérieux pour la récolte de coton. La voie à suivre consiste à surveiller de près la maladie, à comprendre les conditions locales et à utiliser un mélange de pratiques agricoles pour réduire la quantité de champignon dans les champs, afin de garantir que l'« or blanc » de la Tanzanie puisse continuer à soutenir les moyens de subsistance de ses populations.