Gut microbiota of insectivorous bats in Japan harbor Chlamydophila psittaci and Shiga toxin-producing Escherichia coli: host species and location shape community structure

Imaginez les chauves-souris comme de minuscules villes volantes. À l'intérieur de chaque ville (l'intestin de la chauve-souris), réside une population grouillante de résidents microscopiques appelés bactéries. Ces résidents ne se contentent pas de vivre là ; ils sont l'équipe de nettoyage, les travailleurs de l'énergie et les gardes de sécurité de la ville, travaillant tous ensemble pour maintenir la santé de la chauve-souris.

Ce document de recherche est comme un recensement détaillé et un contrôle de sécurité de trois différents « quartiers » de chauves-souris à Yamaguchi, au Japon. Les scientifiques voulaient savoir : Qui vit dans ces villes ? Le type de chauve-souris ou la grotte où elles vivent change-t-il la population ? Et, plus important encore, y a-t-il des « criminels » dangereux cachés dans la foule ?

Voici le compte rendu de leurs découvertes :

1. Les quartiers et les résidents

Les chercheurs ont étudié trois espèces différentes de chauves-souris insectivores :

• La chauve-souris à moustaches de l'Est (Miniopterus fuliginosus)
• La chauve-souris à longs doigts de l'Est (Myotis macrodactylus)
• La grande chauve-souris de fer (Rhinolophus ferrumequinum)

Ils ont collecté des échantillons provenant de trois lieux différents : deux tunnels et une grotte.

La vue d'ensemble :
Les « citoyens » bactériens dans ces intestins sont principalement composés de deux groupes majeurs (phyla) : les Pseudomonadota (environ 64 %) et les Bacillota (environ 22 %). Considérez cela comme les deux principaux partis politiques dirigeant la ville.

Le « Noyau Mondial » de dix :
Même s'il existe des centaines d'espèces bactériennes différentes, les chercheurs ont trouvé un « groupe central » de seulement 10 genres (un groupe de niveau de famille de bactéries) qui apparaissaient dans presque chaque chauve-souris, quels que soient l'espèce ou le lieu. Ces dix sont les VIP du monde intestinal des chauves-souris, constituant près de 75 % de la population totale. Ce sont les travailleurs fiables et quotidiens qui maintiennent le système en marche.

2. Ce qui façonne la ville ? (Hôte vs Lieu)

Les scientifiques se sont demandé : l'espèce de la chauve-souris importe-t-elle plus, ou est-ce la grotte où elle vit qui importe le plus ?

• La réponse : Les deux comptent, mais ils travaillent ensemble comme une recette et la cuisine.
• L'espèce de chauve-souris : Différentes espèces de chauves-souris ont légèrement différents « plans de ville ». Les bactéries dans une chauve-souris Miniopterus ressemblent à celles d'une chauve-souris Rhinolophus.
• Le lieu : L'endroit où vit la chauve-souris (le tunnel ou la grotte spécifique) modifie également le mélange bactérien.
• L'interaction : L'étude a révélé que l'effet de l'espèce de la chauve-souris change en réalité en fonction de l'endroit où elle se trouve. C'est comme si une recette spécifique pouvait avoir un goût différent selon la qualité de l'eau locale dans la cuisine.

Cependant, malgré ces différences sur qui vit là (les noms et les types de bactéries), les fonctions qu'elles remplissent restent étonnamment les mêmes. Qu'il s'agisse d'une chauve-souris dans un tunnel ou une grotte, les bactéries sont toutes occupées à faire le même travail métabolique : décomposer la nourriture et générer de l'énergie. Cela suggère que si le « personnel » peut changer, la « production de l'usine » reste constante.

3. Le contrôle de sécurité : Trouver les « criminels »

C'est la partie la plus critique de l'étude. Les chercheurs n'ont pas seulement compté les bactéries ; ils ont cherché des « affiches de recherche » spécifiques pour des agents pathogènes dangereux.

En utilisant une recherche moléculaire hautement sensible (comme un détecteur de métaux pour l'ADN), ils ont trouvé des preuves de trois fauteurs de troubles spécifiques dans les intestins des chauves-souris :

1. Chlamydophila psittaci : Il s'agit d'une découverte inédite chez les chauves-souris. Cette bactérie est connue pour causer la « psittacose » (fièvre des perroquets) chez les humains et les oiseaux, provoquant généralement des symptômes grippaux. La présence de son ADN chez les chauves-souris suggère que ces mammifères volants pourraient être un hôte nouveau, jusqu'alors inconnu, pour ce germe.
2. Bacillus cereus : Une bactérie connue pour causer des intoxications alimentaires.
3. Escherichia coli productrice de la toxine Shiga (STEC) : Une souche dangereuse d'E. coli qui peut provoquer des maladies graves chez l'homme.

Note importante : L'étude a trouvé l'ADN (le plan génétique) de ces bactéries, prouvant qu'elles étaient présentes. Cependant, ils n'ont pas cultivé de cultures vivantes de celles-ci en laboratoire, ils ont donc confirmé la présence des bactéries mais n'ont pas testé si elles étaient actuellement « actives » ou infectieuses.

4. Le réseau social

Les chercheurs ont également cartographié la façon dont ces bactéries interagissent entre elles, comme en dessinant une carte de qui parle à qui dans la ville.

• Certaines espèces de chauves-souris avaient des réseaux sociaux très complexes où les bactéries étaient étroitement connectées (comme une ville très animée avec beaucoup de trafic).
• D'autres avaient des réseaux plus simples.
• Curieusement, les « criminels » (les bactéries pathogènes) n'étaient connectés au réseau que dans certaines espèces de chauves-souris, ce qui suggère qu'ils pourraient être des visiteurs temporaires dans certaines et des résidents plus établis dans d'autres.

L'essentiel

Cette étude est comme un nouveau chapitre du « Guide de la Ville des Chauves-souris ». Elle nous dit que :

1. Les chauves-souris possèdent des villes bactériennes uniques, façonnées à la fois par ce qu'elles sont et par l'endroit où elles vivent.
2. Malgré les différences, les bactéries accomplissent toutes les tâches essentielles pour permettre à la chauve-souris de voler.
3. Il existe des dangers cachés : Pour la première fois, les scientifiques ont trouvé des preuves génétiques de Chlamydophila psittaci chez les chauves-souris, ainsi que d'autres agents pathogènes connus.

Les auteurs concluent que, puisque ces chauves-souris transportent ces bactéries, nous devons surveiller le lien entre la faune sauvage, les humains et les animaux (un concept appelé « One Health » ou « Une seule santé »). Le fait de trouver l'ADN ne signifie pas qu'une pandémie commence, mais cela signifie que nous devons garder nos « caméras de surveillance » braquées sur ces villes volantes pour comprendre comment les maladies peuvent passer d'une espèce à l'autre.