⚗️ biochemistry

Digging deeper into the immunopeptidome with TripleToolWF

यह शोध पत्र TripleToolWF को प्रस्तुत करता है, जो तीन खोज इंजनों (search engines) के आउटपुट को संयोजित करने वाला एक वर्कफ़्लो है ताकि उच्च-विश्वास वाले इम्यूनोपेप्टाइड्स (immunopeptides) की पहचान और मात्रा निर्धारण को महत्वपूर्ण रूप से बढ़ाया जा सके, जिससे बेहतर वैक्सीन उम्मीदवार प्राथमिकता निर्धारण के लिए इम्यूनोपेप्टिडोम का गहरा विश्लेषण सक्षम हो सके।

Mayer, R. L., Mechtler, K.2026-06-29
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Genetic Code Expansion for Site-Specific Encoding of a Switchable, Intrinsic Fluorophore-Quencher Pair to Monitor Protein Dynamics

यह शोध पत्र प्रोटीन में एक स्विच करने योग्य एक्रिडोनिलएलानिन-मिथाइलटेट्राज़िनिल फेनिलएलानिन फ्लोरोफोर-क्वेंचर जोड़े के साइट-विशिष्ट समावेश के लिए एक जेनेटिक कोड विस्तार रणनीति प्रस्तुत करता है, जो कैल्मोडुलिन, RecA और LexA जैसे प्रणालियों में प्रोटीन गतिकी की लेबल-मुक्त निगरानी और उच्च-थ्रूपुट ड्रग स्क्रीनिंग को सक्षम बनाता है।

Giri, P., Yarra, V., Mathis, M., Hurley, C., Jones, C., Eteme, O. N., Hostetler, Z., Cooley, R. B., Kohli, R., Mehl, R. (…)2026-06-29
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Quinone-transporting filaments extend the respiratory chain of Gram positive bacteria

यह अध्ययन प्रकट करता है कि *Bacillus subtilis* और अन्य ग्राम-पॉजिटिव बैक्टीरिया Ndh और Ncp प्रोटीनों को फॉस्फोलिपिड्स के साथ जोड़कर क्विनोन-परिवहन करने वाले तंतुओं (filaments) में व्यवस्थित करके श्वसन सतह-क्षेत्र की सीमाओं को दूर करते हैं, जो इलेक्ट्रॉन स्थानांतरण के लिए एक निरंतर हाइड्रोफोबिक मार्ग (conduit) बनाते हैं, जो ग्राम-नेगेटिव के झिल्ली विदरण (membrane invaginations) और यूकेरियोट्स के ऑर्गेनेल्स से भिन्न कोशिकीय जटिलता के लिए एक तीसरी विकासवादी रणनीति का प्रतिनिधित्व करता है।

Kropp, A., Asadollahi, K., Stapleton, J. A., Simsive, L., Leung, P. M., Darnell, R. L., Barlow, C., Hartmann, B. G., Yat (…)2026-06-27
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Divergent Inclusion Body Structures and Stabilities Emerge from Native Monomer Properties

यह अध्ययन प्रकट करता है कि *E. coli* समावेश निकायों (inclusion bodies) की संरचनात्मक विविधता और स्थिरता एकत्रित होने वाले प्रोटीनों के मूल गुणों द्वारा निर्धारित होती है, जो स्थिर गोलाकार प्रोटीनों में सुव्यवस्थित, मूल-समान संयोजनों से लेकर विकेंद्रित डोमेन में विषम, अनुक्रम-संचालित समुच्चय तक विस्तृत है जो आंशिक रूप से रोगजनक फाइब्रिल कोर को पुनरुत्पादित करते हैं।

Siebeneichler, B., Liu, X., Rodriguez Cruz, P. E., Naser, D., DelMistro, G., Steckner, J., Schaefer, A., Meiering, E. M.2026-06-26
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Hot Pursuit: Bioinformatic and Biochemical Characterization of a Hyperthermophilic Family B DNA Polymerase from Pyrolobus fumarii A1

यह अध्ययन *पायरोलोबस फ्यूमारी* (Pyrolobus fumarii) A1 से एक हाइपरथर्मोफिलिक फैमिली B डीएनए पॉलीमरेज़ का लक्षण वर्णन करता है, जो इसकी असाधारण तापीय स्थिरता, उच्च निष्ठा, व्यापक पीएच सहनशीलता और अवरोधक प्रतिरोध को प्रदर्शित करता है, जो सामूहिक रूप से आणविक जीव विज्ञान अनुप्रयोगों के लिए एक सुदृढ़ उपकरण के रूप में इसकी महत्वपूर्ण क्षमता को रेखांकित करते हैं।

Rusinek, W., Dorawa, S., Kaczorowski, T.2026-06-26
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Evolution of a core ribosomal innovation in octopus

यह अध्ययन प्रकट करता है कि ऑक्टोपस के अपने मुख्य राइबोसोमल आरएनए (rRNA) में एक अद्वितीय संरचनात्मक विच्छेद विकसित हुआ है, जो व्यापक आरएनए संपादन (RNA editing) के बीच प्रोटीओमिक स्थिरता बनाए रखने के लिए अनुवाद निष्ठा (translation fidelity) को बढ़ाता है, जिससे उनके जटिल तंत्रिका तंत्र के विकास को सहायता मिलती है।

Mitra, R., Han, R., Scott, T. J., Grearson, A. G., Willi, J. A., Liu, C. G., Kim, H., Jewett, M., Bellono, N. W., Lee, A (…)2026-06-26
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Regulating Light-Harvesting Protein Assembly through Engineered Trimers of Phycocyanin and Allophycocyanin

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि *Thermosynechococcus elongatus* फाइकोसायनिन और एलोफाइकोसायनिन में संरक्षित ग्लाइसिन अवशेषों पर संरचना-निर्देशित उत्परिवर्तन सफलतापूर्वक हेक्सामर निर्माण को रोककर स्थिर, सजातीय ट्रिमर उत्पन्न करते हैं, जो प्रकाश संश्लेषक ऊर्जा हस्तांतरण की जांच करने के लिए मजबूत मॉडल प्रदान करते हैं।

Adachi, M., Tsubouchi, M., Fujita, T., Shibazaki, C., Miyake, K., Itakura, R.2026-06-25
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A PLP-Dependent Decarboxylative Mannich Reaction Initiates Construction of the Nonpeptidic Scaffold of Kaitocephalin

यह अध्ययन KpbH को एक नवीन PLP-निर्भर एंजाइम के रूप में पहचानता है जो कवक न्यूरोएक्टिव प्राकृतिक उत्पाद काइटोसेफालिन (katocephalin) के अद्वितीय गैर-पेप्टाइडेिक C-C बॉन्ड स्कैफोल्ड के निर्माण के लिए एक L-एस्पार्टेट-निर्भर डिकार्बोक्सिलेटिव मैनिच अभिक्रिया को उत्प्रेरित करता है।

Noguchi, T., Maeno, Y., Shin-ya, K., Kuzuyama, T.2026-06-23
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Ant abaecin-2 is a context-dependent copper-binding effector that can be either inhibitory or protective

यह अध्ययन चींटी के मेजबान रक्षा पेप्टाइड एबेसिन-2 (abaecin-2) को एक संदर्भ-निर्भर, कॉपर-बाइंडिंग इफ़ेक्टर के रूप में अभिलक्षित करता है जो अंतर्निहित जीवाणुरोधी गतिविधि की कमी रखता है लेकिन अन्य पेप्टाइड्स के साथ मिलकर जीवाणु वृद्धि को रोकने या कॉपर-संवेदनशील सहजीवी को कॉपर विषाक्तता से बचाने के लिए तालमेल बिठा सकता है, जिससे एट्टिन चींटियों को हानिकारक और लाभकारी दोनों सूक्ष्मजीवों को विभेदित रूप से विनियमित करने में सक्षम बनाया जा सके।

Donaghy, C. M., Heyer-Gray, H., O'Hern, C., Ibrahim, M., Perez-Torres, B., Bogues, N., Alexandrescu, A., Djoko, K., Klas (…)2026-06-18
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Cryo-EM structure of human LRRC15 reveals the basis of therapeutic antibody recognition

यह अध्ययन मानव LRRC15 रिसेप्टर का सैमरोटामैब (samrotamab) चिकित्सीय एंटीबॉडी के साथ कॉम्प्लेक्स में पहला उच्च-रिज़ॉल्यूशन वाला क्रायो-ईएम (cryo-EM) संरचना प्रस्तुत करता है, जो एक अनूठे पार्श्व बाइंडिंग मोड (lateral binding mode) को प्रकट करता है जो रिसेप्टर की सिग्नलिंग सतह को सुरक्षित रखता है और पहले से अनछुए अवतल फलक (concave face) को लक्षित करने वाले नए मिनीबाइंडर्स के डिज़ाइन का मार्गदर्शन करता है।

Wang, X., Perera, M., Sana, M., Wang, C., Ang, C.-S., Venugopal, H., Pymm, P., Tham, W.-H., Babon, J. J., Leis, A., Grin (…)2026-06-18