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Is Protein Quantification and Physical Normalization Always Necessary in Proteomics?
本研究は、計算機による正規化を適用すれば、多くの定量プロテオミクス実験において、時間とコストを節約するためにタンパク質の定量および物理的正規化ステップを省略しても、測定変動が許容範囲内に収まることを示しています。
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285 件の論文
生命の仕組みを分子レベルで解き明かすのが生化学です。DNA やタンパク質といった目に見えない小さな分子が、どのように互いに働き合い、私たちが呼吸したり考えたりする生命活動を支えているのか。この分野は、そのような生命の根源的なメカニズムを研究する領域です。
Gist.Science では、生化学に関連する最新の論文を bioRxiv から収集し、専門家の目を通じて整理しています。掲載されている全てのプレプリントに対し、専門用語を噛み砕いた平易な要約と、技術的な詳細を網羅した解説の両方を提供し、誰でも最新の知見にアクセスできるようにしています。
以下に、生化学の分野で bioRxiv から公開された最新の論文リストを掲載します。
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Interactions between Submicron Carbon Particles, Escherichia coli and Humic acid with Plastic Surfaces
本論文は、サブマイクロメートル炭素粒子や大腸菌、フルボ酸の熱可塑性プラスチックへの吸着が、XDLVO 理論の予測とは異なり、粒子のサイズや表面電荷といった粒子固有の特性によって支配され、未使用のプラスチック表面自体は有機物に対して本質的に親和性が低いことを示している。
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PRMT1/Hmt1 drives α-synuclein aggregate dissolution through a catalysis-independent pathway
本論文は、アルギニン残基を持たないα-シヌクレイン凝集体の溶解と毒性低減において、メチル化酵素 PRMT1/Hmt1 が従来の触媒活性に依存しない非古典的な経路で機能し、酸化ストレス下で細胞質へ移行して凝集体を分解することを明らかにした。
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The structure and catalytic mechanism of new cellular and viral HDV ribozymes
本研究は、線虫とウイルス由来の新たなHDVリボザイムの結晶構造を解明し、C75 が一般酸として、金属イオンがルイス酸として働く独自の触媒機構を明らかにしたものである。
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Membrane Proteome Remodeling in Female APP Mice Following Muscarinic Acetylcholine Receptor M1 Modulation Revealed by Peptidisc Enabled DIA-MS.
本研究は、ペプチディスクを用いた DIA-MS 解析により、アルツハイマー病モデルマウスの膜タンパク質プロテオームが病態により著しく再編成されることを明らかにし、M1 受容体正のアロステリックモジュレーターが野生型ではなく病態に特異的に変化させた膜ネットワークを優先的に標的とする作用機序を解明したものである。
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Discovery of inhibitors of the Pseudomonas aeruginosa NADH:ubiquinone oxidoreductase (NQR) that hinder virulence factors
本研究は、Pseudomonas aeruginosa の NADH:ユビキノン酸化還元酵素（NQR）を新規抗菌標的として特定し、ハイスループットスクリーニングとクライオ電子顕微鏡解析を通じて阻害剤を発見・構造解明するとともに、これらの化合物が NQR 欠損株と同様に細菌の運動性やバイオフィルム形成といった病原性因子を阻害することを実証したものである。
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The pod components of the Shigella T3SS sorting platform accommodate multiple copies of Spa33 (SctQ)
本論文は、AlphaFold による予測と実験的検証を組み合わせ、Shigella 菌の T3SS ソーティングプラットフォームの「ポッド」構造において、アダプター蛋白 MxiK が 2 分子の Spa33 と結合し、さらに SPOA2 ホモダイマーと相互作用するモデルを提示するとともに、低温電子トモグラフィーの知見から、より多くの Spa33 分子を含む代替モデルの可能性を指摘したものである。
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A druggable redox switch on SHP1 controls macrophage inflammation
本研究は、深層酸化還元プロテオミクスを用いて免疫関連タンパク質の酸化還元調節システインを網羅的に同定し、マクロファージの炎症反応を制御する新規酸化還元スイッチ（SHP1 の Cys102）を特定して、これを標的とした高選択的共有結合アゴニスト SCA を開発し、マウスおよびヒトマクロファージにおける炎症性サイトカイン産生を抑制する戦略を確立したことを報告しています。
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Breaking Barriers: Transitioning from X-ray Crystallography to Cryo-EM for Structural Studies
本論文は、ATAD2B 複合体の構造解析において X 線結晶構造解析からクライオ電子顕微鏡へ移行する過程で直面した課題と、サンプル調製からデータ処理、モデル構築に至るまでの実践的なワークフローを詳述し、大分子複合体の構造生物学におけるクライオ EM 導入の指針を提供するものである。
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Flux organizations and control modes in antagonistically combined negative feedback loops
この論文は、拮抗する負のフィードバックループが制御変数レベルで結合された際に、相対的なセットポイントに応じて「委任制御」や「孤立制御」などの異なる調節モードや、環境変化に応じたセットポイントの可変性（レオスタシス）が現れることを示し、シベリアンハムスターの体重調節や血糖恒常性などの生物学的現象を説明する統合モデルを提案しています。