💻 バイオインフォマティクス
Parsimonious cell co-localization scoring for spatial transcriptomics
本論文は、空間トランスクリプトミクスにおいて、細胞種間の局所的な共局在を効率的かつ解釈可能に定量化する、グラフの枝刈りを用いた新しい多変量指標「Neighborhood Product Co-localization (NPC) score」を提案しています。
💻 Category
bioinformatics
1205 件の論文
バイオインフォマティクスは、膨大な生物学的データをコンピュータの力で解析し、生命の謎を解き明かす分野です。ゲノム情報やタンパク質の構造といった複雑なデータから、新たな発見を引き出すための重要な橋渡し役となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から公開される最新のプレプリントをすべて対象に、この分野の論文を網羅的に扱っています。専門的な詳細な要約に加え、難しい専門用語を避け、誰でも理解できる平易な日本語での解説も併せて提供しています。
以下に、bioRxiv から更新されたばかりのバイオインフォマティクスに関する最新論文の一覧を掲載します。
💻 バイオインフォマティクス
Enumerating the chemical exposome using in-silico transformation analysis : an example using insecticides
本論文は、機械学習と化学データリソースを活用した統合的なイン・シリコ・ワークフローを提示し、それによって数千もの潜在的な殺虫剤分解生成物を列挙および優先順位付けすることで、エクスポソームの既知の化学空間を拡張するものである。
💻 バイオインフォマティクス
Orchestrating Spatial Transcriptomics Analysis with Bioconductor
本論文は、Bioconductorを用いたRによる空間トランスクリプトミクスデータの解析のための再現可能なコード例、データセット、およびワークフローを提供するとともに、Pythonとの相互運用性もサポートする、自由にアクセス可能で継続的に更新されるオンラインブックを紹介するものである。
💻 バイオインフォマティクス
Exercise-conditioned tear fluid suppresses myopia progression
本研究は、中強度の有酸素運動後には、運動前とは異なり、採取された涙液がモルモットモデルにおける近視の進行を有意に抑制することを示しており、近視治療のための新たな運動介在性治療メカニズムを明らかにしている。
💻 バイオインフォマティクス
DEPower: approximate power analysis with DESeq2
本論文は、DESeq2モデルのフレームワークに基づき、バルクおよびシングルセルRNA-seq実験における最適なサンプルサイズを決定するための厳密かつ分析的なパワー解析を研究者が実行することを可能にする、ウェブベースのツールであるDEPowerを紹介するものである。
💻 バイオインフォマティクス
Proteins as Statistical Languages: Information-Theoretic Signatures of Proteomes Across the Tree of Life
本論文は、多様な生物種における固有の情報理論的記述量および圧縮率を定量化することにより、実在するタンパク質配列が、単純な組成モデルや一次マルコフモデルから予測されるものを大幅に上回る複雑な位置依存性と冗長性を備えていることを明らかにする、プロテオーム解析のための統計的言語フレームワークを提案するものである。
💻 バイオインフォマティクス
Scaling Variant-Aware Multiplex Primer Design
本論文は、堅牢なプライマー設計領域（Primer Design Region）の最適化のための準線形アルゴリズムと、熱力学的サブセット選択のための効率的なヒューリスティックを組み合わせた、変異を考慮したマルチプレックス・プライマー設計のためのスケーラブルかつ原理的なフレームワークである-PROを紹介するものであり、多様な病原体データセットに対してコンパクトで安定したPCRパネルを作成する上で既存のツールを凌駕している。
💻 バイオインフォマティクス
Prediction of protein-carbohydrate binding sites from protein primary sequence
本研究は、従来の配列特徴量と学習済みタンパク質言語モデルの埋め込みを組み合わせることで、一次配列から直接、残基レベルでのタンパク質-炭水化物結合部位を正確に予測する新しいアンサンブル機械学習モデルであるStackCBEmbedを導入するものである。
💻 バイオインフォマティクス
spammR: an R package designed for analysis and integration of spatial multi-omic measurements
本論文は、単一の組織検体内における質量分析由来の測定値に焦点を当て、多様な空間マルチオミクスデータのエンドツーエンドの解析と統合を容易にするために設計されたRパッケージであるspammRを紹介するものである。
💻 バイオインフォマティクス
Uncovering novel therapeutics for schizophrenia: a multitarget approach using the CANDO platform
本研究は、CANDOプラットフォームによるマルチターゲット創薬再開発アプローチが、化合物とプロテオームの相互作用シグネチャーを解析することにより、神経伝達物質系およびカルシウムシグナル伝達経路に関わる既知および潜在的な新メカニズムの両方を明らかにし、統合失調症に対する新規の治療候補を特定し検証することに成功したことを示している。