398 件の論文
ゲノミクスは、生命を構成する設計図である遺伝情報を解読し、その働きや多様性を理解するための重要な分野です。この領域では、DNA の配列から病気の原因を突き止める研究から、進化の歴史をたどる調査まで、多岐にわたる発見が生まれています。Gist.Science では、これらの最先端の知見を、専門用語に頼らず誰でも理解できる形でお届けします。
当サイトのゲノミクスカテゴリに掲載される論文はすべて、プレプリントサーバー bioRxiv から提供された最新のものであり、承認前の研究結果も含んでいます。Gist.Science は bioRxiv から届くすべての新規プレプリントを自動的に処理し、専門家が読める詳細な技術的要約と、一般の方も読める平易な解説の両方を生成して公開しています。
以下に、ゲノミクス分野における最新の論文リストを掲載します。
本研究では、多エンジン HiChIP 解析と AI ベースのフットプリンティングを統合したフレームワーク「SnakeHichipTF」を開発し、人間の脳領域（中前頭回と黒質）におけるエンハンサー - プロモーター結合の選択的形成を支配する転写因子ロジック、遺伝的リスク、および進化的調節要素の関係を解明しました。
本研究は、コスタリカの農家が維持する cacao のゲノム解析を通じて、既知の遺伝子群に加え、世界的な参照コレクションに未記録の独自の多様性やクリオロ系統を含む貴重な遺伝資源が農家管理システムに蓄積されていることを明らかにし、その保全と品種改良への重要性を強調しています。
本論文は、数百から数千の GWAS データセットにわたって遺伝子変異の共局所性を解析し、従来の手法よりも優れた性能を発揮する新しいベイズアルゴリズム「MystraColoc」を提案し、HDAC9-TWIST1 遺伝子座の具体例およびシミュレーション研究を通じてその有効性を示したものである。
このシステマティック・レビューは、過去 25 年間の 90 件の論文を分析し、都市化が淡水微生物叢の多様性を減少させ、プロテオバクテリアやシアノバクテリア、大腸菌などの特定細菌の増加や抗生物質耐性の拡大を招き、公衆衛生や生態系機能に深刻な影響を与えていることを明らかにしています。
完全な二倍体ヒトゲノムを用いた研究により、DNA メチル化がセントロメア内のCENP-A サブドメインの構造やサイズを調節し、その異常がセントロメアの可塑性や染色体不安定性に関与していることが明らかになりました。
本論文は、生物学的プロセス（遺伝子発現、経路、細胞レベルなど）を動的な過程としてモデル化する「BioWorldModel」という単一アーキテクチャを提案し、細菌、酵母、動物、植物の 4 つの界にわたる遺伝子型から表現型への予測精度を大幅に向上させたことを示しています。
本論文は、細胞性 IRES の研究において、後方スプライシング環状 RNA プラズミドや smFISH/qRT-PCR などの既存手法が偽陽性や誤同定を引き起こす欠陥を有していることを実証し、真の mRNA 5'末端を特定するための信頼性の高い手法を確立することを目的としている。
オックスフォード・ナノポア・テクノロジーズのシーケンシング技術を用いて作成されたハプロタイプ分解されたブルーthroat（Luscinia s. svecica）の染色体レベルゲノムアセンブリは、MHC 領域の複雑な構造とハプロタイプ間の大きな構造的差異を解明しました。
本論文は、BLAST 結果の解釈と高解像度のシントニー分析を統合した対話型ツール「Novabrowse」を開発し、その有効性をサンショウウオのゲノムにおける Foxp3、Aire、Rbl1 遺伝子の存在・欠失および染色体再編成の検証を通じて実証したものである。
本論文は、食品由来のサルモネラ菌の全ゲノム解析を通じて、臨床症例との関連性が高い系統を特定するゲノムマーカー（特に S. アゴナ血清型における 7kb のプロファージ領域）を同定し、従来の均一なリスク評価から、感染リスクを予測可能なゲノム情報に基づくリスク層別化へとパラダイムシフトを実現する枠組みを提案したものである。