🧬 biology
Influence of Inorganic Particle Incorporation on Biofilm Mechanical Stability
本研究は、無機粒子をバイオフィルムに組み込むことが、粒子とEPS（細胞外ポリマー）の相互作用を通じてその機械的強度と粘弾性的安定性を著しく向上させることを実証しており、従来の粒子を含まないバイオフィルムモデルが、現実世界の生物付着層の機械的レジリエンスを系統的に過小評価していることを明らかにしている。
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q-bio
3881 件の論文
🧬 biology
Beavers on the selection-drift seesaw: imprints of the past and present-day processes on the MHC genes variability in the Eurasian beaver
本研究は、ユーラシアビーバーのMHC遺伝子の多様性が、歴史的な正の選択および平衡選択によって形成され、20世紀の個体群ボトルネックによって著しく減少した後、現在の選択の証拠を示すことなく、近年の個体群拡大を通じて部分的にのみ回復したことを示している。
🧬 biology
Long-Term Seagrass Decline and Spatial Reorganization of Blue Crabs in the Indian River Lagoon
栄養塩の富栄養化や気候事象によって引き起こされたインディアン・リバー・ラグーンにおける長期的な海草の消失は、ブルークラブ（アオガニ）の個体数とサイズの著しい減少をもたらし、同時に個体群の南部ラグーンへの空間的な再編を誘発しており、これはブルークラブが連続した植生のある成育場に決定的に依存していることを浮き彫りにしている。
🧬 biology
Evaluating Computational Tools for CRISPR-Cas9 Design: A Case Study on the TP53 Gene
本研究は、TP53遺伝子を標的とした3つの普及しているCRISPR-Cas9 gRNA設計ツール（CHOPCHOP、Benchling、およびIDT）を評価し、独自のスコアリングアルゴリズムに起因する上位候補における重大な相違を明らかにしており、効果的な遺伝子ノックアウト設計のためのマルチプラットフォームによるクロスバリデーションの必要性を強調している。
🧬 biology
Proteomic profiling of formalin-fixed paraffin-embedded specimens reveals candidate intraoperative diagnostic biomarkers for Hirschsprung disease
本研究では、ホルマリン固定パラフィン包埋組織のプロテオミクス解析を用いることで、神経節領域に特異的に発現する4つの新規候補バイオマーカー（CTNNA2、EPDR1、NACAD、およびNCAM2）を同定し、これらがヒルシュスプルング病の術中診断における有望なツールとなることを示した。
🧬 biology
Somatic PIK3CA Mutation Status and Gene Expression in Cervical Cancer: A TCGA-CESC Reanalysis
このTCGA-CESCの再解析は、子宮頸がんにおける体細胞PIK3CA変異が、典型的なPI3K-AKTシグナル伝達経路ではなく、細胞外マトリックスおよび局所接着経路に富む広範な転写シグネチャーに関連していることを明らかにすると同時に、繊毛および鞭毛プロセスにおける未解決の濃縮を浮き彫りにしている。
🧬 biology
Context-aware LLM extraction and controlled-vocabulary normalization of GEO transcriptomic sample metadata
本論文は、非構造化されたGEOトランスクリプトミクス・メタデータを、組織、条件、および治療に関する構造化された制御語彙ラベルへと抽出・正規化する、ローカル展開可能な大規模言語モデルパイプラインを提示するものであり、高い精度を実現し、決定論的なマッチング手法を大幅に上回る性能を示している。
🧬 biology
Associations between bacteriome and chemical pollutants in indoor dust from Czech households
本研究は、チェコの88世帯から採取された室内塵を分析することで、*Methylobacterium-Methylorubrum*や*Sphingomonas*といった特定の細菌属と、PAHs（多環芳香族炭化水素）やPBDEs（ポリ臭素化ジフェニルエーテル）などの様々な化学汚染物質との間の有意な関連性を明らかにしており、因果関係を確立するためのさらなるメカニズム的研究が必要であるものの、生物学的汚染物質と化学的汚染物質の相互作用が室内の健康リスクを変化させる可能性を示唆している。
🧬 biology
Comprehensive Comparative Evaluation and Consensus Strategy for CRISPR/Cas9 gRNA Design Targeting the TaDREB1 Gene in Bread Wheat (Triticum aestivum)
本研究は、TaDREB1遺伝子を標的とした5つの予測ツールを比較することにより、極めて信頼性の高いガイド配列を特定し、現在のアルゴリズム出力における決定的な限界を浮き彫りにすることで、パンコムギにおけるCRISPR/Cas9 gRNA設計のための強固なコンセンサス戦略を確立するものである。
🧬 biology
A Computationally De-Risked CD47 Inhibitor for Glioblastoma
本研究は、計算科学主導の創薬パイプラインにより、従来の抗体療法の血液毒性および免疫原性を回避しつつ、膠芽腫の治療に対して高い潜在能力を持つ、強力かつ脱免疫化されたCD47阻害剤として、非Fc分泌型頭足類タンパク質AOA_UR2_F7P_M16Cを同定および設計したことを提示するものである。