🧬 biology
Provenance-aware observations of mitochondrial organization
本論文は、組織レベルにおける理論的に可能な生物学的実体の漸進的な減少を測定する定量的フレームワークである「armosis」を導入し、ヒトミトコンドリアゲノムのプロベナンス（由来）を考慮した知識グラフを用いたその適用例を示すことで、コドンから電子伝達系全体に至るまでの制約の増大を明らかにする。
🧬 Category
q-bio
1498 件の論文
🧬 biology
ResNet50 Features for Colon Histopathology: What Transfer Learning Actually Delivers
本論文は、結腸病理組織における凍結ResNet50特徴量の有効性を評価しており、転移学習がほぼ完璧な検出精度と生物学的に妥当なクラスタリングをもたらす一方で、潜在的なデータ漏洩やバイアスに対処するための染色正規化、外部検証、および説明可能性に対する極めて重要な必要性を排除するものではないことを明らかにしている。
🧬 biology
Epigenetic Age Estimates in Blood Shift by Decades with Cell Population: A Within-Donor Variance Partition Across Two Platforms and Two Study Designs
本研究は、血液におけるエピジェネティック年齢の推定値が、解析される特定の細胞集団によって数十年の差が生じることを示しており、この差異は生物学的シグナルを支配し、研究間の比較を混乱させるほど十分に大きく、それゆえに細胞組成が標準化された報告を必要とする極めて重要な手法上の変数であることを確立している。
🧬 biology
Water-Mediated Mechanical Coupling Governs T-Cell Discrimination in HLA-B*35
本研究は、HLA-B*35におけるArg156多型が、静的な結合親和性によるのではなく、ペプチドの柔軟性を抑制し、T細胞受容体のトリガー形成に必要なエントロピー損失を低減させる、構造化された水媒介性静電ネットワークを組織化することによって、T細胞による識別を可能にしていることを明らかにしている。
🧬 biology
AI Driven Analysis of Canola Rhizosphere Microbiome: Diversity, Core Microbiome, and Machine Learning Classification
本研究は、8,701個のサンプルを用いた16S rRNAシーケンシングによりキャノーラ根圏マイクロバイオームを解析して多様性を特徴付け、コアマイクロバイオームを特定し、最終的にASV特徴量に基づく高精度なランダムフォレスト分類器を開発することで植物の健康状態を予測するものである。
🧬 biology
Reorganization of lateral orbitofrontal neuronal ensembles underlies pain-related impairment of delayed gratification
本研究は、慢性的な炎症性疼痛が、単に細胞の全体的な活動を低下させるのではなく、外側眼窩前頭皮質ニューロンの機能的アンサンブルを再編成することによって、ラットにおける報酬の遅延充足を損ない、それによって時間と報酬の連合に関する集団コーディングを崩壊させることを示している。
🧬 biology
Identification and analysis of immune-related risk genes associated with sepsis through RNA sequencing and single-cell localization techniques
本研究は、RNAシーケンシング、バイオインフォマティクス、メタ解析、および実験的検証を統合することにより、S100A8、S100A9、およびS100A12が敗血症患者において有意に発現上昇している免疫関連リスク遺伝子であることを特定および検証し、それらがマクロファージにおいて優位に発現していること、およびPI3K-Aktシグナル伝達経路への関与の可能性を示すものである。
🧬 biology
Quantum Valence Constants and Structural Stability in DNA: The 10-5-6-5 Numerical Isomorphism as a Biological Ledger
本論文は、原子価結合定数および量子軌道解析から導出された特定の数値列（10-5-6-5）が、DNAの熱力学的安定性と構造的完全性に不可欠な神聖なる数学的定数を表していると主張する、「定量的生物神学（Quantitative Biotheology）」と呼ばれる理論的枠組みを提案するものである。
🧬 biology
Phylogenomic and multi-omics analysis of Agarivorans sp. D1326 uncovers an agarolytic pathway involving rare GH118 β‑agarase
本研究は、希少なGH118 β-アガラーゼによって駆動されるアガロ分解ネットワークと、効率的なアガロ分解のための協調的な細胞外および細胞内酵素経路を解明するために、系統ゲノミクスおよびマルチオミクス解析を通じて海洋細菌*Agarivorans* sp. D1326を特性評価するものである。
🧬 biology
Bloominess defines an ecological axis of sporadic dominance that shapes antimicrobial resistance dynamics in the microbiome
本研究は、微生物叢における散発的な優占性を定量化する新たな指標である「ブルーミネス（bloominess）」を導入することで、分類群の生態学的行動、具体的には時折極端な増殖を示す傾向が、単なる遺伝子含有量を超えて薬剤耐性ダイナミクスを形成する決定的な要因であることを実証する。