GWIscan: an automated pipeline for genome-wide identification and in silico characterization of gene families
GWIscanは、BLAST、プロファイルHMM、およびInterPro解析を統合して遺伝子ファミリーを包括的に同定・特性化する自動化された多種解析パイプラインであり、追加の高信頼性メンバーを回収し既知のインベントリを再現することで、単一手法のアプローチを凌駕するものである。
6299 件の論文
GWIscanは、BLAST、プロファイルHMM、およびInterPro解析を統合して遺伝子ファミリーを包括的に同定・特性化する自動化された多種解析パイプラインであり、追加の高信頼性メンバーを回収し既知のインベントリを再現することで、単一手法のアプローチを凌駕するものである。
著者らは、インターアクトーム規模でタンパク質相互作用界面をクラスタリングするための極めて効率的な手法であるFoldseek-Interfaceを紹介しており、これは、これまで特性評価されていなかった膨大な結合モードの多様性を明らかにし、界面の進化や病原体の擬態を探索するための自由にアクセス可能なリソースを提供するものである。
本研究は、マレマーナ種牛が産後の熱曝露に対して分娩間隔に関する有意な遺伝子型×環境相互作用を示すことを実証しており、生殖における堅牢性の遺伝的変異を明らかにするとともに、基礎的な繁殖力と熱感受性の両方に関連する特定のゲノム領域を特定している。
本研究は、フローサイトメトリーを用いて8種の*Stemodia*属におけるゲノムサイズの変異を特性化し、核DNA量、倍数性レベル、形態的形質、および環境勾配との間の有意な相関関係を明らかにするとともに、*S. ericifolia*を*Chodaphyton ericifolium*として再検討することを支持する細胞遺伝学的証拠を提供するものである。
本研究は、インドのゴア州の鉱山から分離された2種類のヒ素耐性細菌、*Staphylococcus kloosii* (My2) および *Bacillus albus* (My6) を特性評価し、それらの生理学的適応能、ヒ素ストレス下における特定の増殖速度論、およびバイオレメディエーションへの応用の可能性を明らかにしている。
本研究は、単一の臨床検体から受容体結合ペプチドを単離することで、腫瘍特異的抗原を受動的なHLAリガンドから区別し、HLA-IとHLA-IIの提示における異なる調節メカニズムを明らかにし、腎細胞癌における免疫療法のための高優先度ターゲットを特定する、機能的免疫ペプチドミクスプラットフォームを導入するものである。
本論文は、存在のみの監視データからチクングニア熱のリスクを予測するにあたり、ラベルバイアスと空間的独立性の仮定を克服するために、適応的空間正則化と異常補正をXGBoostに統合した新しいフレームワークであるASR-XGBoostを提案するものである。
本研究は、低カバレッジのターゲットキャプチャシーケンシングを500個体のリファレンスパネルを用いたインピュテーションおよび最適化されたデプスフィルタリングと組み合わせることで、牛の育種における従来のSNPチップジェノタイピングに代わる、費用対効果が高く柔軟で極めて正確な手法となることを実証している。
マウスのTNBCモデルを用いたこのステージ解析トランスクリプトーム研究は、腫瘍細胞の接種後数日以内に広範な分子変化が生じること、それらが中間成長段階間の極めて重要な転換によって駆動されること、そしてそれらが培養がん細胞には存在しない腫瘍微小環境プログラムを主に反映していることを明らかにしている。
本研究は、ブタを用いた乾燥骨スコアリング法は、環境および種特異的な顕著な相違により、南アフリカにおけるヒトの埋葬タフォノミーには不適切であることを示しており、ヒトの骨格遺骸を正確に解釈するための修正された基準の開発を必要としている。