282 papers
Biochemie vormt de brug tussen de biologie en de chemie, waarbij we kijken naar de moleculaire processen die leven mogelijk maken. Op deze pagina verkennen we de nieuwste inzichten in hoe cellen functioneren, hoe enzymen werken en welke chemische reacties ons DNA sturen. Het is een fascinerend veld dat vaak complexe concepten omvat, maar die we hier proberen toegankelijk te maken voor iedereen.
Elk nieuw preprint dat op bioRxiv verschijnt binnen dit onderwerp, wordt direct verwerkt door Gist.Science. Wij bieden voor elk artikel zowel een duidelijke samenvatting in gewone taal als een gedetailleerde technische analyse, zodat u snel de kern begrijpt zonder vast te lopen in vakjargon. Hieronder vindt u de meest recente publicaties in biochemie, direct vanuit de bron.
Deze studie onthult dat de beperkte genoombewerkingsactiviteit van TnpB voortkomt uit inefficiënte DNA-ontwinding naar een stabiele open toestand, en demonstreert dat een geoptimaliseerde variant (Ymu1-WFR) zowel in vitro klieving als genoombewerking in planten verbetert door specifieke ontwindingsintermediairen te stabiliseren.
Deze studie toont aan dat de moleculaire lijm-degrader EM12-FS cereblon (CRBN) covalent herstructureert bij His353 om een nieuwe, niet-canonieke interface te creëren die de selectieve rekrutering en degradatie van het neosubstraat NTAQ1 mogelijk maakt, waardoor de reikwijdte van induced-proximity farmacologie wordt uitgebreid door middel van site-specifieke synthetische modificatie.
Deze studie onthult de structurele basis voor het vermogen van rifamycine B om rifampicine-resistent RNA-polymerase te remmen, waarbij wordt aangetoond dat de unieke C-4 O-carboxymethylgroep een stabiliserende zoutbrug vormt met het enzym die veelvoorkomende resistentiemutaties omzeilt, waardoor een nieuw doelwit voor rationeel antibioticadesign wordt geïdentificeerd.
Dit artikel maakt gebruik van het murburn-raamwerk en kwantitatieve modellering om aan te tonen dat gehydrateerde extracellulaire polymere fasen, variërend van biofilms tot geboorte, functioneren als evolutionair geconserveerde, fasegescheiden matrices die stochastische diffuse reactieve soorten reguleren om zuurstofbenutting mogelijk te maken terwijl biologische coherentie wordt behouden en complexe levensprocessen worden gefaciliteerd.
Deze studie toont aan dat de Arg306- en Ser308-residuen binnen het geconserveerde RSSY-motief van lipoyl synthase cruciaal zijn voor substraatbinding en katalytische reactiviteit, waarbij de S308C-mutatie specifiek het lot van de hulpcluster verandert door een hoog-spin monothiolat-intermediair en een onverzadigd bijproduct te produceren in plaats van de normale lipoyl-cofactor.
Deze studie presenteert de eerste end-to-end hybride kwantum-klassieke pijplijn die latente vectoren van een fotonische kwantumprocessor benut als gestructureerde priors voor een generative adversarial network, waarmee het de novo ontwerp van MHC-bindende peptiden succesvol heeft verbeterd met een hogere opbrengst en bredere sequentie-exploratie, met name voor onderbelichte allelen, zoals gevalideerd door zowel in silico voorspellingen als in vitro experimenten.
Deze studie verduidelijkt de structurele en mechanistische basis van asymmetrische herkenning en koppeling van transposon-uiteinden door de I-F3 CRISPR-geassocieerde transposase via cryo-EM-analyse, wat een nieuw eiwit-eiwitinterface onthult die essentieel is voor hoogwaardige transpositie en inzichten biedt voor het ontwerpen van gentherapie-instrumenten.
Dit artikel introduceert een nieuwe methode die Deep Visual Proteomics combineert met een aangepaste extractiewerkstroom die genomisch DNA uit de doorloop en peptiden uit de tip vastlegt, wat celtype-opgeloste ruimtelijke proteogenomische analyse van gematchte genoom- en proteoomdata van archief FFPE-weefsel mogelijk maakt.
Deze studie presenteert een nieuw, kosteneffectief platform genaamd Coated Bacterial Enzymes (CBEs) dat eenstapszuivering en immobilisatie van recombinante enzymen bereikt via SlpA-domeinfusie, wat resulteert in een biokatalysator met verbeterde stabiliteit, een bredere pH-tolerantie en verbeterde kationresistentie vergeleken met vrije enzymen.
Deze studie onthult dat Cathepsine C het lysosomale schade-agente LLOMe omzet in amyloïde fibrillen en, bij membraanruptuur, zijn endogene dipeptidyl-ligaseactiviteit gebruikt om de eerste volledig endogene, niet-geëngineerde proximity labeling binnen het lysosoom uit te voeren, waardoor nieuwe mechanismen van lysosomale perturbatie en een nieuw instrument voor het bestuderen van lysosomale biologie worden ontdekt.