Hawaiian Geothermal Fumaroles Contain Diverse and Novel Viruses
这项研究首次通过宏基因组学系统调查了夏威夷基拉韦厄火山地热喷气孔中的病毒群落，揭示了其中存在高度多样且新颖的病毒（包括两个新目级分类群和首个以微小噬菌体为主的地热环境），并发现其生态模式偏离了传统的“病毒库”模型，表明病毒在驱动微生物适应极端环境及生物膜间传播中发挥关键作用。
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microbiology
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Intragenic Transcription from Defective HIV Proviruses Triggers Interferon Responses in Myeloid Cells
该研究发现，缺陷型 HIV 前病毒通过其包膜基因（env）内的异常转录激活 MDA5-MAVS 依赖的细胞质先天免疫通路，从而在髓系细胞中触发 I 型干扰素反应并导致 HIV 感染者体内的慢性炎症。
Orchestration of Staphylococcus aureus EV biogenesis by nutrient availability through quorum sensing
该研究利用高通量转座子突变库筛选，揭示了金黄色葡萄球菌中营养状况通过群体感应系统（agr）调控细胞外囊泡生物合成及释放的机制。
Soil bacterium Massilia secretes metabolites that promote Leptospira growth
本研究揭示土壤细菌 Massilia 分泌的支链氨基酸代谢中间产物（特别是 4MOP）可被致病性钩端螺旋体摄取并转化为乙酰辅酶 A，从而促进其生长，阐明了环境微生物通过代谢互作支持钩端螺旋体生存的新机制。
Understanding the impact of sodium sulfide on the invasive growth of wine yeast
这项探索性研究揭示了硫化钠在氮限制条件下可增强酿酒酵母 AWRI 796 的侵袭性生长，且该表型受基因型、预培养条件及洗板时间等环境因素的显著影响，为理解酵母侵袭行为的决定因素提供了框架。
Metagenomic Evidence for Horizontal Gene Transfer and Functional Convergence in the Oral Microbiome of Cohabiting Dogs and Owners
该研究通过宏基因组测序证实，在中国共同生活的犬只与主人之间，口腔微生物群不仅表现出显著的基因水平相似性，还通过水平基因转移机制导致了抗生素耐药基因（特别是针对肽类、氟喹诺酮类等）的富集及代谢功能趋同，揭示了宠物共居对人口腔微生物遗传与功能重塑的潜在健康风险。
Pathogen priming reveals host immune training and microbiome conditioning in corals
该研究首次证明，通过非致死性浓度的病原体（如维氏弧菌）慢性暴露对珊瑚进行免疫“预激”，能够诱导其微生物组驯化与宿主基因表达调控，从而在热胁迫下显著增强珊瑚抵御病原体感染及白化的能力，为应对气候变化的珊瑚保护提供了基于微生物组的新策略。
A novel Flavobacterium quisquiliarum porphyrin binding protein independently disrupts Pseudomonas aeruginosa biofilms
该研究鉴定出一种源自*Flavobacterium quisquiliarum*的新型卟啉结合蛋白（FqPBP），其能通过高亲和力结合卟啉并干扰铁稳态，独立抑制并分散*Pseudomonas aeruginosa*生物膜，为针对铁获取途径的抗菌策略提供了新方向。
D-gluconate drives Salmonella growth during acute and chronic infection
该研究揭示了 D-葡萄糖酸（D-gluconate）是沙门氏菌在肠道炎症环境下利用宿主氧化产生的糖酸作为关键碳源，从而驱动其在急性及慢性感染中定植与持续存活的主要代谢底物。
Discovery of resistance-resilient quinoline papain-like protease inhibitors through topology-constrained molecular generative design
该研究利用拓扑约束分子生成模型（Tree-Invent）结合结构导向优化，成功发现了一种具有优异抗耐药性、广谱抗病毒活性及良好药代动力学特征的喹啉类木瓜蛋白酶抑制剂 GZNL-2016，为应对耐药性 SARS-CoV-2 变异株提供了有前景的先导化合物。
Expanding vaginal microbiome pangenomes via a custom MIDAS database reveals Lactobacillus crispatus accessory genes associated with cervical dysplasia
该研究通过构建基于阴道微生物组基因组集合（VMGC）的定制 MIDAS 数据库，扩展了阴道菌种的泛基因组，并成功鉴定出与宫颈发育异常显著相关的 13 个乳酸杆菌（Lactobacillus crispatus）附属基因，凸显了利用位点特异性参考资源解析生殖健康中种内微生物变异的重要性。
Bovine H5N1 influenza viruses have adapted to more efficiently use receptors abundant in cattle
该研究揭示，2024 年美国奶牛中流行的 B3.13 基因型 H5N1 流感病毒通过 HA 蛋白 D104G 和 V147M 突变，获得了高效识别牛乳腺中特有的 NeuGc 受体的能力，从而增强了在牛群中的适应性，同时未显著降低其在人类细胞中的复制能力。
Novel African Rhinolophus bat ACE2 sequences reveal the determinants of Afro-Eurasian sarbecovirus entry
该研究通过克隆和测序赞比亚五种菊头蝠的 ACE2 基因，揭示了非洲菊头蝠 ACE2 序列的多态性及其关键残基（如 31 和 41 位）对非洲 - 欧亚系 Sarbecovirus 病毒进入宿主细胞的决定性作用，并发现部分病毒仅能利用特定蝙蝠（如 R. blasii）的 ACE2 受体。
Methanol-specific methyltransferase isozymes have large carbon kinetic isotope effects that impact methane isotopic signatures
该研究通过培养实验与逆建模分析，确定了甲醇特异性甲基转移酶复合物（MTA）具有极大的碳和氢动力学同位素效应，揭示了这是甲醇营养型产甲烷产生独特同位素特征的根本生化原因，并证实该效应不受 MTA 同工酶类型影响且在环境条件下依然显著。
Atlas of HIV cis-regulatory elements reveals extensive transcriptional variation across clades, isolates, and within individuals
该研究通过结合大规模并行报告基因检测、比较序列分析与预测建模，构建了 HIV 顺式调控元件图谱，揭示了病毒遗传多样性如何驱动LTR及基因内调控元件在跨毒株、个体及感染过程中的广泛转录变异，并建立了基于序列的转录活性预测模型。
Similarities Between Antibiotic-Resistant Escherichia coli from Raw Meat, Commercial Raw Dog Food and Those Causing Extraintestinal Human Infections: A Contemporaneous Geographically Focussed Genomic Epidemiology Study
这项基于英国布里斯托尔同期地理聚焦的基因组流行病学研究证实，生肉和商业生食狗粮中的抗生素耐药大肠杆菌与引起人类泌尿道及血流感染的菌株存在密切的进化联系，部分菌株甚至显示出近期共享的特征，从而支持加强对生食狗粮的微生物标准监管及风险沟通。
A conserved in-frame stop codon acts as a multipotent defense mechanism in alphaviruses
该研究发现，甲病毒中保守的框内终止密码子通过促进病毒复制、维持复制球完整性并抑制宿主 RNAi 及先天免疫反应，在昆虫和脊椎动物宿主中发挥了一种多功能的免疫逃逸防御机制。
Strain-Specific Epistasis Shapes Fitness Landscapes of APOBEC3G Antagonism By HIV-1 Vif Proteins
该研究利用深度突变扫描技术，揭示了 HIV-1 Vif 蛋白在拮抗宿主 APOBEC3G 过程中，其适应性进化受到菌株特异性上位效应和时序上位效应的共同塑造，从而在结构稳健性与进化约束之间形成了复杂的平衡。
Genomic Insights into a Multispecies Bacterial Pathogen Complex Driving Bacterial Blotch in White Button Mushrooms.
这项研究通过基因组解析的多相方法，揭示了导致白蘑菇细菌性褐斑病的病原并非单一菌种，而是一个包含多种假单胞菌（特别是新发现的高频致病菌*P. azotoformans*）的复杂群落，从而颠覆了传统认知并为改进诊断策略和保障产业可持续性提供了关键依据。
The tobacco hornworm as a novel host for the study of bacterial virulence
该研究评估了烟草天蛾（*Manduca sexta*）作为细菌毒力研究新模型的有效性，证实了其对铜绿假单胞菌感染表现出剂量依赖性反应、分泌产物致病性及抗生素治疗潜力，且相比常见的蜡螟幼虫具有更高的感染动态分析灵敏度。