Who Funds Open Data Sharing? Analysis of data availability statements in biomedical publications
Cette étude analyse plus de 780 000 articles biomédicaux pour révéler des disparités significatives dans la conformité du partage de données ouvertes entre les organismes de financement et les revues, trouvant un taux global de 8,7 % qui grimpe à 24 % pour les principaux financeurs et jusqu'à 92,9 % pour les meilleures revues, tout en soulignant que les méthodes de détection basées sur le PDF identifient 52 % de déclarations de partage en plus que les approches uniquement basées sur le XML.
Article original placé dans le domaine public sous CC0 1.0 (https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/). Ceci est une explication générée par l'IA d'un preprint qui n'a pas été évalué par des pairs. Ce n'est pas un avis médical. Ne prenez pas de décisions de santé basées sur ce contenu. Lire la clause de non-responsabilité complète
Imaginez le monde de la science comme une immense bibliothèque animée où des chercheurs écrivent constamment de nouveaux livres sur le fonctionnement de notre corps, la propagation des maladies et la manière de les guérir. Pendant longtemps, ces livres ont été écrits d'une manière qui gardait les « ingrédients secrets » cachés. Si un scientifique écrivait : « Nous avons trouvé un remède grâce à un mélange spécial », il ne vous disait souvent pas quel était ce mélange ni comment le fabriquer. Cela rendait difficile pour d'autres scientifiques de vérifier son travail ou de s'appuyer dessus. Pour corriger cela, un mouvement appelé « Science Ouverte » a commencé, défendant un ensemble de règles appelées principes FAIR. Voyez FAIR comme une promesse que toutes les données derrière une découverte doivent être Findable (trouvables), Accessible (accessibles), Interopérable (faciles à mélanger avec d'autres données) et Reusable (réutilisables). L'idée est simple : si vous partagez vos ingrédients bruts, tout le monde peut goûter le plat, vérifier la recette et peut-être même en inventer une meilleure. Mais voici la grande question : les scientifiques tiennent-ils réellement leur promesse ? Partagent-ils vraiment leurs données, ou disent-ils seulement qu'ils le feront ?
Ce document est comme une agence de détectives de haute technologie qui s'est lancée dans une mission pour découvrir exactement combien de scientifiques partagent réellement leurs données. Les auteurs, une équipe de détectives de données, ne se sont pas contentés de demander aux chercheurs de lever la main ; ils ont scanné près d'un million d'articles scientifiques publiés entre janvier 2024 et juin 2025. Ils ont utilisé une stratégie intelligente en deux parties pour découvrir la vérité. Premièrement, ils ont examiné les versions numériques « PDF » des articles, qui sont comme les livres finaux et polis que l'on voit sur une étagère. Deuxièmement, ils ont examiné les versions « XML », qui sont comme les brouillons bruts et non formatés utilisés par les ordinateurs. Ils ont découvert que les brouillons bruts omettaient souvent des notes importantes sur le partage des données qui étaient nichées dans les versions finales polies. En utilisant un programme informatique intelligent pour lire les PDF, ils ont pu repérer des promesses de partage de données que l'autre méthode avait manquées.
Alors, qu'ont-ils trouvé ? La nouvelle est un peu mitigée. Globalement, seulement environ 8,7 % des articles qu'ils ont examinés contenaient une déclaration claire disant : « Oui, nos données sont ouvertes et prêtes pour votre utilisation ». C'est un chiffre assez bas, suggérant que pour la plupart des scientifiques, la promesse de données ouvertes n'est encore qu'une promesse. Cependant, l'histoire devient beaucoup plus intéressante quand on regarde qui finance la recherche et où elle est publiée. Les auteurs ont constaté que le taux de partage varie considérablement selon le « patron » derrière le projet.
Certains grands financeurs, comme l'agence de recherche française ou la Fondation nationale suisse de la recherche, ont vu les taux de partage bondir à environ 22–24 %. Mieux encore, certaines revues spécifiques (les endroits où les articles sont publiés) mènent la charge. Les revues axées sur la génétique et les neurosciences, comme Nature Genetics, ont montré que jusqu'à 92,9 % de leurs articles partageaient des données. C'est comme une école où certains professeurs sont stricts sur les devoirs et toute la classe obtient des A, tandis que d'autres professeurs sont plus décontractés et la moyenne de la classe est bien plus basse. Le document suggère que lorsque les règles sont claires et appliquées, les scientifiques partagent. Mais il souligne également que nous ne pouvons pas affirmer avec certitude que les règles ont causé le partage ; peut-être que les scientifiques qui aiment partager choisissent simplement de travailler avec ces financeurs et ces revues spécifiques en premier lieu.
Les chercheurs ont également découvert que regarder les versions « brouillon » des articles (XML) revenait à essayer de lire un livre auquel il manquerait la moitié des pages. Leur méthode basée sur les PDF a trouvé environ 52 % de déclarations de partage de données en plus que la méthode XML seule. Cela signifie que pendant longtemps, nous avons pu sous-estimer la quantité de données réellement partagées, simplement parce que nous regardions la mauvaise version du texte.
En fin de compte, le document ne déclare pas une victoire totale de la science ouverte, et ne dit pas non plus que nous avons totalement échoué. Au lieu de cela, il fournit une carte claire et honnête du paysage. Il nous montre que, bien que le taux global de partage soit encore loin d'être parfait, il existe des points lumineux où cela fonctionne extrêmement bien. Les auteurs ont construit un tableau de bord public, comme un tableau de bord en direct, où chacun peut vérifier quels financeurs et quelles revues font le meilleur travail. Leur travail suggère que si nous voulons voir plus de partage, nous devons regarder ce que ces groupes les plus performants font de bien et peut-être essayer de copier leur mode d'emploi. Le voyage vers une bibliothèque de science totalement ouverte est toujours en cours, mais maintenant nous avons une bien meilleure idée de là où les portes sont ouvertes et de là où elles sont encore verrouillées.
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