One Breed, Different Gene Pools? Country-Associated Genomic Structure Across Pedigree Cat Breeds

Les chats domestiques sont une étude de l'intention humaine. Depuis des siècles, les humains ont façonné ces animaux pour en faire des races distinctes, sélectionnant des apparences et des tempéraments spécifiques jusqu'à ce qu'un Maine Coon ne ressemble et n'agisse plus du tout comme un Siamois. Dans le monde de la génétique, ces races sont comme des clubs fermés ; une fois qu'une race est établie, ses membres ne s'accouplent généralement qu'avec d'autres du même type. Cette sélection génétique crée une signature génétique unique pour chaque groupe. Cependant, l'histoire ne s'arrête pas au niveau de la race. Même au sein d'une seule race, les chats vivant dans différentes parties du monde peuvent développer des différences génétiques subtiles. Cela se produit parce que les éleveurs d'un pays peuvent commencer avec un ensemble légèrement différent de chats fondateurs par rapport aux éleveurs d'un autre pays, ou parce que le flux de nouveaux chats entre les pays est limité. Les scientifiques appellent cela la « structure géographique », et cela importe car cela influence la quantité de diversité génétique qui subsiste dans une race et la probabilité que certaines maladies héréditaires apparaissent.

Une nouvelle étude a cherché à voir si ce clivage géographique est le même pour chaque race ou si certaines races sont plus divisées par les frontières que d'autres. Les chercheurs ont posé une question simple : si vous prenez la même race, par exemple le Devon Rex, et que vous comparez des chats du Canada, de Finlande et des États-Unis, en quoi sont-ils différents génétiquement ? Puis, ils ont demandé si cette différence est de la même ampleur lorsque l'on examine une race différente, comme le Maine Coon, en utilisant exactement ces trois mêmes pays. La réponse s'est avérée être un non retentissant. L'étude a révélé que le degré de séparation génétique entre les pays varie considérablement selon la race que l'on observe. Certaines races sont remarquablement uniformes à travers le globe, tandis que d'autres présentent des clivages génétiques nets entre les nations, même lorsque ces nations sont les mêmes pour chaque comparaison.

Pour découvrir cela, l'équipe s'est tournée vers une vaste base de données publique de l'ADN de chats. Cette collection, rassemblée à partir de kits de tests commerciaux utilisés entre 2016 et 2021, contenait des informations génétiques provenant de plus de 11 000 chats. Les chercheurs se sont concentrés sur 3 081 chats issus de six races spécifiques : Bengal, Devon Rex, Maine Coon, Oriental Shorthair, Ragdoll et Sphynx. Ils ont veillé à comparer des pommes avec des pommes. Premièrement, ils ont éliminé tous les chats étroitement apparentés, tels que les parents et les descendants, pour s'assurer que les résultats reflétaient la race dans son ensemble et non seulement quelques grandes familles. Ensuite, ils n'ont sélectionné que les races possédant au moins 20 chats non apparentés dans chacun des trois pays cibles : le Canada, la Finlande et les États-Unis. Ce filtrage strict a permis de garantir que les différences trouvées étaient réelles et non simplement un artefact dû à un échantillonnage trop faible dans un lieu donné.

Les chercheurs ont ensuite mesuré la distance génétique entre les chats de ces trois pays pour chaque race. Ils ont utilisé une méthode standard pour calculer à quel point les fréquences géniques différaient. Les résultats étaient frappants. Pour le Maine Coon, la différence génétique entre les chats du Canada, de Finlande et des États-Unis était infime, presque négligeable. C'était comme si un Maine Coon à Helsinki était génétiquement presque identique à un Maine Coon à Toronto ou à New York. En revanche, le Devon Rex présentait un écart beaucoup plus important. Les chats de Finlande étaient génétiquement distincts de ceux du Canada et des États-Unis à un degré bien supérieur à celui observé chez le Maine Coon. Le Sphynx se situait entre les deux, montrant un niveau de différence modéré entre les pays.

Ce schéma se maintenait, peu importe la manière dont les chercheurs modifiaient leurs méthodes. Ils ont testé si les résultats étaient simplement dus au fait que certains pays comptaient plus de chats dans la base de données en équilibrant artificiellement les chiffres, et le schéma persistait. Ils ont changé les marqueurs génétiques spécifiques examinés, et le schéma persistait. Ils ont même supprimé des parents plus éloignés pour être extrêmement sûrs, et le schéma persistait. La confiance statistique dans ces découvertes est extrêmement élevée ; la probabilité que ces différences soient dues au hasard est si faible qu'elle est pratiquement nulle. Les données montrent que pour certaines races, l'étiquette du pays en dit très peu sur la composition génétique du chat, tandis que pour d'autres, elle en dit énormément.

L'étude a également examiné le tableau d'ensemble pour comprendre pourquoi cela se produisait. Les chercheurs ont noté que l'étiquette « pays » dans leurs données provient du lieu où le propriétaire a soumis l'échantillon, et non nécessairement de l'endroit où le chat est né ou de l'endroit où son éleveur réside. Cela signifie que les résultats décrivent les chats de cette cohorte spécifique de tests, et non nécessairement tous les chats de cette race dans le monde. Cependant, la cohérence des résultats suggère que la gestion de ces races diffère considérablement. Certaines races, comme le Maine Coon, peuvent bénéficier d'un échange international très actif de chats reproducteurs, maintenant ainsi le patrimoine génétique mélangé et uniforme. D'autres, comme le Devon Rex, peuvent avoir des programmes d'élevage plus isolés dans différents pays, permettant aux différences génétiques locales de s'accumuler au fil du temps.

En fin de compte, cette recherche souligne qu'un nom de race ne garantit pas une identité génétique unique et uniforme. Un « Devon Rex » en Finlande est génétiquement plus distinct d'un « Devon Rex » aux États-Unis qu'un « Maine Coon » en Finlande ne l'est d'un « Maine Coon » aux États-Unis. Cela a des implications pratiques pour la manière dont les éleveurs gèrent leurs populations et pour la manière dont les scientifiques étudient les maladies héréditaires. Si une condition génétique est courante chez le Devon Rex finlandais mais rare chez l'américain, une étude qui les mélangerait tous pourrait passer à côté du lien. En reconnaissant que les races ne sont pas des blocs monolithiques mais des collections de populations régionales distinctes, nous obtenons une image plus claire et plus précise du paysage génétique du chat domestique. L'étude confirme que la géographie joue un rôle puissant dans le façonnement de la génétique de nos compagnons félins, mais la force de ce rôle dépend entièrement de la race.