Paediatric COVID-19 severity across SARS-CoV-2 variants in hospitalised children in South Africa: a retrospective cohort study

Résumé technique : Sévérité de la COVID-19 pédiatrique selon les variants du SARS-CoV-2 chez les enfants hospitalisés en Afrique du Sud

Énoncé du problème
Bien que les enfants présentent généralement des formes de COVID-19 plus légères que les adultes, un sous-groupe de patients pédiatriques, particulièrement les nourrissons, développe une maladie grave nécessitant des soins intensifs. L'épidémiologie et la sévérité clinique de l'infection par le SARS-CoV-2 chez les enfants ont évolué avec les successions de variants préoccupants (VOC). Cependant, la littérature existante sur les impacts spécifiques aux variants est largement limitée aux populations adultes, aux cas légers à modérés, ou aux contextes de soins de santé à haut revenu. Il existe une lacune critique dans les connaissances concernant la manière dont la sévérité de la maladie et la présentation clinique ont évolué au fil des vagues pandémiques, spécifiquement chez les enfants hospitalisés dans les pays à revenu faible et intermédiaire (PRFI), où les comorbidités telles que la malnutrition, le VIH et la tuberculose peuvent exacerber les issues cliniques.

Méthodologie
Cette étude de cohorte rétrospective a analysé les données de soins de routine de la cohorte COVID-Kids de l'hôpital Tygerberg, un centre de référence secondaire et tertiaire à Le Cap, en Afrique du Sud.

• Population de l'étude : 354 enfants (âgés de 0 à 15 ans) présentant une infection par le SARS-CoV-2 confirmée par test de laboratoire, admis entre le 18 mars 2020 et le 17 juin 2022. Les nourrissons diagnostiqués dans les services néonataux et les enfants présentant un syndrome inflammatoire multisystémique (MIS-C) sans test rRT-PCR positif ont été exclus.
• Stratification par variant : La cohorte a été divisée en trois périodes basées sur les variants préoccupants circulants :
  • Ancestral : 18 mars – 4 octobre 2020.
  • Pré-Omicron : 1er novembre 2020 – 7 octobre 2021 (combinant les variants Beta et Delta).
  • Omicron : 17 novembre 20 de 2021 – 17 juin 2022.
• Critères d'évaluation :
  • Critère de jugement principal : Un critère composite de COVID-19 grave défini par l'admission en unité de soins intensifs pédiatriques (USIP), la ventilation mécanique invasive ou le décès à l'hôpital.
  • Critère de jugement secondaire : L'admission en USIP seule.
• Analyse statistique :
  • Des statistiques descriptives ont comparé les caractéristiques cliniques entre les périodes de variants à l'aide de tests $\chi^2$, de tests exacts de Fisher–Freeman–Halton et de tests de Kruskal–Wallis.
  • Des modèles de régression logistique multivariée ont été employés pour évaluer les associations entre les facteurs de risque et la sévérité. Deux modèles ont été construits :
    1. Modèle de base : ajusté selon l'âge, le sexe et le variant du SARS-CoV-2.
    2. Modèle clinique complet : ajusté en plus des taux de protéine C réactive (CRP), de l'état de déshydratation sévère et de l'utilisation de corticostéroïdes.
  • Les données manquantes ont été gérées par une analyse sur cas complets.

Résultats clés

• Démographie et comorbidités : L'âge médian était de 1,2 an (IQR : 0,3–5,3). Aucune différence statistiquement significative n'a été observée dans les caractéristiques sociodémographiques (âge, sexe) ou la prévalence des comorbidités (VIH, tuberculose, malnutrition) à travers les trois périodes de variants.
• Présentation clinique : Des variations significatives ont été notées dans les symptômes et signes selon les variants. La période Pré-Omicron présentait des taux plus élevés de convulsions, de vomissements, de oppression thoracique et de déshydratation sévère par rapport aux autres périodes. Inversement, la période Omicron était associée à des taux plus élevés de support respiratoire non invasif et d'utilisation d'antibiotiques.
• Sévérité de la maladie par variant :
  • La période Pré-Omicron a présenté la charge la plus élevée de maladies graves. Environ 30 % des patients de cette période répondaient aux critères de l'issue de COVID-19 grave, contre 17 % pour la période Omicron et 16 % pour la période Ancestrale.
  • Les taux d'admission en USIP étaient les plus élevés durant la vague Pré-Omicron (26,8 %), suivis par Omicron (16,5 %) et la période Ancestrale (14,7 %).
  • Les taux de ventilation invasive et de mortalité étaient les plus élevés durant la période Pré-Omicron, bien que les différences de mortalité ne soient pas statistiquement significatives ($p=0,43$).
• Analyse des facteurs de risque (modèles multivariés) :
  • Âge : Les nourrissons (< 1 an) présentaient des probabilités significativement plus élevées d'admission en USIP et d'issues graves par rapport aux enfants âgés de 1 à 4 ans.
  • Variant : L'infection durant la période Pré-Omicron était indépendamment associée à une augmentation des probabilités de maladie grave par rapport à la période Ancestrale (rapport des cotes ajusté [aOR] = 2,36 ; IC à 95 % : 1,21–4,59).
  • Marqueurs cliniques : Des taux élevés de CRP étaient associés à une augmentation des probabilités de maladie grave (aOR = 2,23). L'utilisation de corticostéroïdes était fortement associée aux issues graves (aOR $\approx$ 2,4), ce que les auteurs interprètent comme un marqueur de la sévérité de la maladie (biais d'indication) plutôt qu'un effet thérapeutique causal.

Contributions clés

• Caractérisation longitudinale : Cette étude fournit une caractérisation systématique de la présentation clinique et des facteurs de risque de la maladie grave à travers les vagues Ancestrale, Pré-Omicron (Beta/Delta) et Omicron au sein d'une même population pédiatrique hospitalière dans un contexte de pays à revenu faible et intermédiaire.
• Sévérité spécifique au variant : Elle quantifie le changement de sévérité, identifiant la période Pré-Omicron comme le pic des issues pédiatriques graves, tout en notant une réduction de la sévérité lors de la vague Omicron.
• Validation de biomarqueur : L'étude renforce la valeur pronostique de la CRP en tant que biomarqueur de stratification des risques précoces pour la COVID-19 pédiatrique grave dans les contextes à ressources limitées.
• Risque stratifié par l'âge : Elle confirme que le jeune âge (spécifiquement l'enfance/le nourrisson) reste un prédicteur critique des issues graves à travers les différentes vagues pandémiques.

Signification et affirmations
Les auteurs affirment que ces résultats contribuent à une meilleure compréhension de l'épidémiologie et de l'impact clinique de la COVID-19 chez les enfants dans les contextes à ressources limitées. L'étude souligne que la sévérité de la maladie n'est pas statique mais varie considérablement selon le variant circulant et l'âge du patient.

• Surveillance : Les résultats soulignent la nécessité de systèmes de surveillance stratifiés par âge et conscients des variants dans les PRFI pour surveiller les changements de la charge de morbidité.
• Triage clinique : L'association entre le jeune âge et les issues graves soutient la priorité donnée aux nourrissons dans les protocoles de surveillance clinique et de triage.
• Protocoles de traitement : Les conclusions concernant la CRP et l'utilisation des corticostéroïdes soulignent la nécessité d'essais spécifiques à la pédiatrie pour établir des protocoles de traitement fondés sur des preuves, particulièrement compte tenu de la forte charge de comorbidités dans ces contextes.
• Préparation future : L'étude préconise la mise en œuvre précoce de protocoles de collecte de données standardisés pour permettre des analyses longitudinales et stratifiées par variant robustes lors de futures urgences sanitaires.

Les auteurs notent explicitement les limites, incluant le design monocentrique (pouvant limiter la généralisabilité aux soins primaires), la nature observationnelle empêchant l'inférence causale, et l'impossibilité d'inclure des variables telles que le statut vaccinal en raison de l'indisponibilité des données pendant la période de l'étude.