Worldwide diversity of hepatitis A and E viruses in urban wastewater
Cette étude a utilisé la métagénomique des eaux usées dans 62 villes de 38 pays pour cartographier la diversité mondiale des virus de l'hépatite A et E, révélant une transmission zoonotique généralisée du VHE par les rats et démontrant la valeur de la surveillance des eaux usées pour le suivi des souches d'hépatites humaines et animales.
Article original sous licence CC BY 4.0 (https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/). Ceci est une explication générée par l'IA d'un preprint qui n'a pas été évalué par des pairs. Ce n'est pas un avis médical. Ne prenez pas de décisions de santé basées sur ce contenu. Lire la clause de non-responsabilité complète
Imaginez les villes du monde comme de gigantesques ruches bourdonnantes. À l'intérieur de ces ruches, des millions de personnes, d'animaux de compagnie et de nuisibles vivent, mangent et laissent derrière eux un flux constant de déchets. Si vous pouviez prendre une minuscule gorgée des eaux usées s'écoulant d'une ville, cela ne se contenterait pas de sentir mauvais ; ce serait une bibliothèque de secrets génétiques, brillante et chaotique. C'est le monde de l'épidémiologie basée sur les eaux usées. Au lieu d'attendre que les gens tombent malades et aillent chez le médecin, les scientifiques traitent le réseau d'égouts de la ville comme un test sanguin géant et continu pour toute la population.
Dans cette bibliothèque, deux « méchants » spécifiques cherchent toujours des ennuis : le virus de l'hépatite A (HAV) et le virus de l'hépatite E (HEV). Considérez ces virus comme des espions invisibles qui voyagent à travers la nourriture, l'eau contaminées ou par contact étroit. Si l'hépatite A est un espion classique de l'humain à l'humain, l'hépatite E est un peu plus complexe ; elle possède un côté « zoonotique », ce qui signifie qu'elle peut passer des animaux (comme les porcs) aux humains. Mais il y a un troisième personnage sournois dans cette histoire : le rat. Pendant longtemps, les scientifiques pensaient qu'un type spécifique de virus de l'hépatite E vivait uniquement chez les rats et ne dérangeait jamais les humains. Cependant, des murmures récents suggèrent que ces espions rats pourraient tenter de passer de l'autre côté. La grande question est la suivante : quelle est l'étendue de ces espions, et se cachent-ils dans nos égouts plus que nous ne le pensions ?
La grande chasse aux espions des égouts
Une équipe de scientifiques du monde entier a décidé de jouer les détectives. Ils n'ont pas seulement regardé une seule ville ; ils ont jeté un filet massif, collectant des échantillons d'eaux usées dans 62 villes à travers 38 pays sur six continents différents. Ils ont utilisé une méthode de haute technologie appelée « métagénomique par capture hybride », qui est comme l'utilisation d'un aimant surpuissant pour extraire de minuscules fragments génétiques de virus de la soupe désordonnée des eaux usées, même s'ils se cachent dans le bruit de fond. Ils ont examiné des échantillons collectés entre 2017 et 2019, puis ont creusé plus profondément dans cinq villes européennes avec des échantillons de 2020 à 2021.
Voici ce qu'ils ont trouvé dans la « bibliothèque génétique » de la ville :
L'espion rat est partout
La plus grande surprise fut le virus de l'hépatite E du rat (connu scientifiquement sous le nom de Rocahepevirus ratti). L'équipe a trouvé ce virus dans 70 % des villes testées. Avant cette étude, nous ne le connaissions que dans quelques endroits ; désormais, la carte s'est étendue à 12 pays, incluant l'Australie, l'Inde et certaines parties de l'Afrique.
Mais voici le rebondissement crucial : les scientifiques ont utilisé une ruse ingénieuse pour déterminer la provenance du virus. Ils ont cherché des astrovirus (un autre type de virus) dans les mêmes eaux usées. Comme différents animaux possèdent leurs propres astrovirus spécifiques, le mélange d'astrovirus agit comme une empreinte digitale pour les excréments dans le tuyau. Lorsqu'ils ont trouvé l'hépatite E du rat, ils ont également trouvé une énorme quantité d'astrovirus de rat et très peu d'astrovirus humains. Cela suggère fortement que l'hépatite E du rat dans les eaux usées provient de rats vivant dans les égouts, et non d'humains infectés. C'est comme trouver un tas de crottes de rat à côté d'un jouet de rat ; le rat est la source, pas l'humain.
L'espion humain : l'hépatite E
La version « humaine » de l'hépatite E (Paslahepevirus balayani) a été trouvée dans 42 % des villes. En Europe, la version la plus courante était le génotype 3, spécifiquement un sous-type appelé 3c. Cela est logique car l'Europe possède beaucoup d'élevages de porcs, et les porcs sont le principal réservoir de ce virus. L'étude a révélé que dans des villes comme Budapest et Vienne, il y avait un mélange sauvage de différents sous-types d'hépatite E, probablement en raison de la manière dont les porcs sont échangés et déplacés. Curieusement, ils ont trouvé le génotype 1, « uniquement humain », dans des endroits comme le Togo et la Malaisie, ce qui correspond aux épidémies hydriques connues dans ces régions.
L'espion classique : l'hépatite A
L'hépatite A a été détectée dans 37 % des échantillons. Les types d'hépatite A trouvés correspondaient à ce que l'on observe habituellement dans ces régions. Par exemple, en Afrique, ils ont trouvé le génotype IB, qui est courant là-bas. En Europe, ils ont trouvé le génotype IA, qui était lié à une épidémie connue parmi les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH) survenue autour de 2016–2017. Cela montre que les égouts peuvent capter des virus que les médecins cliniciens pourraient manquer parce que les personnes infectées ne sont pas allées à l'hôpital.
Le « Et si » et le « Ce que nous savons »
L'étude suggère que bien que l'hépatite E du rat soit partout dans les égouts, elle reste probablement avec les rats. Cependant, les auteurs prennent garde à dire que nous ne connaissons pas encore l'image complète. Nous savons que les rats vivent dans les égouts et que leurs excréments sont dans l'eau. Nous savons que quelques cas humains d'hépatite E du rat ont été signalés dans les hôpitaux, mais les données des eaux usées suggèrent que, pour l'instant, l'hépatite E du rat est principalement un « problème de rat » dans les tuyaux, et non une infection humaine généralisée.
Les chercheurs ont également noté que leur méthode est un peu moins sensible qu'un test de laboratoire standard. Par exemple, dans une ville (Yaoundé), ils n'ont pas trouvé l'hépatite E du rat, alors que d'autres tests l'avaient trouvée auparavant. Cela signifie qu'ils pourraient avoir manqué certains virus, et que la diversité réelle pourrait être encore plus élevée.
L'essentiel
Cet article peint un tableau saisissant du monde invisible de nos égouts. Il confirme que l'hépatite E du rat est une résidente mondiale de nos populations de rats urbains, se propageant à travers les systèmes d'égouts de 70 % des villes étudiées. Il montre également que la surveillance des eaux usées est un outil puissant capable de voir la circulation « silencieuse » des virus — capturant des épidémies et des virus animaux que les tests cliniques manquent souvent. Bien que le virus du rat traîne actuellement avec ses hôtes rongeurs, sa présence dans nos systèmes d'eau est un rappel que la frontière entre la santé animale et humaine est plus mince que nous ne le pensions, et que surveiller les égouts est l'un des meilleurs moyens de rester un pas en avant sur les espions.
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