Nationwide digital surveillance reveals resurgence of Pertussis through real-time decision support systems

Depuis des décennies, le monde compte sur les vaccins pour tenir la coqueluche, une infection respiratoire grave, à distance. Dans les pays riches, la maladie est devenue une visiteuse rare, n'apparaissant que sous forme de petites vagues prévisibles tous les quelques années. Cette stabilité était si fiable que lorsque la pandémie mondiale de 2020 est arrivée, les schémas habituels de la maladie ont disparu. Les confinements et le port du masque, destinés à arrêter un virus différent, ont accidentellement réduit au silence la circulation de la coqueluche également, créant une période de calme qui a duré plusieurs années. Cependant, alors que le monde se rouvrait, les responsables de la santé publique ont commencé à craindre que ce silence n'ait été trompeur. Ils craignaient que le virus ne disparaisse pas, mais qu'il attende simplement, et qu'une fois que les gens cesseraient de porter des masques et se rassembleraient à nouveau en groupes, la maladie puisse revenir avec une force inattendue. La question à laquelle les experts de la santé publique étaient confrontés n'était pas seulement de savoir si le virus reviendrait, mais à quelle vitesse ils pourraient voir son retour et qui serait le plus à risque.

Pour répondre à cela, une équipe de chercheurs en France s'est tournée vers une source d'information inattendue : un outil numérique utilisé quotidiennement par les médecins généralistes. Cet outil, connu sous le nom de système d'aide à la décision informatisé, aide les médecins à choisir le bon antibiotique pour leurs patients. Il ne s'agit pas d'un test de laboratoire qui confirme une maladie, mais plutôt d'un enregistrement de ce que les médecins pensent lorsqu'ils traitent un patient. Lorsqu'un médecin soupçonne qu'un patient a la coqueluche, il consulte souvent ce système pour confirmer le diagnostic et trouver le traitement approprié. En suivant des millions de ces requêtes numériques sur sept ans, les chercheurs pouvaient observer le pouls de la maladie en temps réel, bien avant que les rapports officiels du gouvernement ne soient compilés.

Les données ont révélé une histoire dramatique. Entre 2018 et 2023, le nombre de médecins interrogeant sur la coqueluche est resté faible et stable, oscillant autour d'une requête pour 100 000 personnes chaque semaine. Puis, au printemps 2024, les chiffres ont commencé à grimper. Les chercheurs ont observé les requêtes hebdomadaires passer de moins d'une à près de 20 pour 100 000 personnes. Cette poussée n'était pas une montée lente ; c'était une explosion rapide qui a culminé à l'été 2024. Le système numérique a détecté cette hausse près de quatre semaines avant que le ministère de la Santé français ne publie sa première alerte officielle. Au moment où le gouvernement a donné l'alerte, les registres numériques montraient déjà que la maladie avait atteint son point culminant, avec des milliers de médecins à travers le pays cherchant des conseils pour traiter l'infection chaque semaine.

Les chercheurs ont analysé les données pour voir qui souffrait le plus. Ils ont découvert que les enfants de moins de 15 ans étaient les plus durement touchés. Bien que le risque pour les adultes ait augmenté de manière significative, le risque pour les enfants était bien plus sévère, le nombre de requêtes pour eux ayant grimpé à plus de 15 fois les niveaux observés les années précédentes. Les femmes enceintes ont également fait face à une forte augmentation du risque, bien que non aussi extrême que celle des enfants. Les données ont montré que la maladie n'affectait pas qu'un seul groupe ; elle a déferlé sur l'ensemble de la population, mais l'impact était inégal, laissant les membres les plus jeunes de la société les plus vulnérables.

Pour comprendre l'ampleur de ce retour, l'équipe a utilisé un modèle statistique pour prédire quel aurait dû être le nombre de cas si la maladie avait continué son schéma normal et calme. La différence entre ce qu'ils avaient prédit et ce qui s'est réellement passé est stupéfiante. Le modèle a estimé qu'il y avait plus de 1 300 % de requêtes de traitement pour la coqueluche en 2024 que ce qui aurait été attendu. Ce n'était pas une fluctuation mineure ; c'était une résurgence massive qui éclipsait les petites vagues prévisibles du passé. Les chercheurs ont calculé que le nombre de personnes sollicitant un traitement était près de neuf fois plus élevé en 2024 qu'il ne l'avait été dans les années précédant la pandémie.

L'étude a également cartographié la maladie à travers le pays, révélant que le retour de la coqueluche n'était pas uniforme. Certaines régions ont été beaucoup plus durement touchées que d'autres, créant des foyers d'infection distincts. La côte ouest de la France, particulièrement des zones comme la Bretagne, est devenue l'épicentre de l'épidémie, la maladie se propageant de la côte vers l'intérieur des terres. Curieusement, les zones les plus durement touchées n'étaient pas nécessairement les endroits ayant les taux de vaccination les plus bas. Beaucoup de ces régions avaient une couverture vaccinale élevée, la plupart des enfants et des femmes enceintes étant déjà protégés. Cette découverte a remis en question l'idée simple selon laquelle l'épidémie était causée uniquement par des personnes sautant leurs doses. Au contraire, cela suggérait que la bactérie elle-même pourrait avoir changé, devenant plus capable de se propager même parmi les personnes vaccinées, ou que le virus avait évolué de manière à pouvoir contourner la protection que les vaccins procurent habituellement.

Alors que l'année 2024 laissait place à 2025, l'intensité de l'épidémie a commencé à s'estomper, mais les registres numériques ont montré que la maladie n'était pas revenue à son silence pré-pandémique. Le nombre de requêtes est resté plus élevé qu'auparavant, suggérant que le virus avait trouvé une place nouvelle, plus permanente, dans la population. Les chercheurs ont conclu que cette méthode de surveillance numérique offrait un nouveau moyen puissant de surveiller les maladies. En écoutant les questions que les médecins posaient en temps réel, les responsables de la santé pouvaient observer la forme d'une épidémie au fur et à mesure qu'elle se formait, identifiant les groupes les plus vulnérables et les régions les plus touchées bien avant que les méthodes traditionnelles ne puissent rattraper le mouvement. L'étude a confirmé que la coqueluche était revenue avec acharnement, poussée par des facteurs complexes qui allaient au-delà des simples lacunes vaccinales, et a souligné la nécessité de nouvelles stratégies pour surveiller et contrôler une maladie qui semblait autrefois sous contrôle.