Differential performance of Bacillus and Trichoderma against olive-associated Colletotrichum and Fusarium: from in vitro antagonism to anthracnose suppression in fruits
Cette étude démontre que si les isolats de *Bacillus* suppriment efficacement l'anthracnose de l'olivier causée par *Colletotrichum* spp. dans le fruit, les espèces de *Trichoderma* présentent un antagonisme supérieur contre les agents pathogènes telluriques de *Fusarium* in vitro, suggérant une approche ciblée et durable pour la gestion de ces maladies distinctes de l'olivier.
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Les oliviers, ces sentinelles ancestrales du paysage méditerranéen, prennent désormais racine dans de nouveaux sols, notamment dans les régions du sud du Brésil. Alors que les agriculteurs étendent leurs vergers pour répondre à une demande mondiale croissante en huile et en fruits de table, ils sont confrontés à un ennemi familier : la maladie. Deux types de champignons sont particulièrement problématiques. L'un, connu sous le nom d'anthracnose, attaque le fruit lui-même, transformant les olives saines en masses molles et putrides qui ruinent la qualité de l'huile. L'autre, une maladie de flétrissement, envahit les racines et le système vasculaire, étouffant lentement l'arbre de l'intérieur. Pendant des décennies, les producteurs se sont appuyés sur des pulvérisations chimiques pour combattre ces envahisseurs. Cependant, ces produits chimiques peuvent laisser des métaux lourds dans le sol, nuire aux microbes bénéfiques et, à terme, conduire à l'apparition de champignons qui ne répondent plus au traitement. Cela a poussé les scientifiques à chercher un autre type de bouclier : un bouclier composé d'organismes vivants qui luttent naturellement contre les agents pathogènes.
Dans une étude récente, des chercheurs de l'Université fédérale de Rio Grande do Sul se sont donné pour mission de tester deux groupes spécifiques de ces microbes bénéfiques contre les champignons menaçant les oliviers brésiliens. Ils se sont concentrés sur des bactéries de la famille des Bacillus et des champignons de la famille des Trichoderma. Ces deux groupes sont connus dans le monde scientifique pour leur capacité à supprimer les agents pathogènes nocifs, mais les chercheurs voulaient voir s'ils pouvaient fonctionner efficacement dans le contexte spécifique des oliviers, en passant de simples tests en laboratoire à de vrais fruits. L'objectif était de déterminer quel microbe pouvait le mieux protéger les olives de la pourriture et lequel serait le mieux adapté à la protection du sol et des racines.
L'équipe a commencé par cultiver les champignons nocifs dans des boîtes de Petri aux côtés des microbes bénéfiques pour voir qui remporterait la bataille pour l'espace et les nutriments. Ils ont testé plusieurs souches de Bacillus et de Trichoderma contre les champignons spécifiques qui causent l'anthracnose de l'olivier et le flétrissement des racines. Dans ces environnements contrôlés, les résultats étaient prometteurs pour les deux groupes, mais avec une division claire du travail. Les champignons Trichoderma se sont révélés être des adversaires redoutables contre les champignons responsables de la pourriture des racines, stoppant leur croissance de près de moitié dans certains cas. Les bactéries Bacillus ont également montré une forte activité, particulièrement contre les champignons causant la pourriture des fruits. Cependant, l'environnement de laboratoire est un monde simplifié, et les chercheurs savaient que ce qui fonctionne sur une plaque de gel pourrait ne pas fonctionner sur un fruit vivant.
Pour combler cet écart, les scientifiques ont pris des olives saines provenant d'un verger commercial et ont réalisé un test plus réaliste. Ils ont soigneusement blessé la peau du fruit pour imiter les points d'entrée naturels des maladies, puis les ont traités avec les microbes bénéfiques avant d'introduire les champignons nocifs. Les résultats ici ont raconté une histoire différente. Lorsque le fruit a été inoculé avec le champignon de l'anthracnose, les bactéries Bacillus ont agi comme une défense puissante. Des souches spécifiques de ces bactéries ont considérablement réduit la gravité de la pourriture, maintenant le fruit ferme et sain plus longtemps. En revanche, les champignons Trichoderma, qui avaient si bien performé dans les boîtes de Petri, n'ont pas réussi à protéger le fruit. Ils n'ont pas empêché la progression de la pourriture, et les olives traitées avec eux n'ont pas mieux résisté que celles non traitées.
Cette divergence souligne une leçon cruciale sur la façon dont ces organismes vivent. Les bactéries Bacillus possèdent un trait de survie unique : elles peuvent former des spores robustes et dormantes qui leur permettent de résister à des conditions difficiles comme le dessèchement ou l'exposition à la lumière du soleil. Cela a probablement aidé à survivre à la surface du fruit et à continuer de combattre l'infection. Les champignons Trichoderma, cependant, sont naturellement adaptés pour vivre dans le sol, où l'humidité est constante et l'environnement stable. Sur la surface sèche et exposée d'un fruit, ils ont eu du mal à s'établir et à rivaliser avec les microbes existants, ce qui les a rendus inefficaces contre la pourriture du fruit.
L'étude conclut que bien que les deux types de microbes soient des outils précieux, ils ne sont pas interchangeables. Pour protéger le fruit de l'olivier de l'anthracnose, les bactéries Bacillus, spécifiquement les souches testées dans cette recherche, offrent une alternative viable et durable aux pulvérisations chimiques. Elles peuvent être appliquées directement sur le fruit pour prévenir la pourriture. Les champignons Trichoderma, quant à eux, restent de sérieux candidats pour la gestion des maladies du sol et la protection des jeunes arbres en pépinière, là où leur habitat naturel et leur mode d'action sont les mieux adaptés. En associant le bon microbe à la bonne partie de l'arbre, les agriculteurs peuvent réduire leur dépendance aux produits chimiques, protéger le sol de l'accumulation de métaux lourds et cultiver des olives de manière plus sûre pour l'environnement et plus résiliente pour l'avenir.
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