Integrating dietary assessment and shotgun metagenomics to characterise diet–gut microbiome associations (GUTDIET-PT): Protocol for a multicentre cross-sectional study
L'étude GUTDIET-PT est un protocole transversal multicentrique visant à caractériser les associations entre le régime alimentaire et le microbiote intestinal chez 2 500 adultes portugais en bonne santé, en intégrant des évaluations alimentaires détaillées à un séquençage métagénomique shotgun afin d'établir un cadre fondamental pour la promotion de la santé intestinale par le biais de stratégies nutritionnelles personnalisées.
Article original sous licence CC BY 4.0 (https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/). Ceci est une explication générée par l'IA d'un preprint qui n'a pas été évalué par des pairs. Ce n'est pas un avis médical. Ne prenez pas de décisions de santé basées sur ce contenu. Lire la clause de non-responsabilité complète
À l'intérieur de l'intestin humain vit une vaste cité invisible de micro-organismes, une communauté complexe de bactéries, de virus et de champignons qui travaille sans relâche pour assurer le bon fonctionnement du corps. Ces minuscules résidents aident à digérer la nourriture, entraînent le système immunitaire et produisent des vitamines essentielles. Depuis des décennies, les scientifiques savent que ce que nous mangeons agit comme le principal architecte de cet écosystème interne, façonnant les microbes qui prospèrent et ceux qui s'effacent. Si certaines habitudes alimentaires, comme celles riches en plantes et en céréales complètes, semblent encourager une communauté diversifiée et résiliente, d'autres, souvent riches en aliments transformés et en sucres, semblent l'affaiblir. Pourtant, définir précisément à quoi ressemble un microbiote « sain » chez une personne sans maladie reste une énigme. La plupart des recherches se sont concentrées sur la manière dont ces microbes changent lorsqu'une personne est déjà malade, laissant une lacune dans notre compréhension de la façon dont l'alimentation façonne l'intestin dans un état de santé pure.
Un nouveau protocole d'étude, connu sous le nom de GUTDIET-PT, vise à combler cette lacune en cartographiant la relation entre les habitudes alimentaires quotidiennes et le microbiote intestinal chez un large groupe d'adultes portugais en bonne santé. Plutôt que d'examiner des nutriments isolés comme les fibres ou les graisses, les chercheurs examinent des modes alimentaires entiers — la façon dont les gens combinent naturellement les aliments au fil du temps. Ils recrutent 2 500 individus âgés de 40 à 74 ans qui subissent des dépistages de routine par coloscopie, mais qui ne présentent aucun signe de cancer colorectal ou d'autres maladies digestives majeures. En se concentrant sur des personnes actuellement en bonne santé, l'équipe espère établir une base de référence claire de ce à quoi ressemble un intestin florissant avant que toute maladie ne s'installe. Cette approche leur permet de voir comment différentes façons de manger, du régime méditerranéen traditionnel aux modes de vie plus modernes de type occidental, influencent la vie microscopique à l'intérieur de l'intestin sans la confusion des changements liés à la maladie.
Pour recueillir ces données, l'étude combine des entretiens alimentaires détaillés avec un séquençage génétique avancé. Les participants fournissent deux comptes distincts de 24 heures de tout ce qu'ils ont mangé et bu, enregistrés par des nutritionnistes formés qui posent des questions sur les portions, les méthodes de cuisson et les marques spécifiques. Ce niveau de détail aide à capturer la réalité de ce que les gens consomment réellement, plutôt que de se fier à la mémoire de ce qu'ils mangent habituellement. Les chercheurs analysent ensuite ces dossiers pour identifier des modes alimentaires courants, tels que l'adhésion à un régime végétal ou à un régime de type occidental, et calculent le degré d'inflammation de chaque régime alimentaire. Parallèlement à ces dossiers alimentaires, les participants collectent leurs propres échantillons de selles à domicile. Ces échantillons sont préservés immédiatement pour protéger le matériel génétique qu'ils contiennent, puis envoyés dans un laboratoire où les scientifiques utilisent une technique appelée métagénomique shotgun. Contrairement aux anciennes méthodes qui n'identifiaient que de larges groupes de bactéries, cette technique lit l'intégralité du code génétique de chaque microbe de l'échantillon, révélant non seulement qui est présent, mais aussi ce qu'ils sont capables de faire.
L'étude est actuellement en cours, ayant déjà enrôlé près de 500 participants depuis la fin de 2023, avec l'objectif de terminer le recrutement d'ici 2029. Les chercheurs prévoient de publier leurs résultats d'ici la fin de 2030. Bien que les résultats complets soient encore à venir, la conception de l'étude promet d'offrir une carte à haute résolution de la connexion entre l'alimentation et la santé intestinale. En analysant le potentiel génétique du microbiote aux côtés de données alimentaires précises, l'équipe vise à identifier quels modes alimentaires spécifiques soutiennent une communauté intestinale diversifiée et fonctionnelle. Ce travail pourrait éventuellement aider les médecins et les nutritionnistes à dépasser les conseils généraux pour proposer des recommandations personnalisées, suggérant des changements alimentaires spécifiques qui pourraient aider un individu à maintenir un écosystème intestinal sain. Le but ultime est d'utiliser ces connaissances pour prévenir la maladie avant qu'elle ne commence, en transformant la science du microbiote intestinal en outils pratiques pour la santé publique.
Noyé(e) sous les articles dans votre domaine ?
Recevez des digests quotidiens des articles les plus récents correspondant à vos mots-clés de recherche — avec des résumés techniques, dans votre langue.